ヱヴァンゲリヲン新劇場版（ヱヴァ）のネタバレ解説・考察まとめ

レイとアスカの恋

その後は使徒の襲来もなくしばらくは平穏な日々が続いた。アスカはクラス委員長の洞木ヒカリと親しくなる。レイはシンジと過ごすうちに彼に恋心を抱くようになり、自身も慕うゲンドウとシンジに和解してほしいと考える。レイはゲンドウに、シンジやNERVのみんなと一緒に手作りの食事会を提案する。一度は断ろうとするゲンドウだったが、レイの表情に妻のユイの面影を見て、了承する。
一方、シンジが学校の屋上でS-DATのポータブル音楽プレイヤー（カセットプレイヤー）を聴いていると、突然空からパラシュートで少女が降ってきた。その少女はエヴァパイロットである真希波（まきなみ）・マリ・イラストリアスだった。突然の対面に驚くシンジに軽快に挨拶だけすると、マリはどこかへ行ってしまった。

レイは食事会のために料理の練習をしていた。また、レイと同様にシンジに恋心を抱き始めていたアスカもシンジのために料理の練習をしていた。レイとアスカの双方が普通の女の子らしくなっていくことをミサトは喜んでいた。特にレイは食事会にミサト、リツコ、アスカも誘うなど周囲に心を開き始めていた。

エヴァ3号機起動実験、レイとアスカの成長

NERV本部に、北米のNERV第2支部で試験中だったエヴァ4号機が支部を巻き添えに突然の大爆発を起こして消滅したという事故の知らせが入った。そして同じく北米で開発されていた3号機が急遽日本の本部に移送されることになる。3号機の起動実験ではレイとアスカのどちらかがパイロット候補となった。
国際条約のバチカン条約で、「一国のエヴァ機体保有数は3体まで」と決められていた。その都合で、アスカの2号機は封印されることになった。

自身の唯一の居場所が奪われたように感じたアスカは、エレベーターで鉢合わせたレイに刺々しい態度をとってしまう。しかしレイの手には自分と同様に料理の練習で怪我をした痕跡があることに気づき、シンジへの想いを聞く。アスカは、無感情に見えたレイがれっきとした心と意志をもった少女だと気がつくのだった。
NERV本部には、新たなバックアップ装備として「ダミープラグ」が搬入された。これは本来シンジ達が乗り込むエントリープラグに代わるものであり、これによりパイロットなしでもエヴァを動かせる可能性があったが、まだテスト段階だった。搬入後、初号機に試験運用を兼ねて搭載されることになる。

エヴァ3号機が日本に到着することになり、起動実験が計画されるが、その実験予定日がレイの食事会の日とぶつかってしまった。それを知ったアスカは、レイとシンジの時間を作るために、自ら起動実験に志願した。その意図に気づき感謝するレイ。アスカもレイも精神的に成長しているのだった。

エヴァ3号機の暴走、第9の使徒

3号機には「第9の使徒」が侵入していた（アメリカから運ばれる際、機体が大き過ぎたためむき出しの状態で空輸されていたが、どの時点で侵入していたのか不明）。
第9の使徒は侵食型の使徒で、アスカの乗った3号機の起動実験が開始された途端、3号機とアスカの意識を奪って暴走し、周囲一帯を吹き飛ばす大爆発を起こした。

ゲンドウはエヴァ3号機を第9の使徒と認定し破壊することを決定し、シンジの初号機のみを出撃させる。シンジにはアスカが乗っている事を知らされていなかったが、アスカが乗っていることを察し、「アスカを殺すよりはいい！」と戦闘を拒否する。それを見たゲンドウは今のシンジでは役に立たないと考え、シンジとエヴァを繋ぐ回路を切断。ゲンドウは初号機の制御をあらかじめ搭載させておいたダミーシステムへと切り替えさせる。
ダミープラグにより再起動した初号機は暴走し、3号機を行動不能にするだけでは飽きたらず、腕や腹部を噛みちぎり、徹底的に破壊する。
シンジは初号機内で攻撃をやめるようゲンドウに懇願するが、聞き入れられない。遂には使徒のコアとアスカの乗るエントリープラグを噛み砕いてしまった。

NERVとの離別、第10の使徒

ミサトとリツコは3号機が起こした爆発に巻き込まれ重傷を負いながらも、かろうじて生存していた。シンジは強制的に初号機を闘わせたゲンドウに激怒し、エヴァでネルフ本部を破壊しようとするが、L.C.L.（エントリープラグ内に満たされている特殊液体）の圧縮濃度を限界まで上げられ意識を失う。
意識を失ったシンジは奇妙な精神世界に迷い込む。そこでレイと会話するシンジ。S-DATプレイヤーはゲンドウのもので、彼との絆のように感じていたシンジ。それをもう必要ないと語る。

ゲンドウとの関係はもはや修復不可能だと感じたシンジは、もうエヴァには乗らないと宣言してネルフと決別し、ミサトの家も去ることになる。NERVのゴミ箱にはシンジが捨てたS-DATがあり、レイはそれを拾っていた。

シンジが去った直後に「第10の使徒」が襲来し、シンジはシェルターに避難する。
第10の使徒はそれまでの使徒よりも遥かに強く、闘えるNERVパイロットはレイしかいなかったが、零号機は第8の使徒との戦闘で左腕が損傷したままだった。その時、封印されていたはずの2号機が突然出撃する。

マリの闘い、ザ・ビースト

2号機に乗っていたのは密かにジオフロントに潜入していたマリだった。しかし使徒のあまりの強さに歯が立たない。
一方、初号機はコアがダミープラグを拒絶し、起動しなかった。マリは、リミッター解除の裏コード「ザ・ビースト」を発動させるが、それでも第10の使徒を倒すには至らない。

そこに突如レイの乗った零号機が出撃する。零号機が所持していたのはN2爆雷（人類が保有する最大級の破壊力を持つ兵器）であり、それを抱えて自爆覚悟で使徒に突進するレイ。2号機も助太刀し、使徒の強大なATフィールドを破る。爆雷により大爆発が起こるが、零号機も使徒も生存していた。

シンジの決断

危険区域と判断され他の者は全員退避したシェルターで、ただ一人うずくまっていたシンジ。そこに、2号機が降ってくる。2号機に強引に掴まれてシェルターを出たシンジが見たものは、使徒と向かい合う零号機の姿だった。そして、使徒は零号機をレイごと捕食してしまう。その光景を目の当たりにしたシンジは衝撃を受ける。

使徒は零号機とレイを吸収したことで姿が変わっていき、更に識別信号が使徒のものではなく零号機のものになっていく。センサーを欺き、ジオフロントの自爆を回避できる状態になる。
シンジはマリから逃げるよう促されるが、それに従わず走り出す。

初号機、覚醒

本部内では初号機にダミープラグを搭載して出撃させようと繰り返していたが、やはり初号機は起動しない。そこにシンジが姿を現し、自分を乗せるように言う。それは今まで流されてエヴァに乗っていた彼が初めて見せた自らの意志だった。シンジは使徒と応戦するが、活動限界となり動けなくなる。

次の瞬間、初号機に変化が起こった。活動限界にも関わらず動き、人造人間の域を超えた“神に近いもの”「疑似シン化第1覚醒形態」へと姿を変え、第10の使徒を圧倒する。シンジのエヴァとのプラグ深度（パイロットとエヴァのコアの接近率。100を超えるとエヴァに取り込まれる）は180を超え、このままではシンジは人間に戻れなくなる。それでもシンジは綾波を絶対に助けると言う意志を見せる。ミサトはシンジに言葉をかけ、後押しする。

初号機は更に姿を変えていき、「光の巨人」（疑似シン化第2形態）へと変わっていく。シンジは使徒のコア内に辿りつき、レイの腕を掴みコアから引きずり出す。レイの手にはシンジのS-DATが握られていた。2人は抱き合い再会を喜び合う。
しかし、エヴァが「光の巨人」にまで覚醒したことは、15年前のセカンドインパクトの続きであるサードインパクトが起こり、世界が終わることを意味していた。そこに月面から渚カヲルの乗るエヴァMark.06が飛来し、謎の槍で初号機のコアを貫き、サードインパクトを止めるのだった。

『Q』

US作戦、シンジの生還

初号機が覚醒したことで起きた大参事「ニア・サードインパクト」から14年後。ミサトをはじめ旧NERV職員は、反NERV組織「ヴィレ」を結成し、NERVのエヴァ殲滅と次の大参事「フォースインパクト」の阻止を目的に活動していた。ヴィレは、アスカの乗るエヴァ改2号機とマリの乗るエヴァ8号機の2機によって、衛星軌道上にNERVが封印していた初号機を強奪しようとする。エヴァMark.04に妨害されるが、アスカが「なんとかしなさいよ、バカシンジ！」と叫ぶと、初号機が一時的に覚醒し、周囲の敵を蹴散らす。危機を脱した改2号機と初号機は地球へと帰還する。

艦艇「AAA ヴンダー」

ミサトが艦長を務めるヴィレの巨大艦艇「AAA ヴンダー」で目覚めたシンジは、ミサトやリツコなど元NERVのメンバーと再会するが、彼らから向けられる視線は冷徹だった。更に、シンジの首には「DSSチョーカー」という首輪が嵌められていた。
その直後、ヴンダーはMark.04の襲撃を受ける。殲滅するために改2号機が出撃した。シンジはそれを見て、アスカが無事だと知って喜ぶ。シンジは自身も初号機で出撃してアスカを手伝うと志願するが、ミサトは「何もしないで」と言うのだった。

戦闘終了後、シンジはリツコから説明を受ける。初号機は現在ヴンダーの主機として組み込まれていて、仮にシンジが乗ってもシンクロ率はほぼ0%であるため起動しないという。しかしシンジが初号機に近づくことは覚醒を促しフォースインパクトを引き起こす可能性があり、危険と判断された。シンジに装着された首輪「DSSチョーカー」は、万が一の保険としてシンジを殺すためのものだと告げられる。
シンジはトウジより年上にしか見えない女性、鈴原サクラ少尉からトウジの妹であると自己紹介される。さらにその場にアスカが現れ、自分が14年間、初号機の中で眠っていたことを知るのだった。アスカとの再会をシンジは喜ぶが、アスカは怒りと悲しみに満ちた表情でシンジを睨む。アスカは、左眼の眼帯以外に容姿は変わっていなかった。エヴァのパイロットは「エヴァの呪縛」により歳をとらないのだという。

そしてシンジは初号機からサルベージされたのはシンジと彼のS-DATプレイヤーのみで、レイは発見されなかったと告げられるのだった。
そこに、NERVのエヴァMark.09（マーク・ナイン）がヴンダーを急襲し、シンジを連れ戻そうとする。Mark.09から呼びかける声はレイのものだった。状況の説明もされず、冷たい態度を取られ続けてしまったシンジはこの希望に飛びついてしまう。

ミサトはヴンダーから去るシンジのDSSチョーカーを起爆しようとするが躊躇い、結局スイッチを押せなかった。アスカは制止を聞かず去ったシンジを「あれじゃバカじゃなくガキね」と悪態をついていた。
シンジは、Mark.09とともに旧NERV本部へ向かった。

NERV本部、渚カヲルとの出会い

シンジは本部内でアヤナミレイ（仮称）と対面。やはり自分がレイを助けていたと思ったシンジは安堵するが、彼女は自分が知っているレイとは様子が違っていた。
そこでゲンドウと再会すると、彼から謎の少年・渚カヲルとともにエヴァ第13号機に乗るよう命じられる。NERV本部でも何の説明も受けられず、困惑するシンジ。

孤独に苦しむシンジはカヲルと親しくなり、元気を取り戻していく。しかしカヲルから初号機の覚醒がトリガーとなり、地球が赤い荒野と化してしまったことを聞かされる。シンジは再び絶望しかけるが、カヲルは「希望は残っているよ」と語る。
その後、シンジは冬月から自身の母・ユイについて聞かされる。ユイは冬月のかつての教え子で、旧姓は『綾波ユイ』だった。ユイは、彼女自身が被検体となって行った実験の結果、現在は初号機の制御システムとなっているという。そしてレイがユイのクローンで、今 NERVにいるアヤナミレイ（仮称）は別のクローン体だと告げられる。