ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド・オメガルビー・アルファサファイア（ポケモンRSE・ORAS）のネタバレ解説・考察まとめ

『ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド・オメガルビー・アルファサファイア』の概要

『ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド・オメガルビー・アルファサファイア（ポケモンRSE・ORAS）』とは、ロールプレイングゲーム『ポケットモンスター』シリーズの一つで、『ルビー・サファイア・エメラルド』は第3作目であり、『オメガルビー・アルファサファイア』は『ルビー・サファイア・エメラルド』に様々な要素を追加したリメイク作品に当たる。
『ルビー・サファイア』はゲームボーイアドバンス対応ソフトで、株式会社ポケモン・任天堂から2002年11月21日に発売された。『エメラルド』は『ルビー・サファイア』に一部要素を追加したバージョンで、同じく株式会社ポケモン・任天堂から2004年9月16日に発売された。
そして『オメガルビー・アルファサファイア』はニンテンドー3DS対応ソフトであり、株式会社ポケモン・任天堂から2014年11月21日に発売された。
それぞれゲームフリークが制作を担当。

海外では『ルビー・サファイア』がアメリカとカナダで2003年3月19日、オーストラリアとニュージーランドで2003年4月3日、ヨーロッパで2003年7月25日に発売された。
また、『エメラルド』がアメリカとカナダで2005年5月1日、オーストラリアとニュージーランドで2005年6月9日、ヨーロッパで2005年10月21日に発売。
そして、『オメガルビー・アルファサファイア』が台湾、香港、アメリカ、カナダ、オーストラリア、ニュージーランドで2014年11月21日（日本と同時発売）、ヨーロッパで2014年11月28日にそれぞれ発売された。

冒険の舞台はホウエン地方で、ポケモン図鑑の完成とポケモンリーグを制覇することがゲーム目標。
プレイヤーはポケモントレーナーとなり、ポケモンを捕まえたり、ポケモンと出会ったりして図鑑を完成させていく。
そして、各地のポケモントレーナーやジムリーダーと戦い、ポケモンリーグに挑戦して四天王やチャンピオンを倒して殿堂入りをして、最強のポケモントレーナーを目指す。
本作では伝説のポケモンの力を利用して目的達成を目論む「マグマ団・アクア団」という組織が登場し、『ルビー・オメガルビー』ではマグマ団、『サファイア・アルファサファイア』ではアクア団と戦い、『エメラルド』ではマグマ団・アクア団の両方と戦う。

『ルビー・サファイア・エメラルド』に登場するポケモンは全部で386種類で、その内訳は前作『金・銀』までに登場した251種類と『ルビー・サファイア・エメラルド』初出の新ポケモン135種類。
このうち、『ルビー・サファイア・エメラルド』で初めポケモン図鑑に登録できるのは202種類。『エメラルド』では殿堂入り後にオダマキ博士から図鑑をぜんこく図鑑にバージョンアップしてもらえ、386種類のポケモンを図鑑登録できるようになる。
『ルビー・サファイア』でも『エメラルド』や同じくゲームボーイアドバンス対応ソフトの『ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン』と通信交換すると、ぜんこく図鑑になる。

『オメガルビー・アルファサファイア』に登場するポケモンは『ポケットモンスター X・Y』と同じく721種類。
初めポケモン図鑑は『ルビー・サファイア』に登場するポケモンを中心とした「ホウエン図鑑（211種類）」だが、伝説のポケモンのグラードン・カイオーガとのバトル後に、オダマキ博士がポケモン図鑑に「ぜんこく図鑑」の機能を追加してくれる。

『ルビー・サファイア・エメラルド・オメガルビー・アルファサファイア』での最初のポケモンは、キモリ（くさタイプ）、アチャモ（ほのおタイプ）、ミズゴロウ（みずタイプ）。
『ルビー・サファイア・エメラルド』の伝説のポケモンはグラードン、カイオーガ、レックウザ、レジアイス、レジスチル、レジロック、ラティアス、ラティオスで、幻のポケモンはジラーチ、デオキシス。
『オメガルビー・アルファサファイア』も伝説のポケモンや幻のポケモンは基本的同じだが、この他、ルギア、ホウオウ、ライコウ、エンテイ、スイクン、ディアルガ、パルキア、ギラティナ、ユクシー、エムリット、アグノム、ヒードラン、レジギガス、クレセリア、レシラム、ゼクロム、キュレム、コバルオン、テラキオン、ビリジオン、トルネロス、ボルトロス、ランドロスを捕まえることができる。また、通常捕まえることができない幻のポケモンであるデオキシスも捕まえることができる。

本作のパッケージを飾るのは、『ルビー・オメガルビー』がグラードン、『サファイア・アルファサファイア』がカイオーガ、『エメラルド』がレックウザである。
『ルビー・オメガルビー』ではグラードンとレックウザ、『サファイア・アルファサファイア』ではカイオーガとレックウザ、『エメラルド』ではグラードン、カイオーガ、レックウザを捕まえることができる。
その他の伝説のポケモンは共通して捕まえられるが、ストーリー中『ルビー・オメガルビー』ではラティオス、『サファイア・アルファサファイア』ではラティアス、『エメラルド』ではラティオス、ラティアスのうち選んだ1匹を捕まえられる。
「むげんのチケット」を入手した後、『ルビー・オメガルビー』ではラティアス、『サファイア・アルファサファイア』ではラティオス、『エメラルド』ではストーリー中に選ばなかったほうを捕まえられる。
『ルビー・サファイア・エメラルド』では、出現するポケモンの種類や、一部ポケモンの出現率、ポケモン図鑑の記載文章などがバージョンによって異なる。『オメガルビー・アルファサファイア』でも同様。
『ルビー・オメガルビー』ではストーリー中にマグマ団と戦うことになるが、『サファイア・アルファサファイア』ではアクア団と戦うことになる。『エメラルド』ではマグマ団・アクア団の両方と戦う。
なお、アクア団は『ルビー』では主人公に協力する組織として登場するが、『オメガルビー』では独自組織として登場（バトルはしない）。
一方、マグマ団は『サファイア』では主人公に協力する組織として登場するが、『アルファサファイア』では独自組織として登場（バトルはしない）。
ポケモンリーグを制覇し、殿堂入りをした後でも冒険は続き、『ルビー・サファイア・エメラルド』は殿堂入りをした後に、バトルタワー（『ルビー・サファイア』）、バトルフロンティア（『エメラルド』）というバトル施設に挑戦できる。
『オメガルビー・アルファサファイア』では殿堂入りした後に、「エピソードデルタ」というストーリーが展開される。このストーリー終了後、バトル施設「バトルリゾート」に挑戦でき、強くなった四天王・チャンピオンと戦うことができる。

『ルビー・サファイア・エメラルド』は「カードeリーダー＋（ゲームボーイアドバンス専用のゲーム機周辺機器：後述）」と連動する。

『ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド・オメガルビー・アルファサファイア』のあらすじ・ストーリー

ミシロタウン～カイナシティ

ジョウト地方で母親と暮らしていた主人公は、ホウエン地方のトウカシティのジムリーダーである父センリが家族をホウエン地方に呼び寄せたことで、母親と共にホウエン地方のミシロタウンに引っ越してくる。
引っ越し作業が終わり、ミシロタウン在住のポケモン研究者であるオダマキ博士に挨拶するため、隣にある博士の家に向かう。博士の家にはオダマキ博士はおらず、そこでオダマキ博士の子ども・ハルカ（ユウキ）に出会う。
オダマキ博士を探しにミシロタウンを出ると、オダマキ博士があくポケモンのポチエナに追いかけられていた。
主人公はオダマキ博士の指示を受けて博士のカバンの中からモンスターボール（キモリ、アチャモ、ミズゴロウ）を1個選んでポチエナとバトルをし、オダマキ博士を救出する。
主人公はオダマキ博士の研究所でバトルで使用したポケモンをもらい、その後ポケモンの調査しているハルカ（ユウキ）の元に向かい、トレーナー同士の初めてバトルを行う。
その後、主人公は研究所でオダマキ博士からポケモン図鑑、ハルカ（ユウキ）からモンスターボールをもらい、ホウエン地方の冒険の旅に出発することになる。

ミシロタウンを出発し、コトキタウンを越えてセンリがジムリーダーをしているトウカジムのあるトウカシティに到着。ジムを訪れてセンリと会話をしていると、そこにミツルが現れてポケモンが欲しいとセンリに頼んできた。
シダケタウンにいる親戚の家に向かおうとしているミツルは同行する自分のポケモンを捕まえたく、センリはミツルにジグザグマを貸してモンスターボールを渡した。
主人公はミツルがポケモンを捕まえるところを見守り、ミツルはラルトスを捕まえることに成功した。ミツルはセンリにジグザグマを返し、主人公達とトウカジムで別れる。
主人公はセンリから各地のジムバッジを集めるようにアドバイスされる。センリは主人公が強いトレーナーになってから相手になるという。

トウカシティを出て、センリにアドバイスされた最初のポケモンジムがあるカナズミシティに向かう。その途中にあるトウカのもりでデボンコーポレーションの研究員と出会うが、そこにマグマ団（アクア団）のしたっぱがやって来て持っている書類を渡すよう脅す。
主人公は研究員をかばう形になり、マグマ団（アクア団）のしたっぱと戦うことになるが勝利する。
その後トウカのもりを越えて、カナズミシティに到着。カナズミジムに挑戦して、ジムリーダーのツツジに勝利してストーンバッジをもらう。
カナズミジムを出ると、逃げていくマグマ団（アクア団）のしたっぱとそれを追いかけるトウカのもりで出会ったデボンコーポレーションの研究員を目撃。研究員によるとマグマ団（アクア団）に会社の荷物が盗まれたといい、主人公はそれを取り返すことになった。
マグマ団（アクア団）のしたっぱが逃げた先のカナシダトンネルの入口では、キャモメをマグマ団（アクア団）のしたっぱに奪われてしまったおじいさんに出会う。
カナシダトンネルの中に入って、そのマグマ団（アクア団）のしたっぱとバトルをして勝利。会社の荷物を取り返し、キャモメも解放する。
おじいさんは無事キャモメと再会し、ハギと自己紹介、困ったときに自分を頼るよう主人公に伝えてトウカのもり近くにある自身の家に帰っていった。
取り返した会社の荷物をデボンコーポレーションの研究員に渡した後、主人公は研究員にデボンコーポレーションの社長室へ案内される。
そこで研究員から会社の荷物をカイナシティにある造船所に届けるよう頼まれ、社長のツワブキからはムロタウンにいるダイゴという男に手紙を渡してほしいとお使いを頼まれる。その後、ツワブキからポケナビ（様々な機能を備えたアイテム）をもらう。

主人公はムロタウン、そしてカイナシティに行くためにハギの元を訪れる。ハギは船を出してくれて主人公は船に乗り、まずダイゴのいるムロタウンへと向かった。
ムロタウンではムロジムに挑戦して、ジムリーダーのトウキに勝利してナックルバッジをもらう。その後、ムロタウンの北西にあるいしのどうくつの中でダイゴに出会い手紙を渡す。
ムロタウンでのお使いを済ませた主人公は再び船に乗り、今度はカイナシティへと向かう。
カイナシティに到着すると、町中にある海の科学博物館の前に大勢のマグマ団（アクア団）がいるのを目撃。その後造船所に向かうが、責任者のクスノキは不在であり彼を探すことになった。
造船所の隣にある海の科学博物館に入ると、そこにはマグマ団（アクア団）が大勢いた。2階に上がるとクスノキがいて預かった荷物を渡そうとするが、そこにマグマ団（アクア団）のしたっぱがやって来る。
主人公は預かった荷物を狙うマグマ団（アクア団）のしたっぱとバトルになるが勝利する。しかしそこにマグマ団（アクア団）リーダーのマツブサ（アオギリ）が現れ、自分達の活動目的を話した上で活動を妨害すればただでは済まないと忠告し、したっぱを連れて去っていった。その後、主人公はクスノキに荷物を渡した。

キンセツシティ～ヒワマキシティ

カイナシティを出て、次のポケモンジムがあるキンセツシティに向かう。その途中でハルカ（ユウキ）と再会してバトル。
そしてキンセツシティに到着しポケモンジムを訪れたところ、ミツルに再会。ミツルは自分の実力を試すためキンセツジムに挑戦しようとしていたが、一緒にいたミツルのおじさんに反対される。
ミツルは自分が強くなったことを見てもらうために主人公にバトルを仕掛けてくるが、主人公はミツルに勝利する。主人公に負けたミツルはジムへの挑戦を諦め、おじさんと一緒にシダケタウンへと戻る。
そして主人公はキンセツジムに挑戦して、ジムリーダーのテッセンに勝利してダイナモバッジをもらう。

キンセツシティから次のポケモンジムがあるフエンタウンに向かう。初めに西へと向かいミツルが暮らしているシダケタウンを訪れてから、今度はキンセツシティから北に向かう。
その途中、フエンタウン近くにそびえるえんとつやまの山頂に向かうロープウェイ乗り場はマグマ団（アクア団）がいて入れなくなっていた。
えんとつやまの脇にあるほのおのぬけみちを越えて、ハジツゲタウンに到着。この町に住む隕石の研究者であるソライシ博士の家を訪れると、住人からソライシ博士はマグマ団（アクア団）と一緒に町の西にあるりゅうせいのたきに向かったことを教えてくれる。
ハジツゲタウンを後にしてりゅうせいのたきに向かうと、マグマ団（アクア団）とソライシ博士がいた。マグマ団（アクア団）は自分達の邪魔をする主人公を追い払おうとするが、そこにマグマ団（アクア団）と敵対するアクア団（マグマ団）のリーダー・アオギリ（マツブサ）が部下と共に登場する。
マグマ団（アクア団）はソライシ博士を騙して隕石を奪っており、そのままえんとつやまに逃走。アクア団（マグマ団）は主人公に接触し、その後マグマ団（アクア団）を追ってえんとつやまに向かう。

隕石を取り返すため主人公はえんとつやまに向かい、ロープウェイに乗って山頂を目指す。山頂に到着すると、そこではマグマ団とアクア団の戦いが繰り広げられていた。
山頂ではマグマ団（アクア団）のしたっぱや幹部のホムラ（ウシオ）と戦い、その後マツブサ（アオギリ）の元に向かう。
マグマ団（アクア団）は隕石を使ってえんとつやまの火山活動を操り、自らの目的を成し遂げようとしていた。マツブサ（アオギリ）は自分達の活動を妨害する主人公にバトルを仕掛けてくるが、主人公はマツブサ（アオギリ）に勝利する。
その後、マツブサ（アオギリ）達マグマ団（アクア団）はえんとつやまから引き上げ、アオギリ（マツブサ）達アクア団（マグマ団）もマグマ団（アクア団）を追うために山を下りる。
主人公は隕石を取り返し、ソライシ博士に渡す。その後フエンタウンに到着し、フエンジムに挑戦して、ジムリーダーのアスナに勝利してヒートバッジをもらう。ジムを出るとハルカ（ユウキ）に再会し、ゴーゴーゴーグルをもらう。
父・センリとバトルをするために主人公はトウカシティに戻ってくる。トウカジムに挑戦しジムトレーナーとバトルした後、センリはジムバッジを4つ集めた主人公を認め、バトルに応じる。主人公はジムリーダーのセンリとのバトルに勝利し、バランスバッジをもらう。
その後ミツルの家を訪れると、ミツルの両親が主人公がミツルの友達になってくれたことに感謝して、お礼にひでんマシン「なみのり」をもらう。

キンセツシティから今度は水上を渡り東へと向かい、次のジムがあるヒワマキシティを目指す。その途中で、ダイゴに再会。
ところがヒワマキシティに向かう道は天気研究所のところでマグマ団（アクア団）によりふさがれていた。マグマ団（アクア団）は研究所にいる天気に関連するポケモンを狙い天気研究所を占拠。
研究所に入り、マグマ団（アクア団）のしたっぱや幹部のカガリ（イズミ）とバトルをする。中にいるマグマ団（アクア団）を全員倒すと、カガリ（イズミ）達マグマ団（アクア団）は天気研究所を引き上げる。その後、主人公は研究所の所長からお礼としてポワルンをもらう。
研究所を出て少し行った先でハルカ（ユウキ）と再会しバトルを行う。バトルに勝利すると、ハルカ（ユウキ）からひでんマシン「そらをとぶ」をもらう。
ヒワマキシティに到着してジムに挑戦しようとするが、ヒワマキジムに行く道が何も見えないのになぜかふさがっていた。
その後ヒワマキシティを出た少し先でダイゴに再会。そこでダイゴはデボンスコープ（隠れているポケモンを発見するアイテム）を使うと、透明だったカクレオンの姿が現れ、主人公はカクレオンとバトルになる。
バトル後ダイゴからデボンスコープをもらい、ヒワマキシティに戻ってジムに行く道でデボンスコープを使用してカクレオンを発見。カクレオンは驚いて逃げ去ったため、ヒワマキジムに入れるようになった。
ヒワマキジムに挑戦して、ジムリーダーのナギに勝利してフェザーバッジをもらう。

おくりびやま～ポケモンリーグ挑戦

ヒワマキシティから次のジムがあるトクサネシティに向かう途中、サファリゾーン付近でおくりびやま方面に向かうマグマ団（アクア団）を目撃する。
その後おくりびやまへと向かい頂上へ登ると、マグマ団（アクア団）とバトルになる。マグマ団（アクア団）は伝説のポケモンに関連のあるあいいろのたま（べにいろのたま）を狙っていた。
マグマ団（アクア団）を全員倒すが、マツブサ（アオギリ）が頂上に祀られていたあいいろのたま（べにいろのたま）を奪ってしまい、マツブサ（アオギリ）達マグマ団（アクア団）はおくりびやまから引き上げカイナシティへと向かう。
二つの玉を守る老夫婦からあいいろのたま（べにいろのたま）を取り返してもらいたいと頼まれ、主人公はべにいろのたま（あいいろのたま）を託される。
マグマ団（アクア団）の後を追い、主人公はカイナシティにやって来る。主人公はクスノキと再会するが、そのクスノキの潜水艇がマグマ団（アクア団）に奪われる。
マツブサ（アオギリ）は自分達のアジトがミナモシティにあることを明かした後、潜水艇に乗り込んでそのまま去っていく。
その後ミナモシティに向かい、ミナモデパートの前でハルカ（ユウキ）と再会しバトル。ハルカ（ユウキ）に勝利すると、ハルカ（ユウキ）はポケモン図鑑がある程度完成してきたということでミシロタウンに帰る。
ミナモシティの東にある洞窟はマグマ団（アクア団）が改造してアジトとしており、主人公はマグマ団（アクア団）のアジトに潜入。中にいるしたっぱ達と戦い、アジトの奥では幹部のホムラ（ウシオ）と戦う。
しかしその間にマツブサ（アオギリ）が乗船した潜水艇（クスノキ艦長から奪い改造した潜水艇）がアジトから出発してどこかへ行ってしまう。

マグマ団（アクア団）の潜水艇を追うため、主人公はミナモシティから海に出る。ポケモントレーナーと戦いながら、まずは7番目のポケモンジムのあるトクサネシティに到着。
町中にあるダイゴの家を訪れると、ダイゴからひでんマシン「ダイビング」をもらう。その後トクサネジムに挑戦して、ジムリーダーのフウとランに勝利してマインドバッジをもらう。
その後再び海に出てから、トクサネシティの南の海上で「ダイビング」を使用。潜った先にはかいていどうくつがあり、そこにはマグマ団（アクア団）の潜水艇があった。
洞窟内に入るとマグマ団（アクア団）のしたっぱや幹部のカガリ（イズミ）とバトルをする。マグマ団（アクア団）と戦いながら洞窟の最深部に向かうと、そこには伝説のポケモンのグラードン（カイオーガ）が眠っていた。
そしてマツブサ（アオギリ）が登場し、邪魔者排除のため主人公にバトルを仕掛けてくるが、主人公はマツブサ（アオギリ）に勝利する。
それからマツブサ（アオギリ）が手に入れたあいいろのたま（べにいろのたま）の力によりグラードン（カイオーガ）が目覚めるが、そのままグラードン（カイオーガ）は姿を消す。
その後マツブサ（アオギリ）にしたっぱから異常気象（日照り『ルビー』・大雨『サファイア』）が発生して自分達の身の危険が差し迫っているという連絡が入る。
異常気象の発生とグラードン（カイオーガ）が姿を消したことに、あいいろのたま（べにいろのたま）でグラードン（カイーガ）を制御できると思っていたマツブサ（アオギリ）は困惑。
そのマツブサ（アオギリ）の元にアオギリ（マツブサ）が現れ、異常気象が続けば世界は破滅する（海が全て干上がる『ルビー』・陸が全て海に沈む『サファイア』）と語る。
その後洞窟を出て主人公達が見たものは、異常気象に見舞われたホウエン地方だった。そこでマツブサ（アオギリ）は自分が取り返しのつかないことをしてしまったことに気付く。
マツブサとアオギリは異常気象に対処するため行動を開始。主人公はダイゴに再会し、ダイゴから異常気象の発生源がルネシティであることを聞く。そしてダイゴはルネシティに向かい、主人公もルネシティに向かう。

ルネシティに到着してダイゴと合流した主人公は、ルネジムのジムリーダーのミクリから異常気象が町にあるめざめのほこらから発生した力により引き起こされているということを聞く。
主人公がべにいろのたま（あいいろのたま）を持っていることを確認したミクリは、普段立ち入りが許されていないめざめのほこらの入口に連れて行き、その後主人公はめざめのほこらへと入っていく。
めざめのほこらの最深部に到達すると、主人公の持っているべにいろのたま（あいいろのたま）が突然光り輝き、グラードン（カイオーガ）が反応してバトルになる。
グラードン（カイオーガ）を捕まえる（倒す）と異常気象は収まり、ホウエン地方の危機は救われた。その後ルネジムに挑戦し、ジムリーダーのミクリに勝利してレインバッジをもらう。

ホウエン地方の全てのジムバッジを集めた主人公はポケモンリーグ挑戦のため、海上を東に進みポケモンリーグがあるサイユウシティに到着。
ポケモンリーグの途中にあるチャンピオンロードでは強いトレーナーと戦いながら先へと進んでいく。出口付近では強いトレーナーとなったミツルに再会し、彼とバトルをして勝利する。
チャンピオンロードを抜けてポケモンリーグに到着。ポケモンリーグに挑戦し、初めポケモンリーグ・四天王のカゲツ、フヨウ、プリム、ゲンジとバトルをする。
四天王を全て破り奥へ進むと、そこには旅先で何度も再会したダイゴがいた。ダイゴはポケモンリーグのチャンピオンとして主人公の挑戦を受ける。激闘の末、主人公はダイゴに勝利し、新しいチャンピオンとなった。
主人公はポケモンリーグを訪れたハルカ（ユウキ）とオダマキ博士から祝福され、その後ダイゴと共に殿堂入りの部屋に入り、そこで主人公は自分と自分のポケモン達を記録する。
ポケモンリーグでの戦いを終えた主人公はミシロタウンへと帰った。

その後もポケモンを捕まえたり、ポケモンバトルをするなど、主人公の冒険はまだまだ続くのだった。

エピソードデルタ（『オメガルビー・アルファサファイア』）：ヒガナとの出会い～トクサネ宇宙センター

ポケモンリーグでの戦いを終えてミシロタウンの自宅に戻った主人公は、自宅に戻っていたセンリからトクサネシティのトクサネ宇宙センターで開催される天体ショーのペアチケットをもらう。
センリは妻（主人公の母親）と行く予定だったが都合があっていけなくなり、主人公にハルカ（ユウキ）を誘ってみてはどうかと提案する。
主人公はハルカ（ユウキ）を誘うため自宅を出ると、そこにはゴニョニョを連れた謎の女性がいた。女性はヒガナと名乗り、主人公と少し話をするとどこかへ去っていく。
そしてハルカ（ユウキ）の家を訪れると、ハルカ（ユウキ）から自分が持っていたキーストーンを知らない女性に突然奪われたという話を聞く。
ハルカ（ユウキ）はその女性とバトルしたが歯が立たなかったといい、その女性が「次はトウカ」と小声で話していたらしい。

トウカシティに向かうと、ミツルの家の前でミツルとカガリ（ウシオ）が言い争いをしていた。カガリ（ウシオ）はキーストーンを渡すようミツルに迫るが、ミツルは持っていないと言い張る。
カガリ（ウシオ）は主人公に気付き、主人公のキーストーンを奪おうとバトルを仕掛けてくるが、主人公はカガリ（ウシオ）に勝利しカガリ（ウシオ）は引き下がる。
ミツルは自分の持っていたキーストーンをなくしてしまっていて、家に置いていたものが外出中になくなっていたという。
ミツルと別れた後、ダイゴから連絡が入り、至急デボンコーポレーションに来るよう言われる。デボンコーポレーションではダイゴにより社長室に案内される。
ツワブキ社長は前置きとして、3000年前にホウエン地方の遠方で発生した戦争を終わらせた兵器に使われていたポケモンの生体エネルギー（ポケモンの命を元にしたエネルギー）、そしてそれを平和利用した自社開発の「∞（無限大）エナジー」について語り、∞エナジーを燃料とするトクサネ宇宙センターのロケットについても説明。
そして本題に入り、巨大な隕石が我々の住む星に迫り衝突の危機にあると説明。デボンコーポレーションは隕石を観測したトクサネ宇宙センターと協力して、隕石に対処する方法としてロケットを使用する作戦を計画。
その計画のために隕石のかけらが必要となり、主人公はツワブキ社長からいしのどうくつに向かい隕石のかけらを入手してもらいたいと頼まれる。
ダイゴは機器準備のためトクサネ宇宙センターに先に向かい、社長の依頼を受けた主人公はいしのどうくつへと向かった。

いしのどうくつの最深部に向かうと、洞窟の壁画を眺めていたヒガナが主人公に気付く。主人公のことに興味があるヒガナはバトルを仕掛けてくが、主人公はヒガナに勝利し、ヒガナから隕石のかけらをもらう。
とその時、主人公の持っている隕石（えんとつやまでマグマ団／アクア団から取り返したもの）が光り出す。それを見てヒガナは主人公に隕石のかけらと一緒に持っていたほうがいいかもしれないとアドバイス。
そして去り際に、「君はどこまで真実を知った上で、何を自分の理想とした上て行動しているんだろうね」と意味深な言葉を主人公に残し洞窟を去る。
その後ダイゴからトクサネ宇宙センターに急いで来るよう連絡が入り、主人公はトクサネ宇宙センターへと向かう。

トクサネ宇宙センターを訪れるとセンターの2階にダイゴがいて、隕石の研究者であるソライシ博士に再会。主人公はソライシ博士に隕石のかけらを渡す。
ソライシ博士は主人公とダイゴに隕石に対処する計画について説明。まずメガシンカをしたときに発生する強大なエネルギーを、ロケットの中にあるポケモンの生体エネルギーとキーストーンの中にある人間の生体エネルギーを合わせることで人工的に作り出し、それをロケットを使って宇宙に放出してワープホールを宇宙空間に生み出す。
隕石をそのワープホールの中に入れ、どこかにワープさせて衝突を未然に防ぐという作戦。隕石のワープ先は作戦に必要なワープホールを接続する装置「通信ケーブル」によるため決まっていないが、ソライシ博士によると少なくともワープ先は自分達の住む星ではないという。
しかし、通信ケーブルのコントロールに想定以上にエネルギーが必要であることが分かり、ソライシ博士は隕石のかけらをもう一つ持ってきてほしいと主人公達に頼もうとしたところ、そこにヒガナが現れる。
ヒガナはポケモンの生体エネルギーを利用した作戦について問題を提起。主人公に∞エナジーを利用しない方法があるかどうか尋ねた後、物事には必要な犠牲と不要な犠牲があることを考えてもらいたいと語る 。
そして、多くの知恵と技術が結集しているにもかかわらず、問題のある∞エナジーを利用して隕石に対処しようとしているダイゴ達を見て、ヒガナは「想像力が足りないよ」と言い放ち、トクサネ宇宙センターを後にした。
ソライシ博士は話を再開し、もう一つの隕石のかけらをりゅうせいのたきから持ってきてほしいとダイゴ達に頼む。ダイゴは先にりゅうせいのたきへと向かい、主人公もそこへと向かう。

エピソードデルタ（『オメガルビー・アルファサファイア』）：りゅうせいのたき～トクサネ宇宙センター

りゅうせいのたきに到着し洞窟の奥に向かうと、ダイゴと一人のおばあさんがいた。ダイゴはすでに隕石のかけらを入手しており、おばあさんを紹介。
おばあさんは伝説のポケモン・レックウザが起源とされるメガシンカに関する伝承を担う一族である流星の民の末裔（ババ様）で、レックウザの伝承について説明。
大昔、無数の隕石飛来、そしてゲンシカイキ（自然エネルギーにより強大な力を持った太古の姿）した伝説の超古代ポケモンであるグラードン・カイオーガの出現により、ホウエン地方は滅亡の危機に遭う。
その時レックウザが、七色の岩を前に選ばれし伝承者の祈りを受けたことにより、光り輝いて別な姿に変化。レックウザはその強大な力を以て、グラードン・カイオーガを圧倒したという。
さらにババ様は「ポケモン」、「力を持った石」、「人」、それぞれの結びつきによりポケモンが新たな姿に変化する現象を後世の人々が「メガシンカ」と名付けたと語る。メガシンカは人間がレックウザに出会ったことにより見つかったものだった。
また、ババ様は「伝承者」についても語り、この世界に災いが訪れたときにレックウザを降臨させる方法と力が備わっている者が伝承者と言い、現在の正統な伝承者はヒガナという。
ヒガナは今起ろうとしている災い（巨大隕石の衝突）を阻止すべく、グラードン（カイオーガ）を目覚めさせる方法をマグマ団（アクア団）に教え、そしてキーストーンを集めてレックウザを降臨させる準備を行っていると語る。
ヒガナが流星の民であると確信したダイゴは、ヒガナがグラードン・カイオーガの強大な力や関連する異常気象のすさまじさを理解しながらレックウザ降臨の準備を行うことにより、どれだけ人々やポケモンの命が危険にさらされ、そして隕石の飛来を防ぐためならば異常気象による犠牲もやむを得ないというのかと憤慨。
これに対してババ様は、自分達は多くの災いを乗り越える中で多くの犠牲を見てきても、より多く平和であり続けるようできる限りのことをしてきて、こうして今、人とポケモン、自然が共存する世界となっていると語る。
そして自らの行動が多くの犠牲を払い、それにより自分に非難などが向けられたとしても、ヒガナは信念を必ず貫くだろうと語った。
ババ様の話を聞き終え、ダイゴはデボンコーポレーションに戻り、主人公もデボンコーポレーションに戻る。

カナズミシティに戻り、デボンコーポレーションに入ろうとするとそこの研究員が飛び出してきて、主人公に助けを求める。主人公はデボンコーポレーションに現れたマグマ団（アクア団）のしたっぱと戦い彼らを退散させる。
研究員によると、デボンコーポレーションで開発していた通信ケーブルの制御装置「次元転移装置」がマグマ団（アクア団）に奪われてしまったという。マグマ団（アクア団）はトクサネ宇宙センターに向かったらしい。
ダイゴはすでにトクサネ宇宙センターに向かったようで、主人公もトクサネ宇宙センターへと向かった。
トクサネシティに到着すると、トクサネ宇宙センターの前でカガリ（ウシオ）がしたっぱ達と共に宇宙センターに入っていくのを目撃。宇宙センターに入ると、マグマ団（アクア団）のしたっぱ達と戦う。
したっぱ達に勝利すると、したっぱの一人からカガリ（ウシオ）を止めるよう頼まれる。センターの2階に上がると、そこにはダイゴとソライシ博士、そしてカガリ（ウシオ）がいた。
カガリ（ウシオ）は、グラードン（カイオーガ）の一件後マツブサ（アオギリ）が変わってしまったことに絶望し、自分がりゅうせいのたきで見つけたキーストーンを使ってロケットの中にある∞エナジーを暴発させることで、世界を終わらせると宣言。
カガリ（ウシオ）の目論みを打ち砕くため、主人公はダイゴと共にマルチバトルでカガリ（ウシオ）と戦う。そして、カガリ（ウシオ）に勝利してカガリ（ウシオ）の目論みを打ち砕くことに成功した。
しかしそこにヒガナのゴニョニョが現れ、次元転移装置を奪い、そしてヒガナが現れる。
ヒガナは次元転移装置を指して、この装置はこの世界の人々やポケモンにとっては最高の希望だが、特定の人やポケモンにとっては絶望になる可能性を分かっているのかとダイゴ達に問いかける。
ヒガナはこの世界（『オメガルビー・アルファサファイア』の世界）と似ている別世界の存在を示唆。メガシンカが存在せず、3000年前の戦争も発生せず、最終兵器も存在しない、隕石に対処する技術や手段もない、その世界に隕石が飛来したらその世界の人々はどうなるのかとダイゴ達に尋ねる。
そして、ヒガナは返答しないダイゴ達に向かって再び「想像力が足りないよ」と言い放った後、奪った次元転移装置を破壊してしまう。
隕石のワープに必要な次元転移装置を破壊してしまったことにより、隕石に対処する唯一の手段を失う。しかしヒガナはこの世界、そしてこの世界と似ている別世界を守ると言い、カガリ（ウシオ）からキーストーンを奪い取った後、マグマ団（アクア団）アジトへと向かった。

エピソードデルタ（『オメガルビー・アルファサファイア』）：マグマ団（アクア団）アジト～ミシロタウン

主人公はマグマ（アクア）団のアジトへと向かい、したっぱ達と戦いながら奥に進む。奥にあるマツブサ（アオギリ）の部屋に向かうと、ヒガナとマツブサ（アオギリ）、ホムラ（イズミ）がいて、ヒガナはポケモンバトルでマツブサ（アオギリ）を倒していた。
ヒガナはマツブサ（アオギリ）からキーストーンを奪った後、主人公に自分を追いかけてきてほしいと頼み、これから自分が「そらのはしら」という場所に行くことを教え、アジトを後にした。
その後、主人公はマツブサ（アオギリ）から、メガストーン（メガシンカに必要なアイテム）であるバグーダナイト（サメハダナイト）を託される。
メガストーンを託された後ダイゴから連絡が入り、主人公はトクサネ宇宙センターに戻る。そして宇宙センターの2階で、主人公はダイゴにヒガナがこれから向かうそらのはしらのことについて話した。
そらのはしらは大昔の知恵を受け継ぎ、後世に伝える資格を有する者しか入れない場所とダイゴは説明し、大昔の知恵を受け継ぎ、そして伝える一族の一人である、ルネジムのジムリーダー・ミクリであればそらのはしら入口の封印を解除することができるという。
主人公はダイゴからヒガナやそらのはしらのことについて託され、ミクリに会うべくルネシティへと向かう。一方ダイゴはトクサネ宇宙センターに残り、ソライシ博士達と隕石に対処する方法を考えることになった。

ルネシティに到着すると、ダイゴから連絡を受けたミクリからそらのはしらのことについて話を聞く。
そらのはしらに続く洞窟の入口は自分達「ルネの民」、そして「流星の民」しか開けることができず、そらのはしらはホウエン地方の守り神という伝説のポケモン・レックウザを降臨させるための祭壇となっている。そして、レックウザをそらのはしらに降臨させる方法は流星の民しか分からないという。その後ミクリは先にそらのはしらへと向かい、主人公もそこへ向かった。
そらのはしらがある小島に到着すると、ミクリがそらのはしらに続く洞窟の前で待ち構えていた。ミクリはすでにそらのはしら入口の封印を解除していたが、主人公の実力を確かめるべく「ルネの民」としてバトルを仕掛けてくる。
主人公はミクリに勝利し、そらのはしらに登壇する資格を得た。「ルネの民」はそらのはしらに入ることができず、ミクリは隕石対策を講じるべくルネシティに戻る。

そらのはしらに入るとヒガナがいて、塔に来てくれた主人公に感謝し、主人公に塔の内部にある壁画を見せる。壁画は自分達の先祖である流星の民が数千年かけて伝承してきた、人やポケモン、自然の歴史を記した物といい、その後ヒガナは塔を上へ上へと案内しながらその歴史について語る。

数千年前の大昔、地上には自然のエネルギーが満ちており、ゲンシカイキしたグラードンとカイオーガはそのエネルギーを奪い合って衝突を繰り広げていた。グラードンとカイオーガを前に人々はどうすることもできなかった。
その時、宇宙から数多くの隕石が飛来し、そのうちの一つがドラゴンタイプのポケモンを使用する一族が暮らす滝（りゅうせいのたき）を直撃。
直撃した隕石は七色に輝き出し、その輝きに反応したかのように天空からレックウザが現れる。レックウザはグラードンとカイオーガを鎮めたことにより、ホウエン地方の人々から救いの神として崇められるようになる。
それから千年後、宇宙から再び隕石が飛来。りゅうせいのたきの時よりも大きな隕石が衝突して巨大なクレーターを作る。このクレーターができた場所は後にルネと呼ばれるようになる。
さらにこの隕石の直撃で大地が割れ、自然のエネルギーがあふれ出したことにより、ゲンシグラードン・ゲンシカイオーガが目覚めてしまう。人々は千年前と同じように願った後、隕石が強い輝きを放ち、そしてレックウザが降臨する。
人々はさらに祈りを捧げるとレックウザが新たな姿に変化し、変化したレックウザはその力を以てゲンシグラードン・ゲンシカイオーガの力を奪っていく。ゲンシカイキの力を失ったグラードンとカイオーガはそれぞれ大地と海に姿を消し、レックウザも天空に姿を消した。
その後レックウザと七色の石を祀るため、流星の民は巨大な塔（そらのはしら）を作り、自分達の体験した歴史とレックウザの偉業を後世に伝えるため塔に壁画を記した。
それから千年の間、平和な時代が続いたが、これまでの歴史から流星の民は再び宇宙から隕石が飛来すると予言。その隕石は過去2度飛来したものよりも巨大で、世界を滅亡させるほどの威力を持つものという。
流星の民は隕石による危機に関し、落下より先にレックウザを降臨させて、レックウザの力で世界を救う計画を立てる。

塔の最上階「龍召の祭壇」に到達した後、ヒガナはレックウザを降臨させて隕石を破壊するという流星の民の使命を明かす。
そして、ヒガナはレックウザを降臨させる儀式を龍召の祭壇にて執り行う。ヒガナはレックウザに祈りを捧げ、彼女のキーストーンが光り輝いた後も、さらに祈りを捧げる。すると、天空からレックウザが舞い降りる。
ヒガナはレックウザにメガシンカするよう求めるが、彼女のキーストーンは反応せず、レックウザはメガシンカをしない。ヒガナは続けてレックウザにメガシンカするよう求めるが、レックウザに変化が起きることはなかった。
メガシンカに必要なレックウザの体中にある隕石が不十分なために、レックウザはメガシンカしないのではないかとヒガナは考え、これまで自分のやってきたことは無駄だったのかと愕然。
しかしその時、主人公の持っている隕石が突然光り輝き、さらに輝き出す。するとレックウザは主人公の持っている隕石を食べ、自らの体内から光を放出する。主人公の持っていた隕石はメガシンカに必要なメガストーンと同じ働きをした。
ヒガナはレックウザが自分に力を与えた主人公を試しているといい、主人公にレックウザとバトルするよう導く。主人公はレックウザとバトルをし、見事レックウザを捕まえて手持ちに加える。
その後ヒガナはレックウザにメガシンカするための鍵となる技「ガリョウテンセイ」を伝授。そして最終段階として、バトルを通じてレックウザに力を引き出す体験を行わせることになり、主人公はヒガナとバトルをする。
主人公はヒガナに勝利し、隕石を迎え撃つ準備が整う。主人公はヒガナに見守られながら、レックウザに乗って共に宇宙空間へと向かい、レックウザはメガシンカする。
そして、メガレックウザは飛来してきた隕石に向かって「ガリョウテンセイ」を使い隕石を破壊。その後隕石の中から三角形の物体が現れ、そこからデオキシスが出現しバトルになる。
デオキシスを捕まえた（倒した）後、主人公は龍召の祭壇に戻ってきたが、そこにヒガナの姿はなかった。その後、ヒガナのゴニョニョからヒガナからの手紙を受け取る。手紙には主人公への感謝とこれからの自分について書かれていた。

そして主人公はハルカ（ユウキ）と共にトクサネ宇宙センターを訪れ、一緒に天体ショーを観覧。そして観覧後、二人はミシロタウンに帰ったのだった。

『ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド・オメガルビー・アルファサファイア』のゲームシステム

『ルビー・サファイア・エメラルド』の初期設定

ゲームを新しく始めると、オダマキ博士がポケットモンスターの世界観について説明。その後、主人公を男の子か女の子かを選び、名前を決める。この時主人公として選ばなかったほうがオダマキ博士の子ども（ハルカ／ユウキ）として登場。
物語は主人公がミシロタウンに引っ越してくるところから始まり、その後自宅2階の主人公の部屋にある時計を設定。これがゲーム内の時刻となる。
その後、ハルカ（ユウキ）の家に行きハルカ（ユウキ）に出会った後、ミシロタウンを出るとオダマキ博士がポチエナ（『エメラルド』ではジグザグマ）に追いかけられており、オダマキ博士を助けることになる。
博士のカバンから、キモリ、アチャモ、ミズゴロウのいずれかを選び、ポチエナとバトルした後、オダマキ博士から選んだポケモンをもらう。
それからコトキタウン（ミシロタウンの隣の町）の先、103ばんどうろにいるハルカ（ユウキ）と初めてのポケモンバトルの後、オダマキ博士からポケモン図鑑をもらい、ハルカ（ユウキ）からモンスターボールをもらう。
そして、主人公はホウエン地方の冒険の旅に出発することになる。

『オメガルビー・アルファサファイア』の初期設定

ゲームを新しく始めると、オダマキ博士がポケットモンスターの世界観について説明。その後、主人公を男の子か女の子かを選び、名前を決める。この時主人公として選ばなかったほうがオダマキ博士の子ども（ハルカ／ユウキ）として登場。
物語は主人公がミシロタウンに引っ越してくるところから始まり、その後自宅2階の主人公の部屋にある時計を設定。時計はニンテンドー3DSの時刻が反映される。
その後、ハルカ（ユウキ）の家に行きハルカ（ユウキ）に出会った後、ミシロタウンを出るとオダマキ博士がポチエナに追いかけられており、オダマキ博士を助けることになる。
博士のカバンから、キモリ、アチャモ、ミズゴロウのいずれかを選び、ポチエナとバトルした後、オダマキ博士から選んだポケモンをもらう。
それからコトキタウン（ミシロタウンの隣の町）の先、103ばんどうろにいるハルカ（ユウキ）と初めてのポケモンバトルの後、オダマキ博士からポケモン図鑑をもらい、ハルカ（ユウキ）からモンスターボールをもらう。
その後、ミシロタウンを出てハルカ（ユウキ）からポケモンマルチナビをアップデートして、ずかんナビを追加してもらい、隠れているポケモンについて説明を受け、隠れていたポチエナとバトル。
そして、102ばんどうろ（コトキタウンとトウカシティの間の道路）でハルカ（ユウキ）からずかんナビのサーチモードについて教えてもらえる。
次のトウカシティでセンリと会話をしてから、各地のジムを巡ったり、ポケモンを捕まえたりするなど、本格的な冒険に入る。

ゲーム内の時間

ゲームの中では現実世界と同じように時間の流れがあり、『ルビー・サファイア・エメラルド』では主人公の部屋の時計で設定した時刻、『オメガルビー・アルファサファイア』では3DSに設定された時刻がゲームに反映される。
時刻により、『オメガルビー・アルファサファイア』では「朝」、「昼」、「夕方」、「夜」、「深夜」の5つの時間帯に分かれるが、『ルビー・サファイア・エメラルド』には存在しない。
時刻は主人公またはハルカ（ユウキ）の家にある時計で確認できる（『ルビー・サファイア・エメラルド』）。

『オメガルビー・アルファサファイア』の時間帯
・朝：午前4時～午前10時59分
・昼：午前11時～午後5時59分
・夕方：午後6時～午後7時59分
・夜：午後8時～午後11時59分
・深夜：午前0時～午前3時59分