ポケットモンスター サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン（ポケモンSM・USUM）のネタバレ解説・考察まとめ

『ポケットモンスター サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』の概要

『ポケットモンスター サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン 』とは、ロールプレイングゲーム『ポケットモンスター』シリーズの一つで、『サン・ムーン』は第7作目であり、『ウルトラサン・ウルトラムーン』は『サン・ムーン』にストーリーやシステムを一部追加したバージョンになっている。
『サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』はニンテンドー3DS対応ソフトであり、『サン・ムーン』は株式会社ポケモン・任天堂から2016年11月18日、『ウルトラサン・ウルトラムーン』は同じく株式会社ポケモン・任天堂から2017年11月17日発売された。
ゲームフリークが制作を担当。

海外では『サン・ムーン』がアメリカとオーストラリア、韓国で2016年11月18日（日本と同時発売）、イギリスとドイツで2016年11月23日に発売された。
また、『ウルトラサン・ウルトラムーン』がアメリカとオーストラリア、韓国、イギリス、ドイツで2017年11月17日に発売された（日本と同時発売）。

冒険の舞台は4つの島と1つの人工島からなるアローラ地方で、ポケモン図鑑の完成とポケモンリーグを制覇することが最終的なゲーム目標。
プレイヤーはポケモントレーナーとなり、ポケモンを捕まえたり、ポケモンと出会ったりして図鑑を完成させていき、各地のポケモントレーナーとバトルをして腕を磨く。
本作では『ポケットモンスター』シリーズに登場するジム戦がなく、代わりに4つの島の島巡りの試練や大試練を行う。
ポケモンリーグは最初は存在せず、冒険を進めると完成する。ポケモンリーグが完成した後、四天王を倒すと主人公が初代チャンピオンとなり、その後挑戦者と戦うチャンピオン防衛戦に臨む。
本作ではならず者集団であるスカル団やウルトラホールやウルトラビーストについて研究しているエーテル財団といった組織が登場し、作中で戦うことになる。

『サン・ムーン』に登場するポケモンは全部で802種類で、その内訳は前作『X・Y』までに登場した721種類と『サン・ムーン』初出の新ポケモン80種類。このうち、『サン・ムーン』で図鑑登録できるのは302種類。
『ウルトラサン・ウルトラムーン』に登場するポケモンは全部で807種類で、『サン・ムーン』からさらに5種類追加。このうち、『ウルトラサン・ウルトラムーン』で図鑑登録できるのは403種類。
本作にはぜんこく図鑑は登場しないが、代わりにポケモンバンク（後述）で『ポケットモンスター』シリーズ（『ポケットモンスター X・Y・オメガルビー・アルファサファイア・サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』）の図鑑説明文を見ることができる。

本作の最初のポケモンは、モクロー（くさ、ひこうタイプ）、ニャビー（ほのおタイプ）、アシマリ（みずタイプ）。
『サン・ムーン』では、カプ・コケコ、カプ・テテフ、カプ・ブルル、カプ・レヒレ、コスモッグ、コスモウム、ソルガレオ、ルナアーラ、ウツロイド、マッシブーン、フェローチェ、デンジュモク、テッカグヤ、カミツルギ、アクジキング、ネクロズマが伝説のポケモン、マギアナ、マーシャドーが幻のポケモン。
『ウルトラサン・ウルトラムーン』では上記のポケモンの他、伝説のポケモンはベベノム、アーゴヨン、ツンデツンデ、ズガドーン、幻のポケモンはゼラオラが追加。
カプ・コケコ、カプ・テテフ、カプ・ブルル、カプ・レヒレはアローラ地方の守り神で、ウツロイド、マッシブーン、フェローチェ、デンジュモク、テッカグヤ、カミツルギ、アクジキング、ベベノム、アーゴヨン、ツンデツンデ、ズガドーンはウルトラビースト（後述）と呼ばれる生き物。

この他、『ウルトラサン・ウルトラムーン』では、これまでのシリーズに登場した伝説のポケモンを捕まえることができ、『ウルトラサン』では、ライコウ、ホウオウ、ラティオス、グラードン、ヒードラン、ディアルガ、トルネロス、レシラム、ゼルネアスを捕まえることができ、『ウルトラムーン』では、エンテイ、ルギア、ラティアス、カイオーガ、レジギガス、パルキア、ボルトロス、ゼクロム、イベルタルを捕まえることができる。
また、『ウルトラサン・ウルトラムーン』共通して、フリーザー、サンダー、ファイヤー、ミュウツー、スイクン、レジロック、レジアイス、レジスチル、レックウザ、ユクシー、アグノム、エムリット、ギラティナ、クレセリア、コバルオン、テラキオン、ビリジオン、ランドロス、キュレム、ジガルデを捕まえられる。ジガルデは『サン・ムーン』でも入手可能。

本作のパッケージを飾るのは、『サン』がソルガレオ、『ムーン』がルナアーラ、『ウルトラサン』がネクロズマがソルガレオを取り込んだ姿「たそがれのたてがみ」、『ウルトラムーン』がネクロズマがルナアーラを取り込んだ姿「あかつきのつばさ」である。
『サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』初出の伝説のポケモンのうち、『サン・ウルトラサン』ではソルガレオ、マッシブーン、カミツルギ、『ウルトラサン』ではズガドーンを捕まえることができ、『ムーン・ウルトラムーン』ではルナアーラ、フェローチェ、テッカグヤ、『ウルトラムーン』ではツンデツンデを捕まえることができる。
それ以外のポケモン（ベベノム、アーゴヨンは除く）は『サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』共通して捕まえることができ、ベベノム、アーゴヨンは『ウルトラサン・ウルトラムーン』両方で入手できる。
また本作から、既存のポケモンがアローラ地方の独自の自然環境に適応し、進化を遂げた「リージョンフォルム」と呼ばれるポケモンが登場。リージョンフォルムのポケモンは原種とタイプや見た目が異なっている。例として『ポケットモンスター 赤・緑』からいるほのおタイプのロコンは、アローラ地方ではこおりタイプのポケモンである。アローラ地方のロコンは「ロコン（アローラのすがた）」と呼ばれる。

『サン・ムーン』では、出現するポケモンの種類やポケモン図鑑の記載文章などが異なる。『ウルトラサン・ウルトラムーン』でも同様。

『ポケットモンスター サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』のあらすじ・ストーリー

メレメレ島

カントー地方からアローラ地方のメレメレ島に引っ越してきた主人公は、アローラ地方のポケモン研究者・ククイ博士に出会う。メレメレ島のしまキング・ハラから最初のポケモンをもらえることをククイ博士から教えられ、ハラのいるメレメレ島のリリィタウンへ博士と一緒に向かう。
リリィタウンに到着したがハラは不在で、主人公はククイ博士と手分けしてハラを探すことに。町では荷物を持った少女を目撃し、その少女が向かったマハロ山道に向かう。
マハロ山道の吊り橋で、オニスズメに襲われた少女のポケモン・ほしぐもちゃん（コスモッグ）を救出するが吊り橋が壊れて落下してしまう。しかし、そこにメレメレ島の守り神のカプ・コケコが現れて主人公とほしぐもちゃんは救出される。主人公達を救出した後カプ・コケコは飛び立っていき、カプ・コケコが残したかがやくいしを入手する。
少女と一緒にリリィタウンに戻った主人公は、ククイ博士から少女が博士の助手・リーリエであることを紹介される。
その後町に戻ったハラから最初のポケモン（モクロー、ニャビー、アシマリのうち1匹）を託され、ククイ博士からはポケモン図鑑とトレーナーパスをもらう。それから、ハラの孫のハウとバトルをする。
バトルに勝利するとかがやくいしが光り輝き、主人公はハラにかがやくいしを預ける。ハラからトレーナーとしての才能を見込まれた主人公は、翌日町で開かれるお祭りに参加することになった。
次の日、ククイ博士が迎えに来て博士からポケモンの捕まえ方を教えてもらい、モンスターボールをもらう。その後主人公はリリィタウンのお祭りに参加し、お祭りではハウとバトルする。
ハウに勝利した後、主人公はハラからZリング（Zワザを使用するために必要なアイテムで、ハラの手でかがやくいしから作られた）を授けられる。
お祭りの翌日、リーリエが迎えに来て、主人公の母親からおこづかいをもらった後、リーリエと一緒にククイ博士の研究所に向かう。
研究所ではククイ博士が主人公のポケモン図鑑をロトム図鑑にパワーアップさせてくれる。ハウが研究所を訪れた後、主人公はククイ博士から島巡りについて説明を受け、島巡りに必要なしまめぐりのあかしをもらう。
その後、リーリエにポケモンセンターとトレーナーズスクールに案内される。トレーナーズスクールではレッスンとしてスクールの生徒4人とバトルをする。
生徒4人、そしてスクールの先生に勝利した後、ククイ博士とスクールの卒業生でメレメレ島キャプテンのイリマがやって来る。イリマは主人公にキャプテンについて説明し、自分の試練はメレメレ島の茂みの洞窟という場所で行うと伝える。
スクールでのレッスンを終え、主人公はリーリエの案内でメレメレ島のハウオリシティに向かう。主人公はリーリエ、ハウと一緒にハオウリシティを回り、町中で一度別れる。
ポートエリアではイリマに再会するが、そこにスカル団のしたっぱが現れる。スカル団のしたっぱはイリマのポケモンを狙ってくるが、主人公はイリマと協力してスカル団のしたっぱを倒し、彼らを退散させる。
その後、イリマは自分の試練に挑戦できるかどうかを見るために主人公にバトルを仕掛けてくるが、主人公はイリマに勝利してイリマの試練を受けられることになった。

イリマの試練の場所である茂みの洞窟を目指し、ハウオリシティを後にする。洞窟を目指す途中で、ハウオリシティで戦ったスカル団のしたっぱが絡んでくるがバトルで倒し、再び退散させる。
茂みの洞窟ではイリマが試練の内容を主人公に説明。試練の内容は野生のヤングース（アローラコラッタ）2匹とデカグース（アローララッタ）を倒し、その後洞窟の奥でぬしポケモンという特別なポケモンを倒すというもの。
試練中にスカル団のしたっぱと再び戦うことになるがこれを倒し、野生ポケモンも全て倒して、洞窟の奥ではぬしポケモンのデカグース（アローララッタ）を倒す。
イリマの試練を達成した主人公は、Zクリスタル（Zワザを出すために必要なアイテム）のノーマルZを入手する。
イリマからメレメレ島のキャプテンミニゲート（アローラ地方の各地にある、試練を達成すると通れるゲート）を開けてもらった後、ククイ博士からZワザについて教えてもらい、それからリーリエを探してほしいと頼まれる。
少し先にあるメレメレの花園に入るとリーリエがいて、奥に行ってしまったほしぐもちゃんを彼女の元に連れていく。花園を出ると、イリマの試練を達成したハウに再会しバトルをする。
キャプテンの試練を達成した主人公はしまキング・しまクイーンの大試練（ポケモンバトル）に挑戦できるようになり、メレメレ島のしまキング・ハラがいるリリィタウンへ向かう。
リリィタウンではしまキング・ハラの大試練に臨み、勝利して彼からカクトウZと試練達成の証を授けられる。また、主人公がポケモンに乗れるようライドギア（ケンタロスを登録してもらう）もハラから進呈される。
メレメレ島の試練・大試練を達成した後、主人公はリーリエのほしぐもちゃんを元の生息地に戻したいという願いを聞く。そして主人公はククイ博士やリーリエ、ハウと共に博士のヨットでハウオリシティから次の島・アーカラ島へと向かう。

アーカラ島

アーカラ島のカンタイシティに到着した主人公達は、アーカラ島のしまクイーン・ライチとアーカラ島のキャプテンの一人・マオに出会う。2人が去った後、ククイ博士はアーカラ島には3つの試練があることを主人公達に説明。
その後、主人公はアーカラ島にある命の遺跡に一緒に行ってもらいたいというリーリエの頼みを承諾し、カンタイシティのホテルで待ち合わせの用事がある彼女と別れた。
ホテルの前ではカロス地方から観光にやって来たデクシオとジーナに出会い、デクシオ（『サン』）・ジーナ（『ムーン』）とバトルをする。バトルに勝利した後、彼らからジガルデキューブをもらう。
2人と別れた後、ホテルでリーリエからカンタイシティから一番近い試練の場所について教えてもらい、カンタイシティの北東にあるオハナタウン方面へと向かう。
そのオハナタウンではメレメレ島の大試練を達成したハウとバトル。オハナタウンの北にあるオハナ牧場ではマオに再会し、マオにライドギアにムーランド（「ムーランド サーチ」）を登録してもらい、そして牧場の先にアーカラ島のキャプテン・スイレンがいることを教えてもらう。
スイレンのいるせせらぎの丘に向かう途中でハウに会い、スカル団の用心棒を務めるグラジオに出会う。グラジオは主人公にバトルを仕掛けてくるが、主人公はグラジオに勝利。その後スカル団のしたっぱが現れてグラジオに言葉をぶつけた後、グラシオやしたっぱは去っていく。
ハウと別れた後せせらぎの丘に到着し、そこでキャプテンのスイレンに出会う。スイレンからせせらぎの丘にある湖に発生している水しぶきの原因を調べるように頼まれ、スイレンからライドギアにラプラス（「ラプラス スイム」）を登録してもらう。
ラプラスに乗って発生している2つの水しぶきを調べるとヨワシが出現してバトルになるが、バトル後、スイレンの試練を受ける。スイレンの試練はせせらぎの丘のぬしポケモン・ヨワシを倒すこと。
主人公はぬしポケモンのヨワシとバトルして勝利し、スイレンの試練は達成。スイレンからミズZをもらい、次の試練がアーカラ島のヴェラ火山公園で行われることを教えてもらう。

オハナ牧場から南方面に進んでいたところ、島巡り中のトレーナー・ハプウに出会う。そのハプウに頼まれてメレメレ島で戦ったスカル団のしたっぱと戦う。
スカル団のしたっぱを倒した後、ハプウからアーカラ島にあるバトルロイヤルに挑戦してみてはどうかと勧められ、ハプウと別れた後、バトルロイヤルが行われている会場のロイヤルドームに向かう。
ロイヤルドームではグラジオの姿を目撃し、その後現れたロイヤルマスクからバトルロイヤルについて教えてもらう。主人公はロイヤルマスク、ハウ、そしてグラジオと共にポケモンを1匹ずつ出し合って、バトルロイヤルに挑戦する。
バトル終了後、アーカラ島のキャプテン・カキが会場に現れて、自分の試練がヴェラ火山公園で行われることを主人公達に伝えて去っていく。
ロイヤルマスク達と別れ、主人公は次の試練の場であるヴェラ火山公園に到着。ぬしの間ではカキの試練を受ける。カキの試練はガラガラ（アローラガラガラ）達の踊りの間違い探し3題とポケモンバトル。
主人公はガラガラ達の踊りの間違い探しに全問正解し、ガラガラやトレーナーのやまおとこ、ぬしポケモンのエンニュートとバトル。ぬしポケモンも含め全員倒し、カキの試練を達成。
カキからホノオZをもらい、ライドギアにリザードン（「リザードン フライト」）を登録してもらう。

アーカラ島の最後の試練であるマオの試練を受けるためシェードジャングルに向かい、その途中で科学者のアクロマに出会う。
シェードジャングルではマオの試練を受ける。マオの試練は特別料理を完成させるための食材集めと料理作り、及びぬしポケモンとのバトル。
材料を全て集めた後、カキやスイレンが持ってきた材料も合わせて、主人公はぬしポケモンを呼ぶための料理を作る。その後、ぬしポケモンのラランテスが出現してバトルになるが、主人公はラランテスを倒し、マオの試練を達成する。そして、マオからクサZをもらう。
その後ククイ博士がやって来て、島巡りの一環としてカンタイシティにある空間研究所を訪れるよう誘う。空間研究所ではククイ博士やリーリエ、ハウと合流し、研究所でウルトラホールについて研究しているバーネット博士に出会う。
バーネット博士は主人公にウルトラホールというアローラ地方上空にできる穴やそのウルトラホールからやって来る生き物「ウルトラビースト」について説明をする。
そして、バーネット博士からアーカラ島のしまクイーン・ライチの居場所について教えてもらう。研究所を出ると謎の裂け目を上空に目撃するが、ライチのいるコニコシティに向かう。

コニコシティの経由地・ディグダトンネルではライチに再会して、コニコシティにある彼女が経営する店で待ち合わせに。その後、トンネルの中ではエーテル財団の職員からスカル団の話を聞き、トンネルの奥ではハウと一緒にスカル団のしたっぱとマルチバトルをする。
スカル団のしたっぱに勝利した後、トンネルを抜けてコニコシティに到着。ライチの店を訪れるとライチのポケモンから彼女の手紙を見せられる。手紙によるとライチはコニコシティの東にある命の遺跡にいるらしい。
命の遺跡の途中にあるメモリアルヒルでは、エーテル財団とスカル団が対峙しており、主人公はスカル団に奪われたエーテル財団のポケモンを取り返すためにスカル団のしたっぱと戦う。
スカル団のしたっぱを倒した後、エーテル財団の支部長はアーカラ島の大試練を達成した後に素晴らしい場所に案内してくれるということで、まずは命の遺跡を目指す。
その途中でスカル団幹部のプルメリに呼び止められ、彼女とバトルすることになるが、主人公は彼女に勝利する。
命の遺跡に到着すると、リーリエとバーネット博士がやって来る。リーリエは遺跡に用事があり、バーネット博士はリーリエを遺跡に送ってきてそのまま帰った。
その後、ライチが現れて彼女の大試練に臨む。そしてライチに勝利して、彼女からイワZと試練達成の証を授けられる。遺跡を出ると大試練に挑戦しに来たハウから、ハノハノリゾートに来るようにとエーテル財団の支部長の伝言を受ける。
そのハノハノリゾートに向かうと、リゾートホテルでエーテル財団の支部長・ザオボーに再会。ザオボーは主人公をエーテル財団の本部である人工島「エーテルパラダイス」に連れていくという。
そこにアーカラ島の大試練を達成したハウがやって来て、ククイ博士とライチも見送りに来る。ククイ博士とはウラウラ島のマリエ庭園で会うことを約束し、主人公とハウはザオボーと一緒に連絡船でエーテルパラダイスに向かう。

エーテルパラダイスに到着した主人公達はザオボーから施設について説明を受け、それから副支部長のビッケに出会い、彼女に施設を案内してもらう。施設2階のポケモン保護区では、どのようなポケモンが保護されているかなどの説明を受ける。
同じ保護区では、エーテル財団の代表・ルザミーネに出会う。ルザミーネは傷ついたポケモンに母親のように愛していると語るが、会話の途中、突然地震が発生。その後、保護区に巨大な穴が発生して中から触手を持った謎の生き物が現れる。
主人公はその生物とバトルすることになるが、バトル後その生き物はどこかへ姿を消す。ルザミーネは「あの子が必要だ」とつぶやいて、今の生き物がウルトラホールからやって来たウルトラビーストではないかと言う。
エーテルパラダイスの見学を終えた主人公とハウは、ビッケに見送られた後、エーテルパラダイスから船に乗ってウラウラ島に向かう。

ウラウラ島

ウラウラ島のマリエシティに到着した後、主人公はハウとバトルをする。マリエシティではリーリエに再会し、ククイ博士と会う約束をしたマリエ庭園に向かう。
マリエ庭園ではククイ博士が待っていて、主人公とハウはエーテルパラダイスで起きた出来事を博士に教える。そして、ククイ博士から次の試練がウラウラ島のホクラニ岳の山頂で行われることを教えてもらう。
ホクラニ岳までは一緒にバスで行くことになり、ククイ博士はマリエシティの先にあるバス停に先行する。主人公は町のマラサダショップを回るハウと別れる。
マリエ庭園を出るとリーリエからマリエシティの図書館で読みたい本を一緒に探してほしいと頼まれる。この他マリエシティでは、ポケモン研究家のナリヤ・オーキドに出会い、ハプウにも再会。
図書館ではリーリエと一緒にアローラ地方の伝説のポケモンに関する本を探していると、少女がやって来て伝説のポケモンに関する本をリーリエに読ませてくれる。少女の名前はアセロラといい、アローラ地方の伝説について他にも教えるという。
図書館でアセロラの話を聞くリーリエと別れて、ククイ博士が待つバス停に向かう。バス停ではスカル団のしたっぱが標識を奪おうとしており、スカル団のしたっぱと戦う。
スカル団のしたっぱを倒した後にククイ博士がバス停にやって来て、博士と一緒にバスに乗ってホクラニ岳に移動。ホクラニ岳に到着すると、ククイ博士は遠くに見える同じウラウラ島にそびえ立つラナキラマウンテンを見ながら、そこにポケモンリーグを建設するという自分の夢を語る。
ホクラニ岳の山頂にあるホクラニ天文台では、ククイ博士の友人で天文台所長のマーレインに出会う。マーレインは主人公に試練を受ける資格があるかどうか見るためにバトルを仕掛けてくるが、主人公はマーレインに勝利する。
ハウを案内するククイ博士と別れて、主人公は天文台の中に入る。天文台の所長室ではウラウラ島のキャプテン・マーマネに出会い、彼の試練を受ける。
マーマネの試練は、彼が作ったぬしポケモンを呼び出すためのマシンの実験でもあり、マシンが出す音に関するクイズへの解答とポケモンバトルを行う。
主人公はマシンが出す音のクイズに全て正解し、野生ポケモンとバトルした後、ぬしポケモンのクワガノンが出現。クワガノンとバトルになるが勝利して、マーマネの試練を達成。マーマネからデンキZをもらい、マーレインからはハガネZをもらう。また、マーレインからはククイ博士の忘れ物であるロイヤルマスクの覆面をククイ博士に届けるよう頼まれる。

ククイ博士に覆面を届けるため、ホクラニ岳を下りて博士のいるマリエ庭園に向かう。マリエ庭園ではククイ博士がスカル団のしたっぱに絡まれており、スカル団のボス・グズマも現れる。
グズマはククイ博士のポケモンリーグ創設の夢に反対し、主人公にバトルを仕掛けてくる。グズマとのバトルに勝利すると、グズマはしたっぱを引き連れて去っていく。
グズマ達が去った後、主人公はククイ博士から最初に選んだポケモンの最終進化形のZクリスタル（ジュナイパーZ、ガオガエンZ、アシレーヌZのいずれか）をもらい、博士にロイヤルマスクの覆面を渡す。
リーリエとアセロラが庭園にやって来た後、ククイ博士はポケモンリーグ完成を見届けるためにラナキラマウンテンに向かう。そして、アセロラから次の試練がカプの村で行われるということを教えてもらう。
リーリエ達と別れた後、カプの村に向かう主人公。その途中でハプウに再会し、ライドギアにバンバドロ（「バンバドロ ダッシュ」）を登録してもらう。その後ハウに再会し、ハウはマーマネの試練達成を報告。
そこにグラジオがやって来て、スカル団がコスモッグを探していると伝える。さらに、コスモッグはアローラ地方に災いを招きかねないとグラジオは言い、コスモッグを守れと忠告した後、去っていった。
カプの村に到着すると、ハウから次のキャプテンの居場所について教えてもらう。そのキャプテンのいるエーテルハウスに向かうと、留守を預かる子どもとバトルになる。
バトルに勝利するとアセロラが帰ってきて、彼女は自分がキャプテンであることを明かし、試練の場所を主人公に教える。
エーテルハウスを出るとリーリエがスカル団のしたっぱに絡まれていたが、主人公がバトルでしたっぱを倒してリーリエを救う。リーリエはエーテルハウスで休むことになり、主人公はアセロラの後を追って試練が行われるスーパーめがやす跡地に向かう。
スーパーめがやす跡地に到着すると、アセロラから試練について説明を受ける。彼女の試練は、跡地にいるぬしポケモンを撮影するというもの。
跡地に入り、まず中にいるゴーストタイプのポケモンを撮影した後バトルをして倒す。その後、ぬしポケモンのミミッキュを撮影に成功してバトルで勝利したことで、アセロラの試練を達成。アセロラからゴーストZをもらう。

アセロラと一緒にエーテルハウスに戻ると、施設の前にはプルメリ達スカル団がおり、主人公はプルメリと戦う。勝利すると、プルメリはポータウンにあるスカル団のアジトに来るよう主人公に伝えて、したっぱと共に去っていく。
スカル団はエーテルハウスの子ども達のヤングースを奪っており、子ども達やリーリエに頼まれて主人公はポケモンを取り返すためにスカル団のアジトがあるポータウンに向かう。
その途中で、イッシュ地方の四天王・ギーマに出会い、ライドギアにサメハダー（「サメハダー ジェット」）を登録してもらい、ポータウンにスカル団がいることについても教えてもらう。
サメハダーに乗って先に進み、エーテルベースではデクシオやジーナに再会して、ジガルデを合成・分離させるリボーンマシーンについて説明を受ける。
ポータウンに近づくとスカル団のしたっぱ達と戦うようになる。ポータウンの入口でも戦い勝利するが、したっぱにポータウンへ入れてもらえない。しかし、そこに現れた男性がポータウンの入口を開けてくれた。
スカル団の根城であるポータウンに入り、したっぱ達と戦いながら奥にあるスカル団のアジトであるいかがわしき屋敷を目指す。屋敷の中に入ってもしたっぱ達と戦い、奥にあるボスの部屋に向かう。
ボスの部屋ではグズマが待っており、ポケモンを助けに来た主人公をあざけりバトルを仕掛けてくる。主人公はグズマに勝利して奪われたヤングースを取り返すが、グズマは「あいつらの力を使ってでもお前を壊す」と主人公に言い残し去っていく。
屋敷を出ると町の入口を開けてくれた男性がいて、そこにアセロラが駆け寄ってきて男性のことを「クチナシおじさん」と呼ぶ。アセロラはヤングースを連れて帰り、主人公もクチナシと別れてエーテルハウスに戻る。
しかしエーテルハウスに戻ると、リーリエの姿が見当たらない。ハウによると、プルメリ達スカル団がコスモッグを奪う目的でやって来て、リーリエはハウ達を守るために自らプルメリ達についていったのだという。
その後、エーテルハウスにグラジオが駆け込み、主人公達が頼りないからリーリエやコスモッグが連れて行かれたと激怒し、主人公にバトルを仕掛けてくる。
バトルに勝利するとグラジオはコスモッグを必ず取り返すとして、主人公にマリエシティの乗船所に一緒に来るよう聞く。主人公は承諾して、グラジオと共にマリエシティの乗船所に向かう。
乗船所でハウを待っていると、そこにクチナシが現れる。クチナシはウラウラ島のしまキングで、主人公は彼の大試練に臨む。そしてクチナシに勝利して、彼からアクZと試練達成の証を授けられる。
クチナシが去った後、ハウが乗船所にやって来る。グラジオはこれから行く場所はエーテルパラダイスと説明し、主人公とハウ、グラジオの3人はスカル団の船でエーテルパラダイスに向かう。

ポニ島・ポケモンリーグ挑戦

主人公達はエーテルパラダイスに到着する。施設内ではエーテル財団の職員と戦うことになり、彼らと戦いながらリーリエやコスモッグを探す。
エレベーターで1階に上がるとそこにはザオボーがいた。グラジオはリーリエやコスモッグの居場所を尋ねるがザオボーは答えず、主人公はザオボーと戦うことになる。主人公はザオボーに勝利し、ザオボーからコスモッグが地下にいるかもしれないと教えられ、さらに地下に行けるよう手配してくれる。
エレベーターで向かった地下2階では、2つあるシークレットラボを手分けして調べることになり、グラジオは手前のラボに、主人公とハウは奥のラボに向かう。
奥のラボに入ると、そこでハウと組んで財団職員と戦い、バトル後ラボ内を探索してウルトラホールやウルトラビーストに関する資料を読み、コスモッグがウルトラホールを開ける力を持つことを知る。
ハウはグラジオにそのことを報告した後、ハウとグラジオは先行し、主人公もエレベーターへ1階に上がる。1階ではハウと再び組んで財団職員と戦う。その後、ビッケがやって来て主人公達のポケモンを回復させ、リーリエがルザミーネのところにいると教えてくれる。
その後、シャッターの前に立ちふさがるザオボー達財団職員と戦い、ザオボーに勝利した後シャッターの鍵を入手。シャッターを開けてエーテルパラダイス内のルザミーネの家に向かう。
シャッターの先にはスカル団がいて、ルザミーネの家の前にはグズマが待ち構えていた。主人公とハウはスカル団のしたっぱと戦い、グラジオはグズマと戦う。しかしグラジオはグズマに負けてしまい、その後主人公はグズマと戦うことになる。
グズマに勝利し、主人公はルザミーネの家の中へ。リビングルームに入ると、そこにはルザミーネとリーリエがいた。ルザミーネはリーリエとグラジオの母親で、リーリエとグラジオは兄弟同士。
ルザミーネはコスモッグを利用しようとしており、リーリエはコスモッグを案じてルザミーネの元からコスモッグを持ち出したということが分かる。
リーリエは「ウルトラビーストのためにコスモッグを犠牲にしないでほしい」と必死に説得するが、ルザミーネは話を聞かずに奥のコレクションルームに移動。主人公やリーリエもコレクションルームに入るが、そこにあったのはケースに入れられた氷漬けのポケモン達だった。後にハウやグラシオもコレクションルームに入る。
ルザミーネはウルトラビーストをアローラ地方に呼び出してその世界を作ることを目論んでおり、グラジオやリーリエの制止も聞かずに、コスモッグの力を使ってウルトラホールを開けてしまう。ウルトラホールからはウルトラビーストのウツロイドが出現する。ウルトラホールはアローラ地方の各地にも開き、同様にウルトラビーストが出現。しまキングやしまクイーン、島の守り神がウルトラビーストにあたる。
ルザミーネはグズマに主人公達を排除するよう命じるが、グラジオが声を上げる。主人公はグラジオからルザミーネの制止を託されてルザミーネと戦う。
しかしルザミーネに勝利しても、彼女はウルトラビーストを捕まえるため、グズマと共にウルトラホールに入り込む。ウルトラホールが消えてしまった時にはルザミーネとグズマは姿を消す。また、力を使ったコスモッグの姿も変化し、コスモウムになっていた。
主人公達がコレクションルームを出るとリビングルームにはビッケがいた。ビッケの心遣いで主人公達はエーテルパラダイスで休むことになる。
そして翌日、装いを新たにしたリーリエにグラジオが伝説のポケモンを呼び出すという「つきのふえ（たいようのふえ）」を渡し、主人公にはマスターボールを渡す。
グラジオは後始末のためエーテルパラダイスに残ることになり、ハウはアセロラの試練を受けるためウラウラ島に戻る。主人公はリーリエと一緒にエーテルパラダイスからグラジオの船でポニ島に向かう。

ポニ島の海の民の村に到着すると、グラジオは伝説のポケモンにまつわる祭壇の番人というポニ島のしまキングを尋ねろとアドバイスし、エーテルパラダイスに戻る。
海の民の村の団長からハプウの元を訪れるようにと勧められた主人公達は島にあるパプウの家に向かい、ポニの古道にあるハプウの家に到着してハプウに再会。
早速リーリエはパプウにしまキングのことを尋ねるが、ポニ島にはしまキングは不在であるとハプウは答える。その後、ハプウの提案で彼岸の遺跡に行くことになり、出発前にハプウの祖母からライドギアにカイリキー（「カイリキー プッシュ」）を登録してもらう。
先行したハプウを追い、主人公とリーリエは彼岸の遺跡に入る。遺跡の奥ではハプウが島の守り神（カプ・レヒレ）から認められてしまクイーンになる。ハプウの祖父はかつてしまキングだったが他界した後はしまキングは不在で、ハプウはカプ・レヒレから認めてもらうためにアローラ地方の各地を回っていたのだという。
ハプウの話が終わった後、リーリエはルザミーネの一件を説明。伝説のポケモンの力を借りたいとして、ハプウに伝説のポケモンについて尋ねる。
伝説のポケモン（ソルガレオ／ルナアーラ）の儀式は2本の笛の音色で力を与えるものとハプウは説明し、2本のうちリーリエが持っているもの以外は、ナッシー・アイランドにあるという。
主人公達は海の民の村に向かい、団長に頼んでナッシー・アイランドに団長の船で連れていってもらう。
ナッシー・アイランドに上陸すると、主人公達はアローラナッシーに遭遇。その後、主人公は島でたいようのふえ（つきのふえ）を入手する。団長の船で海の民の村に戻った後、団長から祭壇のある場所を教えてもらう。祭壇があるのはポニの大峡谷の先。
主人公達が祭壇へ向かおうとすると、ポニの古道でスカル団のしたっぱ達が大峡谷への道をふさいでいた。したっぱ達はグズマを助ける方法を聞き出すため、主人公とバトルを仕掛けてくる。
したっぱ達とのバトルに勝利した後、プルメリがやって来てしたっぱ達を主人公達から引き離す。プルメリはリーリエに謝罪し、主人公にこれまでのおわびとしてドクZを渡してグズマ救出を託す。
プルメリと別れた後、ポニの大峡谷ではハプウが待っており、ここで彼女の大試練を受ける。主人公はハプウに勝利し、彼女からジメンZと試練達成の証を授けられる。
ハプウと別れ、主人公達はポニの大峡谷を奥に進んでいく。途中で、ポニ島のキャプテン・マツリカに出会い、彼女からフェアリーZをもらう。
大峡谷ではいくつもの洞窟を越え、細長い洞窟に入る。ここは試練の場所であり、主人公は試練を受ける。ここでの試練はイリマの試練と同じように、野生ポケモンとぬしポケモンを倒すというもの。
主人公は野生のジャラゴ、ジャランゴを倒し、ぬしポケモンのジャラランゴとバトルをして倒し試練を達成。ドラゴンZを入手する。
洞窟を抜けるとそこには日輪の祭壇（『サン・ウルトラサン』）・月輪の祭壇（『ムーン・ウルトラムーン』）という祭壇が広がっていた。ハプウが合流し、主人公とリーリエは伝説のポケモンを呼び出すため、階段を上り祭壇に向かう。

祭壇では主人公とリーリエは所定の位置に着き、それぞれ笛を吹く。そうすると祭壇が光り輝き、オブジェから光線が出て球体が発生。その後、コスモウムが飛び出して球体の中に入り、光輝いた次の瞬間、伝説のポケモンのソルガレオ（ルナアーラ）が現れた。
ソルガレオ（ルナアーラ）はリーリエのルザミーネに会いたいという願いを聞き、主人公とリーリエはソルガレオ（ルナアーラ）が開けたウルトラホールの中へソルガレオ（ルナアーラ）と共に入っていく。
ウルトラホールを抜けて主人公達が来たのはウルトラビーストが生息する「ウルトラスペース」という異世界。ソルガレオ（ルナアーラ）は入口から移動できないため、主人公とリーリエだけで奥へと進んでいく。
少し進むとすっかり元気をなくしたグズマがいて、彼によるとルザミーネはウルトラビーストに夢中で誰の話も聞かないらしい。リーリエはルザミーネと話をするためさらに奥へと進み、主人公も進む。
進んだ先にはウルトラビーストの虜となったルザミーネがいて、元の世界に戻りたくない素振りを見せる。ルザミーネはリーリエの話を聞かず、自分が愛せる美しいものでなければ我が子であっても邪魔であり、そして自分の世界には自ら望んだものばかりであればそれで良いと語る。
リーリエはルザミーネに子どもは親の所有物ではないなどと自分の意見をはっきりと伝える。それに対し、ルザミーネはリーリエが自分に反抗するようになったのは主人公のせいだとして、ウツロイドと融合して主人公にバトルを仕掛けてくる。
主人公はルザミーネと戦って勝利するが、ルザミーネは主人公達を襲おうとする。その時ソルガレオ（ルナアーラ）が助けに来て光を放ちルザミーネを攻撃。ルザミーネとウツロイドは分離し、ルザミーネは正気を取り戻す。
その後、ソルガレオ（ルナアーラ）の力でウルトラスペースから、主人公やリーリエ、ルザミーネ、グズマが元の世界の祭壇に戻る。
祭壇ではハプウが待っていて、ルザミーネの介抱を指示し、主人公やリーリエのことを褒める。リーリエはソルガレオ（ルナアーラ）が自分や主人公と旅をまだまだ続けたいと感じ、ソルガレオ（ルナアーラ）をボールに入れてほしいと主人公に頼む。主人公はソルガレオ（ルナアーラ）をバトルをして捕まえる。
リーリエはソルガレオ（ルナアーラ）に自分の思いを伝えて別れを告げ、そしてルザミーネの看病をするために主人公とも別れて祭壇を後にする。
それから、主人公はやって来たクチナシから大試練を達成した者が受けられる大大試練の話を聞いた上で、ポケモンリーグが完成したこということを聞く。

その後、主人公はクチナシに送られてポケモンリーグがあるラナキラマウンテンにやって来る。入口ではグラジオに再会し、彼から感謝を受けてバトルをする。バトルに勝利した後、グラジオから激励を受ける。
グラジオと別れてエレベーターに乗り山頂に登ると、ハウがやって来る。全ての試練・大試練を達成した彼は最初のポケモンリーグ挑戦者を決めるべくバトルを仕掛けてくるが、主人公はハウに勝利する。
ハウと別れポケモンリーグの前に行くとククイ博士が待っていた。ククイ博士は島巡りの試練や大試練を全て達成した主人公を褒め、主人公をポケモンリーグに案内する。
ポケモンリーグでは初め四天王と勝ち抜き戦を行うことになり、四天王に就任したハラ、ライチ、アセロラ、カヒリと戦う。四天王を全員倒した主人公はチャンピオンとなるが、チャンピオンの間に行くとククイ博士がやって来てバトルを仕掛けてくる。
主人公は博士との激闘を制して殿堂入りを果たす。その後、リリィタウンでチャンピオンとなった主人公を祝福してお祭りが開催され、主人公は様々な人から祝福される。
リーリエもやって来て言葉を交わし、その後彼女に誘われてお祭りの最中に一緒に戦の遺跡に向かう。戦の遺跡ではリーリエがカプ・コケコにお礼を言った後、主人公が遺跡の石像に触れた際にカプ・コケコが出現。カプ・コケコは主人公にバトルを仕掛けてくるが、主人公はカプ・コケコを捕まえ、カプZを入手する。

お祭りの翌日、ハウが慌てて主人公の家にやって来る。ハウと一緒にハオウリシティの乗船所に行くと、そこにはリーリエとククイ博士がいた。
リーリエはルザミーネの具合を良くするため、そしてトレーナーになるためルザミーネと共にカントー地方に旅立つことを決意する。別れの際にリーリエは自分の大事なピッピにんぎょうを主人公に渡す。
そして、主人公達に見送られながらリーリエはルザミーネと共にカントー地方へと旅立った。

それからの冒険（『サン・ムーン』）

リーリエがカントー地方に旅立った後のある日、ハウが主人公の家にやって来て、ハウからZクリスタル（ジュナイパーZ、ガオガエンZ、アシレーヌZのうち島巡り中に入手していない2種類）をもらい、ポニ島にあるバトルツリーについても教えてもらう。
その後、家を出ると家の前にいた男性からカードを受け取る。カードにはアーカラ島のモーテルに来てくれるようにというもので、早速アーカラ島に向かう。
アーカラ島のモーテルに入ると、そこには国際警察のハンサムとリラがいて、彼らからウルトラビーストの保護任務に協力してほしいと頼まれる。ルザミーネがエーテルパラダイスでウルトラホールを開けた際に、ウツロイド以外にも何種類かのウルトラビーストがアローラ地方で目撃されたらしい。
主人公は保護任務の協力を承諾した後、テストとしてリラとバトルをする。そしてリラに勝利して合格し、正式に保護任務のメンバーとなる。
主人公はハンサムからエーテルパラダイスのシークレットラボに向かうよう指示される。協力者であるビッケから詳しい話を聞いてもらいたいというものだった。ハンサムとリラはウルトラビーストの情報収集に向かった。
エーテルパラダイスの地下2階に行くと、ビッケからリーリエとルザミーネがカントー地方に行った理由について教えてくれる。
カントー地方のマサキという人物が以前ポケモンと合体してその後分離プログラムで元に戻ったという出来事があった。それを本で知っていたリーリエはその分離プログラムを使えばルザミーネの具合も良くなると考え、カントー地方に行ったのである。
その後主人公はシークレットラボでビッケからウルトラボールをもらう。ウルトラボールはエーテル財団が極秘に開発したウルトラビーストを捕まえるためのボール。
ウルトラボールを入手した後モーテルに戻ると、ハンサムが慌てて帰ってくる。ウルトラビースト「Parasaite（ウツロイド）」がアーカラ島で目撃されたという。
早速任務開始となり、リラは市街地周辺の警戒、ハンサムは後方支援、そして主人公はウルトラビーストの捕獲に向かう。主人公は目撃されたヴェラ火山公園（ディグダトンネル）に向かい、そこでウツロイドに遭遇。バトルをしてウツロイドの捕獲に成功する。
ウツロイド捕獲の任務を完了し、捕獲して保護したウルトラビーストの情報はその都度国際警察とエーテルパラダイスに送られることになったが、リラの計らいでウルトラビースト自体は主人公が所有できるようになった。
ところが、外出したハンサムが再び慌てて帰ってくる。メレメレ島で新たなウルトラビーストが目撃されたらしい。ハンサムとリラはメレメレ島のモーテルに拠点を移し、主人公もメレメレ島のモーテルに向かう。
新たな拠点となったメレメレ島のモーテルに入るとリラが待機しており、そこにクチナシがやって来る。クチナシはウルトラビースト「Expansion（マッシブーン：『サン』）」「Beauty（フェローチェ：『ムーン』）」の情報を教えてくれる。
クチナシが去った後、情報収集中のハンサムが駆け込んでくる。メレメレ島にウルトラビーストが現れ、マッシブーン2体（『サン』）・フェローチェ4体（『ムーン』）が目撃される。
初回と同じく、それぞれ持ち場にあたり、主人公はウルトラビーストが目撃されたメレメレの花園（『サン』）・茂みの洞窟（『ムーン』）に向かい、ウルトラビーストに遭遇。バトルをしてマッシブーン2体（『サン』）・フェローチェ4体（『ムーン』）の捕獲に成功する。
その後、新たなウルトラビーストのアーカラ島での目撃情報が入り、主人公達は再びアーカラ島のモーテルに移動。モーテルに入るとハンサムとマツリカがいた。リラは外出して現場周辺の警戒にあたる。
マツリカはハンサムにウルトラビーストの情報を提供し、その後主人公にバトルを仕掛けてくる。マツリカに勝利した後、主人公はハンサムからウルトラビースト「Lightning（デンジュモク）」2体の目撃情報をもらう。
主人公は目撃されたシェードジャングル（メモリアルヒル）に向かい、そこでデンジュモクに遭遇。バトルをしてデンジュモク2体の捕獲に成功する。
デンジュモク捕獲保護の任務完了後、クチナシが再び訪問。クチナシはウルトラビースト「Slash（カミツルギ：『サン』）」「Blaster（テッカグヤ：『ムーン』）」がウラウラ島にいることを教えてくれる。
ウラウラ島のモーテルに拠点を移し、主人公達はウラウラ島のモーテルに移動。そこで、主人公はハンサムからカミツルギ4体（『サン』）・テッカグヤ2体（『ムーン』）の目撃情報をもらう。
その後、主人公はウルトラビーストが目撃されたマリエ庭園か17番道路（『サン』）、ハイナ砂漠（『ムーン』）に向かい、ウルトラビーストに遭遇。バトルをしてカミツルギ4体（『サン』）・テッカグヤ2体（『ムーン』）の捕獲に成功する。

カミツルギ（テッカグヤ）の捕獲成功後、残るウルトラビーストは1体であるとリラから伝えられる。ウルトラビーストが目撃された情報が入るたびにハンサム達の食事がお預けになっていて、リラはそのお店を探しに出かけた。
リラはウルトラビーストの捕獲保護のたび疲労の色を見せるようになり、ハンサムから心配されていた。ハンサムはリラが外出した後、主人公に重要なことを伝え、訪れたクチナシも話に入ってくる。
約10年前（『サン・ムーン』の時間軸）、ハンサムはチームを組んでウルトラビースト殲滅に関わるが、ハンサムのミスで仲間の一人を失う。その仲間はウルトラビーストを呼び寄せる餌役を担っていた。
国際警察はウルトラビーストがウルトラホールを抜けた者を求めることを知っており、ウルトラホールから現れた者やそのエネルギーを浴びた者のことを「Fall（フォール）」と呼んでいた。
ハンサムの失った仲間も元々ウルトラホールから現れたFallで、ルザミーネの一件でウルトラホールを通過した主人公もFallに該当するという。
お店の予約に失敗したリラが戻ってきた後、クチナシはポニ島にウルトラビーストが出現したことを教えてくれる。詳しい話はポニ島でということで、主人公達はポニ島に向かう。
ポニ島・海の民の村にあるレストランに入ると、ハンサムとクチナシが待っており、リラは既に現場周辺の警戒に向かっていた（実際はリラの体力を回復させるために現場と違う場所に派遣）。任務の前に、ハンサムやクチナシはリラに関する話を主人公に話す。
リラは約10年前にポニ島の浜辺で倒れていたところをハンサムやクチナシに保護された。リラはほとんどの記憶を失っており、大量のウルトラホールのエネルギーが検出される。彼女は国際警察の監視下に置かれ、後に国際警察の一員となる。
Fallはウルトラビーストを引き寄せ、またウルトラビーストはFallを前に暴れ回るという。リラだけでは限界があると感じたハンサムはウルトラビーストの興味を分散させるべく、Fallの主人公に協力を依頼したのである。
リラの話を終えた後、クチナシがバトルを仕掛けてくる。クチナシに勝利した後、最後のウルトラビースト「Gluttony（アクジキング）」の情報をもらう。アクジキングはクチナシがポニ島のエンドケイブに誘導しているらしい。
ポニ島の奥地にあるエンドケイブに向かい、アクジキングに遭遇。バトルしてアクジキングの捕獲に成功する。
全てのウルトラビーストの保護任務が完了し、その後ビッケに報告するために主人公達はエーテルパラダイスに向かう。エーテルパラダイスのシークレットラボに向かうと、ビッケから感謝の言葉を受ける。
その後、ハンサムが再び慌ててラボに入ってくる。ハンサムはメレメレ島で黒い物体を見てウルトラビーストだと断言するが、国際警察とエーテル財団の調査でこれ以上ウルトラビーストがいないことがビッケから語られ安堵する。
全ての任務を終え、リラとハンサムは有給休暇を取ることになり、主人公はハンサムから謝礼を受け取る。それから、主人公はテンカラットヒルの最奥空洞に向かうと、そこでネクロズマに遭遇。バトルをして捕まえることに成功する。

その後、主人公はカプ・コケコと同じくアローラ地方の島の守り神である、カプ・テテフ、カプ・ブルル、カプ・レヒレを捕まえる。
それから、ポケモンリーグで強くなった四天王と戦った後、チャンピオンの間で主人公はハウを始め自分に挑戦しに来たトレーナーと戦うチャンピオン防衛戦に臨む。

主人公の冒険はまだまだ続くのだった。

それからの冒険・エピソードRR（『ウルトラサン・ウルトラムーン』）

主人公のチャンピオン就任を祝うお祭りが終わったある日のこと、ハウが主人公の家にやって来て、主人公のことを探している人がいると教える。
家を出るとウルトラ調査隊のダルスとアマモ（『ウルトラサン』）／ミリンとシオニラ（『ウルトラムーン』）がいて、彼らからポニ島に出現したウルトラビーストの話を聞き、その後ウルトラ調査隊やハウと共にポニ島へと向かう。
ウルトラビーストが出現したポニの樹林に向かうとビッケが待っており、彼女からタイプ:ヌルとメモリをもらう。ポニの樹林に先行したウルトラ調査隊に続き、主人公やハウもポニの樹林に入る。
主人公はハウと共にウルトラ調査隊から出現したウルトラビーストのズガドーン（『ウルトラサン』）／ツンデツンデ（『ウルトラムーン』）の保護捕獲を依頼され、主人公はズガドーン（ツンデツンデ）とバトルをして捕まえ、ハウも捕まえることに成功する。
依頼達成後ウルトラ調査隊と別れ、主人公はハウと共にメレメレ島に戻る。

翌日、慌てた様子でマーマネが主人公の家にやって来る。マーマネによるとフェスサークルが何者か乗っ取られたといい、主人公に助けを求めに来た。主人公はマーマネと共にフェスサークルへと向かう。
そのフェスサークルは暗雲に包まれており、普段の様子とは大きく異なっていた。マーマネによると、フェスサークルのプログラムが勝手に書き換えられたといい、主人公はマーマネから自分と一緒にフェスサークルを取り戻してほしいと頼まれる。
主人公はマーマネの頼みを承諾しマーマネと一緒にフェスサークルにある城の中に入ると、そこにレインボーロケット団がいた。フェスサークルはレインボーロケット団に乗っ取られ、城はロケット団の城になっていた。
城では自分のポケモンが使えないように設定されており、その状態でフェスサークルからレインボーロケット団を追い出すため、主人公はバトルエージェントにて彼らと戦うことを思いつく。
早速マーマネがバトルエージェントを使えるように設定し、主人公はバトルエージェントでレインボーロケット団のしたっぱと戦い勝利する。そしてフェスサークルのシステムを取り戻し、レインボーロケット団をフェスサークルから追い出すことに成功する。
家に戻った主人公はテレビでエーテルパラダイスからのエーテル財団の記者会見を見る。記者会見ではルザミーネがポニ島一帯を覆い尽くした黒い雲の原因がネクロズマであることを発表し、すでに危機は去ったと説明。
ところが記者会見中にウルトラホールが出現し、そこにレインボーロケット団が現れてエーテルパラダイスを襲撃。会見は中断してしまう。
その後リーリエが主人公の家を訪問。リーリエは主人公にエーテルパラダイスの様子を見に行くと言ってエーテルパラダイスに向かい、主人公もエーテルパラダイスに向かう。

エーテルパラダイスに到着すると、ビッケからエーテルパラダイスがレインボーロケット団に乗っ取られたと説明を受ける。リーリエによると、ルザミーネはレインボーロケット団に捕まってしまったらしい。
ルザミーネを救うため、主人公はリーリエと協力してレインボーロケット団のしたっぱと戦うが、ロケット団の城になってしまったルザミーネの家の前でザオボーに遭遇。ザオボーは自らの出世のためレインボーロケット団の手引きをしていた。
リーリエはザオボーに今すぐロケット団の悪事をやめさせるよう説得するがザオボーは話を聞かず、主人公はリーリエと共にザオボーと戦うことになるが勝利する。
その後ザオボーの口から語られたのは、ウルトラホールが他の地方にある悪の組織を呼び出したというものだった。
主人公はリーリエと共にロケット団の城の中に入るとしたっぱ達に遭遇するが、そこにグズマが現れて主人公はグズマと共闘し彼らに勝利する。その後も主人公はリーリエのサポートを得ながら城の中にいるしたっぱ達と戦う。
奥に進むと、そこにはウルトラホールを通じて別世界からやって来たマグマ団のリーダー・マツブサがおり、自身の野望を語る。主人公はマツブサの野望を止めるために彼と戦い勝利する。
城の中にはマツブサの他、同じく別世界からやって来たアクア団のリーダー・アオギリ、フレア団のボス・フラダリ、ギンガ団のボス・アカギ、プラズマ団の七賢人・ゲーチスがおり、主人公は彼らの野望を止めるために戦い勝利する。
ゲーチスに勝利した後、ゲーチスがリーリエを人質に取るが、駆けつけたアクロマがリーリエを救出して自作のマシーンでゲーチスを元の世界に戻した。
ゲーチスと戦った部屋の奥に進むと、そこにはロケット団のボス・サカキがおり、また、ウルトラビーストの力で眠らされたルザミーネが横たわっていた。
サカキは世界征服とウルトラビースト軍団の創成という自らの野望を語る。主人公はサカキの野望を止めるべく彼と戦うが勝利する。その後サカキは「レインボーロケット団は永遠に不滅だ」と言葉を残し、その場を去る。
レインボーロケット団は全て元の世界に戻り、アクロマのマシーンによりロケット団の城は消滅して元のルザミーネの家に戻る。その後ルザミーネが目覚めて意識を取り戻す。
レインボーロケット団の手引きをしたザオボーはひたすら謝るしかなかったが、結局、一財団職員に降格となる。エーテルパラダイスは主人公の活躍で平穏を取り戻したのである。

『ポケットモンスター サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』のゲームシステム

初期設定

ゲームを新しく始めると、ククイ博士が引っ越してくる主人公に連絡してアローラ地方やポケットモンスターの世界観などについて説明。その後、主人公の性別と外見（それぞれ4種類）、そして名前を決める。
物語が始まると主人公はアローラ地方のメレメレ島に引っ越してきて、その後ククイ博士と一緒にしまキングのハラから最初のポケモンをもらうべく同じ島のリリィタウンヘ向かう。
リリィタウンではハラを探すことになり、その途中でリリィタウンの奥・マハロ山道でリーリエのほしぐもちゃん（コスモッグ）を救出するイベントが発生する。
イベント終了後かがやくいしを入手し、ハラがリリィタウンに戻ってきた後はハラから最初のポケモンとしてモクロー、ニャビー、アシマリのうち1匹をもらえ、ククイ博士からポケモン図鑑をもらう。
その後ハウとのポケモンバトルになり、バトル後、ハラにかがやくいしを預かってもらう。
そして次の日、ククイ博士からポケモンの捕まえ方を教えてもらい、モンスターボールをもらう。リリィタウンのお祭りでハウと再戦した後、ハラからかがやくいしを元に作ったZリングをもらう。
さらに次の日、主人公の母親からおこづかいをもらった後、自宅近くのククイ博士の研究所に向かう。研究所では博士にポケモン図鑑をロトム図鑑にパワーアップさせてくれて、島巡りに必要なしまめぐりのあかしをもらう。
それからリーリエの案内で、ポケモンセンターとトレーナーズスクールに向かい、トレーナーズスクールではレッスンとしてスクールの生徒4人と先生とバトルをする。また、トレーナーズスクールではククイ博士からがくしゅうそうちをもらう。
トレーナーズスクールのレッスンが終了して、ハオウリシティでスカル団のしたっぱとイリマとのバトルに勝利した後、メレメレ島のイリマの試練を受けるために茂みの洞窟へと向かう。

上記は『サン・ムーン』の初期設定で、『ウルトラサン・ウルトラムーン』は最初のポケモンをもらえるタイミングがリリィタウンを訪れる前など、一部『サン・ムーン』と異なる部分があるが大体は同じ。

ゲーム内の時間

ゲームの中では現実世界と同じように時間の流れがあり、3DSに設定された時刻がゲームに反映される。『サン・ウルトラサン』では3DSに設定された時刻がそのまま反映されるが、『ムーン・ウルトラムーン』では設定時刻から12時間の時差がある。
時刻により、「朝」、「昼」、「夕方」、「夜」、「深夜」の5つの時間帯に分かれる。

『サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン』の時間帯
・朝：午前6時～午前9時59分
・昼：午前10時～午後4時59分
・夕方：午後5時～午後5時59分
・夜：午後6時～午後11時59分
・深夜：午前0時～午前5時59分

殿堂入り後に昼夜が反転した世界に行くことができる。朝・昼・夕方の時間帯に行くと反転世界では午後6時に、夜・深夜の時間帯に行くと反転世界では午前6時にそれぞれなり、時間が進行する。
『サン』では夜・深夜の時間帯にソルガレオを手持ちに加えた状態で日輪の祭壇の歪みを調べ、『ムーン』では朝・昼・夕方の時間帯にルナアーラを手持ちに加えた状態で月輪の祭壇の歪みを調べると行くことができる。
『ウルトラサン』では夜・深夜の時間帯にソルガレオ（ネクロズマ「たそがれのたてがみ」でも可）を手持ちに加えた状態で日輪の祭壇のワープホールを調べ、『ウルトラムーン』では朝・昼・夕方の時間帯にルナアーラ（ネクロズマ「あかつきのつばさ」でも可）を手持ちに加えた状態で月輪の祭壇のワープホールを調べると行くことができる。
反転世界から元の世界に戻る場合は、月輪の祭壇（日輪の祭壇）の歪み／ワープホールを調べれば戻ってこれる。この場合、手持ちにソルガレオやルナアーラがいる必要はない。
ゲーム中では特定の時間帯に発生するイベントがあるが、反転世界に向かうと発生するイベントはその時間帯に対応したものになる。

おこづかい

主人公の所持金で、主人公の母親から一定の額を持って冒険に出発する。単位は円。基本的には、ポケモントレーナー（ハウ、スカル団、エーテル財団、キャプテン、しまキング・しまクイーン、四天王などを含む）にバトルで勝利して得られる賞金で増やす。
おこづかいを使って、モンスターボールやキズぐすりなどといったアイテムをフレンドリィショップなどで購入できる。
また、持っているアイテムをフレンドリィショップなどで売って換金することもできる。

ポケモントレーナー、また野生ポケモンとのバトルで手持ちのポケモンが全て倒されると、いわゆるゲームオーバーを現すメッセージが出て、最後に利用したポケモンセンターの前に移動して手持ちポケモンは全て回復するが、おこづかいが減少する。