テイルズ オブ シンフォニア（Tales of Symphonia）とは【ネタバレ解説・考察まとめ】

『テイルズ オブ シンフォニア』の概要

『テイルズ オブ シンフォニア』とは、2003年8月29日にナムコから発売されたニンテンドーゲームキューブ（以下GC）用RPG。『テイルズオブ』シリーズのマザーシップタイトル第5作目で、シリーズ内のジャンル名は「君と響きあうRPG」。
2004年9月22日にPlayStation 2（以下PS2）版に移植され、システムやサブイベントの変更・追加に加え、主題歌とタイトルロゴの色が緑から紫へ変更された。2008年6月26日には本作から2年後を舞台にした『テイルズ オブ シンフォニア -ラタトスクの騎士-』という続編がWiiで発売された。2013年10月10日には『テイルズ オブ シンフォニア』10周年記念タイトルとして『テイルズ オブ シンフォニア -ラタトスクの騎士-』と本作を同時収録したPlayStation 3（以下PS3）用ソフト『テイルズ オブ シンフォニア ユニゾナントパック』が発売された。
全世界累計で約160万本の販売記録を持ち、テイルズ オブ シリーズ屈指の人気作である。

OP主題歌はGC版はday after tomorrowの「Starry Heavens」が起用されており、PS2版はday after tomorrowの「そして僕にできるコト」が起用されている。GC版とPS2版ではProduction I.G制作の同じアニメーションが流れるが曲に合わせてアニメーションの再生スピードに変更があるカットがある。PS3版はPS2版と同じ主題歌だが、アレンジバージョンとなっている。藤島康介がキャラクターデザインを務めている。ゲームの他にアンソロジードラマCDや小説、漫画の他、OVAにもなる等広くメディア展開されている作品である。OVAは『テイルズ オブ シンフォニア THE ANIMATION』というタイトルで5年に渡って全11話制作された。

今から四千年も昔、古代カーラーン大戦と呼ばれる激しい戦いがあった。その戦いは女神マーテルと契約した勇者ミトスによって終結され、戦乱の元凶である邪悪な種族ディザイアンを封印して世界に平和をもたらした。
そして現代。勇者ミトスが封印したディザイアンは徐々に力を蓄えやがて復活する。ディザイアンの復活で命の源であるマナは搾取され、世界は衰退の道を歩み始めた。この世界では女神マーテルより神託を受けた再生の神子がディザイアンを封印し世界を救うという伝説が存在し、神託の村イセリアに住む少女コレットが現在の神子であった。
16歳の誕生日にコレットは神託を受け、ディザイアンを封印する為、世界再生の旅に出ることを決意し、主人公でコレットの幼馴染みのロイドも旅に同行する。人々の期待を背負って、ロイド達による果てしない世界再生の旅が今始まる。

『テイルズ オブ シンフォニア』のあらすじ・ストーリー

シルヴァラント編

プロローグ

主人公ロイドはシルヴァラントにある信託の村イセリアの学校で村の子供達と授業を受けていた。マナの神子が女神マーテルから神託を授かる予言の日であったこの日、授業中に神託が下されることを知らせる光が見えた。学校の先生リフィルは授業を自習に切り替え、神託が下される聖堂へ向かう。教室にいたロイドの幼馴染みで神子の少女コレットも共に聖堂へ向かおうとするが、リフィルに迎えが来るまで教室で待機している様言われた。ロイドは聖堂で何が行われるのか知りたくなり、教室を抜け出し聖堂へ向かおうとするとリフィルの弟でロイドの親友ジーニアスがロイドを止める。しかしロイドはジーニアスを言いくるめ、コレットをも巻き込んで学校の外に出た。
すると外に村人の姿はほとんどなく静まり返っていた。不思議に思っているロイド達の前にコレットの父フランクがやってきて、先程ディザイアンが村に侵入してきた為にみんな隠れているのだと言う。この世界ではディザイアンと呼ばれるハーフエルフの集団が、各地で捕まえた人間に強制労働を強いる人間牧場と呼ばれる施設を運営しており、人間達の恐怖の対象であった。そのディザイアンは村を通り過ぎ真っ直ぐ聖堂に向かったらしいが、人間牧場に関与しない代わりに村を襲わないという不可侵条約を結んでいるイセリアにディザイアンが入ってきたことをジーニアスは不思議に思った。これからコレットも聖堂に信託を受けに行かねばならないのに、その聖堂にディザイアンがいることを心配したロイドとジーニアスはコレットを守る為聖堂まで同行することにした。
聖堂まで続く道にはモンスターがいたが、ロイド達は「エクスフィア」と呼ばれる装備者の様々な能力を高めることのできる宝石に似た装備品を付けていた為モンスターを軽々と倒し聖堂へ向かうことができた。無事に聖堂の前まで辿り着いたロイド達だったが、聖堂から出てきた祭司長は瀕死の傷を負っており、ディザイアンらしき者達が襲ってきたこととコレットに神託を受ける様告げた後息を引き取った。危険を承知でロイド達が聖堂の入口までやってくると、そこにはディザイアンと思わしき格好の男達が神子の行方をコレットの祖母ファイドラに聞いている最中だった。男達はコレットが神子だと分かると襲い掛かってきた。ロイド達が応戦していると謎の男性が戦いに割って入ってきてロイド達を助ける。助けてくれた男は左手にエクスフィアを装備しており、「クラトス」と名乗り傭兵をしていると告げた。コレットは信託を受ける為、聖堂の中で魔物と戦い自身の力を天に示す審判へ赴くと言うのでロイドはコレットの護衛の為について行きたいと名乗り出るがクラトスに足手まといだと一蹴されてしまう。ファイドラもロイドではなく、クラトスに護衛を依頼してしまう。しかしコレットがクラトスにロイドも一緒に連れて行くことを願い出た為、クラトスは渋々了承し同行を許した。
ロイド達が祭壇に辿り着くとクルシスの天使でレミエルと名乗る天使が現れ、コレットに「クルシスの輝石」と呼ばれる特別なエクスフィアを授けて祝福としてシルヴァラントに救いの塔を建てると塔の封印を解き最上階を目指す様指示を出した。レミエルはコレットが各地にある祭壇の封印を解く度に天使の力を授けると約束し、コレットが完璧な天使になった時シルヴァラントは救われると説いた。まずは火の封印を解く様指示を受け、クラトスとコレットは旅の準備の為聖堂を出ていった。残ったロイドとジーニアスは聖堂の中でリフィルに遭遇し、自習を抜け出したことがばれてしまい叱責を受けてしまう。その後、リフィルは聖堂の中を調べる為残り、ロイドとジーニアスはイセリアに戻った。

イセリアのコレットの家では世界再生の旅について話し合いがされており、コレットの護衛としてクラトスとリフィルが旅に同行することが決まっていた。ロイドとジーニアスも旅に同行したいと申し出るが大人達に断られてしまう。仕方なく家を出るロイドとジーニアスをコレットが追いかけ謝罪する。この日が誕生日であったコレットにジーニアスは手作りのクッキーをプレゼントするが、ロイドは約束していたプレゼントの用意が間に合っていなかった。明日の旅立ち前までに仕上げて渡すことをコレットに約束しロイドは自宅に帰ることにした。ジーニアスも友達に会いに行きたいと途中までロイドに同行することにした。
イセリアの出入口ではロイドと一緒に暮らしている「ノイシュ」という大柄の犬に似た動物がロイドの帰りを待っていた。ロイドは村の門番から「ロイドが村に通っている道の途中にある人間牧場には絶対近づかない様に」との村長の伝言を聞いた後、ジーニアスとノイシュを連れて村を出た。村からロイドの自宅に帰る為にはイセリアの森を通る必要があるが、ノイシュは小さなモンスターでも怖がってしまう為ロイド達を置いて逃げてしまう。仕方なく徒歩で自宅に向かって歩き始めると、ジーニアスは近づいてはいけないと言われている人間牧場に世界再生の旅が始まることを告げたい人がいると言って人間牧場に近付く。ロイドもジーニアスを心配して人間牧場まで同行する。
人間牧場ではディザイアン達が捕えた人間達に強制労働をさせていた。捕えられている人間の1人、マーブルという老婆がジーニアスの会いたかった人物で、鉄製の柵越しにロイド達はマーブルと会話を交わし世界再生の旅が始まることを喜び合った。するとロイドはマーブルの右手にエクスフィアが埋め込まれていることに気付く。しかし、「要の紋」と呼ばれるエクスフィアの抑制器が付いておらず、このままでは体に毒だとマーブルに教える。マーブルは人間牧場に連れてこられた日に埋め込まれたが、エクスフィアが何なのか、何の為に埋め込まれた知らずにいた。エクスフィアは肌に直接つけないと力を発揮しないがそのまま肌に付けると体に悪影響を及ぼす代物で、エクスフィアの毒素が出ない様まじないの文字を抑制鉱石に彫ってエクスフィアをはめ込む土台である要の紋が必要であった。マーブルの手にはその土台自体がなく直接肌にエクスフィアが埋め込まれていた為、ロイドにはどうすることもできなかった。
会話をしているとマーブルが仕事をしていないことがディザイアン達に見つかってしまう。咄嗟に隠れたロイドとジーニアスだったが、マーブルが心配で高台から牧場内の様子を確認する。マーブルはディザイアン達に鞭打ちされており、それを助ける為ジーニアスが高台から魔法でディザイアンを攻撃し、ロイドが囮になる作戦を立て実行する。顔を見せずにロイドがディザイアン達を引き付けている間にジーニアスは茂みから出て逃げる予定であったがジーニアスは転んでしまいディザイアン達に気付かれそうになる。ジーニアスを助ける為ロイドは追いかけてきたディザイアン達と単身戦う。
ディザイアンを倒したロイドはさらに追ってきた別のディザイアン達に顔を見られない様に崖を降って行き、崖下まで逃げていたジーニアスと合流する。戦ったことで顔を見られてしまったロイドをジーニアスは心配するが、平気だろうとロイドは言いその場で2人は分かれて帰路に就いた。崖の上では牧場に取り付けられた記録装置の解析が行われていたことをロイド達は知らずにいた。

ロイドは自宅に戻ると養父であるダイクに要の紋を作ってもらう様お願いする。ダイクは一度埋め込んだエクスフィアを取り出すのは危険だから抑制鉱石にまじないを彫ってアクセサリーとして要の紋を身に付けるれば抑制はできると答える。エクスフィアは誰でも持っている物ではない為、ダイクは要の紋を必要としている人物は誰なのかロイドに確認するとロイドは正直にマーブルのことを話した。牧場に行ったことにダイクは驚き、ロイドのエクスフィアをディザイアンに見られなかったか聞く。ロイドは大丈夫だと答えるが、何故自分のエクスフィアがディザイアンに見つかってはいけないのか質問する。ダイクはロイドのエクスフィアは特別で、ロイドの母親がディザイアンから当時赤ん坊であったロイドとエクスフィアを守って殺されたのだと説明した。今までその事実を聞かされていなったロイドは怒るがダイクは本当のことを話せばディザイアンに突っ込んでいきかねないロイドを案じて話さなかったと告げた。それを聞いたロイドは黙り込んでしまうが、マーブルの為の要の紋だけは作ってほしいと伝えるとダイクは殴り掛かる。
玄関から飛び出したロイドは旅の出発時間を告げにやってきたコレット、ジーニアス、リフィル、クラトスと鉢合わせる。リフィルはロイドにコレットと2人で話をする時間を作ってくれ、ロイドとコレットは自宅のベランダで会話を交わす。誕生日のプレゼントが間に合わなかったことを謝罪するロイドにコレットは「おめでとう」を言ってくれるだけで良いと言い、16歳まで生きてこられたことをコレットは喜んだ。ロイドはコレットの旅に同行したいと再度コレットに告げる。昼間は興味本位でついて行きたいと思っていたが、母親がディザイアンに殺された事実を知った今、ディザイアンとの不可侵契約を結んでいる村での生活はしたくないとロイドは思っていた。それを聞いたコレットは「明日の昼頃に出発するので、その頃に村に来てほしい」とロイドに告げた。リフィルが帰宅の為にコレットを呼びに来るとコレットは寂しそうに「さよなら」とロイドに挨拶を交わしてリフィル達と村へ帰って行った。

ロイドは夜通しコレットへのプレゼントの首飾りを作り完成させた。昨夜の喧嘩の謝罪とコレットに同行することを告げる為、ダイクに声をかけるロイド。ダイクは要の紋を作ってくれており、さらに世界再生の旅に同行して母親の仇を討ちたいというロイドの気持ちも見抜いて旅の準備までしてくれていた。旅に出ることを許してくれたダイクに感謝してロイドはノイシュを連れて村へ向かおうとした。するとジーニアスが走ってきて、コレット達は既に旅立ったと話した。
ロイドは急いで村まで行くとファイドラとフランクからコレットの手紙を受け取る。手紙にはコレットがロイドを危険な旅に巻き込みたくなくて出発時間を偽ってしまったことの謝罪と今まで仲良くしてくれたことへの感謝が綴られていた。手紙を読み終えたロイドはまるで遺書の様に書かれた手紙に動揺した。フランクはロイド達に隠していた神子の本当の役割について語ろうとすると、突然村に大きな音が鳴り響いた。
外の様子を見に出たロイドとジーニアスが目にしたのは村に侵入してきたディザイアン達と破壊された家々だった。ディザイアン達はロイドの名前を呼び探している様だった。ロイドとジーニアスがディザイアン達の前に出るとイセリア人間牧場の主でディザイアン五聖刃の1人フォシテスが現れ、不可侵契約に違反したロイドとイセリアの村に制裁を与えると言った。ジーニアスが「先に神子の命を狙って聖堂に攻め込んだのはディザイアン達だ」と叫ぶが、ディザイアン達は「奴らが神子を狙っているのか」と自分達ではないかの様に話した。ロイド達はその言葉に疑問を持ったがフォシテスは多くを語らず、ロイドが牧場で管理されている培養体であるマーブルと接触し、兵士を倒したことが牧場の記憶装置に記録されてことを告げる。するとフォシテスはロイドを倒す為に相応しい相手を用意したと言い大柄の不気味なモンスターを呼び寄せた。大柄のモンスターはロイドとジーニアスに襲い掛かるが、なんとか倒すことに成功する。戦いの最中、ディザイアン達はロイドのエクスフィアを見て自分達が探していた「エンジェルス計画」と呼ばれる計画に必要なエクスフィアだと確認した。ロイドのエクスフィアを奪おうとフォシテスが動くと突然後ろから先程ロイド達が倒したモンスターがフォシテスに抱き着き自由を奪った。するとモンスターからマーブルの声がして、ロイドとジーニアスの前でフォシテスを巻き込んで自爆した。このモンスターはディザイアンが培養体の体に埋め込んだエクスフィアを故意に暴走させて作り出した「エクスフィギュア」と呼ばれる存在でマーブル本人だった。フォシテスは深い傷を負いながらもロイドのエクスフィアを狙い続けると宣言し村から去って行った。マーブルに埋め込まれていたエクスフィアはジーニアスの足元に転がり落ち、ジーニアスはこれを拾い彼女の死に涙した。

ディザイアン達が去った後、村長は村の惨状をロイドのせいだと怒りロイドを村から追放すると言い放った。ジーニアスはロイドを庇うが、村長はディザイアン達の狙いがロイドであることは事実であり、村にロイドがいればまたディザイアン達に襲われるだろうと言う。「ロイドが出ていくなら自分も出ていく」とジーニアスが言い出し、村長はロイドとジーニアスに追放処分を言い渡す。ファイドラとフランクはそんな2人に「神子を追いかけ守ってやってほしい。世界が救われれば村人達の気持ちも変わるだろう」と優しく声をかけ旅立ちを見送った。ロイドはマーブルのエクスフィアをジーニアスに使う様進言し、ジーニアスもマーブルの形見として持つことを決めた。

世界再生の旅の始まり

ロイドとジーニアスはノイシュを連れイセリアを出て、火の封印を解く為にコレット達が向かったというトリエットという町を目指していた。トリエットに到着するとディザイアン達がロイドを探している場面に遭遇し、手配書まで張り出されている様だった。町の占い師にコレットの居場所を占ってもらうと、イフリートの暴走で滅んだとされているオアシスに向かっているとの答えが返ってくる。その言葉を信じ、町を出ようとするとディザイアン達に見つかってしまい戦闘になる。ディザイアン達を倒したロイドだったが、油断している隙に後ろからディザイアンと思わしき男達に攻撃され気絶してしまう。ジーニアスは抵抗せず基地まで連行される。ロイドだけ基地の中に入れられ、ジーニアスは解放される。ロイド達を心配して付いてきていたノイシュとジーニアスは合流し、一緒にロイドを助けようとする。
一方ロイドは牢屋の中で目を覚ます。武器は取り上げられていたが、見張りの目を盗んで持ち前の手先の器用さで牢屋の鍵を開け脱出する。牢屋から出て通路をさまよっていると、兵士に見つかってしまった為、近くにあった部屋にロイドは逃げ込んだ。その部屋には男性がおり、ロイドと対峙する。男性はロイドのエクスフィアを見ると相手がロイドだと確信する。その直後、男性の部下ボータがやってきて「神子達が基地内に侵入してきた」と報告する。ロイドはボータが聖堂でコレットを襲ったディザイアン達の1人だったことに気付き声をかけるが、ボータにリーダーと呼ばれた男性は一旦退却する。それと同時にジーニアスがコレット、クラトスを連れてロイドを助けに部屋へ入ってきた。ボータはロイド達と戦うがクラトスの力に圧倒され、武器を捨てて退却していった。
その後リフィルが脱出口を確保してきたと部屋に入ってきた。イセリアを追放されてからここに至るまでの経緯をジーニアスから聞いて事情を知ったリフィルはロイドに謝罪する。一先ず基地を出てトリエットに戻ることになる。その途中、リフィルがボータが置いていった武器に取り付けられていたエクスフィアに興味を持ち、ロイド達にエクスフィアのことを尋ねる。トリエットの宿屋でエクスフィアについてクラトスから説明を受けたリフィルは自分にもエクスフィアは使えるか聞くが要の紋がないと人体に悪影響を及ぼすと言う。要の紋はドワーフのみが作れる特殊技術であり、ロイドもまじないの文字は彫れるがドワーフではない為、材料があっても要の紋自体は作れなかった。リフィルは自宅から自身が研究している様々な遺跡から出た出土品をいくつか持ってきており、この中に要の紋はないか聞く。幸運にもその中にまじないの文字がすり切れている要の紋が1つあり、ロイドがまじないの文字を彫り直すことで修復できた。夜、ロイドは修復した要の紋をリフィルに渡しに行った後、クラトスが1人で宿屋から出ていく姿を見かけ追いかける。クラトスはノイシュを眺めており、そこでロイドに命を落とさない為にも太刀筋の粗さを改善する様声をかけ宿屋に戻って行った。

翌朝、火の封印を解く為、祭壇があるとされる旧トリエット跡に向かうことになる。旧トリエット跡の入口に到着するとリフィルは遺跡マニアとしての血が騒ぎ、興奮して様々な所を調べ始める。コレットに入口の横に設置された神託の石版に手をかざす様リフィルが指示するとコレットは石版に手をかざす。すると入口が開き、地下の遺跡へ入れるようになる。奥に進むと祭壇があり、近付くとモンスターが現れ戦うことになる。モンスターを倒すと火の封印が解かれ、コレットが祭壇で祈りを捧げるとレミエルが現れ、コレットに天使の力を授けた。コレットの背中に綺麗な羽が現れ、天使の様に空を飛ぶことができるようになった。レミエルは天使化には苦痛が伴うが1日程度で落ち着くと説明し、次はここよりはるか東にある祭壇へ向かう様指示をして消える。
遺跡を出た後、コレットは天使化の苦痛が現れ倒れてしまう。医者に見せるより一晩安静にさせるのが良いだろうと言うクラトスの言葉にロイド達は賛成し遺跡の前で野営をする。その夜、ロイドは渡せずにいた誕生日プレゼントをコレットに渡そうとするがいつの間にか壊れてしまっており、作り直すとコレットに約束する。コレットと話終えた後、ロイドはクラトスに声をかけるとクラトスからロイドがドワーフに育てられたことの経緯について尋ねられる。ロイドはディザイアンに襲われ、森で行き倒れていた母とノイシュと自分をダイクが助けたからだと答えた。その後、ジーニアスとリフィルとも雑談した後、再びコレットに話しかけるとコレットは1人で近くまで散歩に出かけてしまう。コレットは1人になったところで、自分の体におきている変化に戸惑い不安を呟く。

翌朝、コレットの体調が回復し、次の目的地の情報を得る為にパルマコスタという世界最大の都へ行くことが決定する。トリエットからパルマコスタまで行くにはオサ山道を越える必要がある。トリエットで準備を整えオサ山道に向かうと入口で謎の女性が現れ、コレットの命を狙って襲ってくる。コレットは慌ててしりもちをついてしまうが、その拍子に近くにあった山道管理用の隠し通路のレバーを倒してしまい、女性の暗殺者はその穴に落ちてしまう。難を逃れたコレットは落ちた暗殺者を心配するが死ぬほどの深さはないとジーニアスに言われ、その場を後にする。山道を進むと出口付近で先程襲ってきた暗殺者がまたコレットの命を狙って現れ襲い掛かってきた。ロイド達はなんとか暗殺者を抑え込むと暗殺者は消えてしまった。
オサ山道を越えるとイズールドという小さな漁港に辿り着く。イズールドではマックスという男性の船だけがパルマコスタへ出港できると言うがマックスに海に怪物が出て危険だから船は出せないと断られてしまう。海を渡る手段を探していると町にいる男性が「イズールドまでアイフリードという人の船に乗せてもらってやって来た。しかしアイフリードは故郷に帰ってしまった」と話す。その後、宿屋にいるライラという女性がアイフリードに想いを馳せているところに遭遇し、ロイド達が「アイフリードは故郷に帰ってしまった」と声をかけるとチャンスだと呟きどこかに行ってしまう。ライラを追いかけると船の前でマックスと言い争っていた。その様子を窺っていたロイド達に気付いたライラはルインという町に戻ったアイフリードに手紙を渡してほしいと依頼を受けてしまう。ライラは強引にマックスに船を出させ、ロイド達はなんとか目的地であるパルマコスタに到着した。

パルマコスタに着くとすぐにコレットが女性とぶつかってしまい、女性の持っていたワインの瓶を割ってしまう。女性の仲間に因縁を付けられたロイド達はワインを弁償する為町の雑貨屋に向かうとディザイアン達が店の娘ショコラと言い争っている場面に遭遇する。ディザイアン達が店を出た後、言い争っていたショコラも仕事に出かけていく。雑貨屋でワインを購入し、先程の女性に返す。すると女性の仲間達はパルマコスタのドア総督からだまし取ったという家宝をハコネシア峠に住む老人に売りに行くという話し合いをしながら去っていく。
ロイド達は情報収集の為町を歩いているとドア総督が町の少年と話をしているところを見かける。少年の父親は人間牧場に捕まっており、父親を返してほしいをドア総督に懇願していた。ドア総督は少年に必ず父親を助け出すと優しく声をかけ家へ戻っていった。町人からドア総督は義勇軍を募ってディザイアン達に対抗している偉い人なのだと教えられる。
その後、パルマコスタの港まで来ると最新鋭の蒸気船イサベル号を見たロイド達は船の大きさや技術に驚きの声を上げる。しかしその横に先程の暗殺者が現れ、技術の遅れに驚いている様に話す。暗殺者はロイド達に気付くと慌てて去っていった。
ロイド達は町の教会に向かうと以前聖堂で修業をしていてコレットの顔見知りだというマーチ司祭長に会う。マーチ司祭長は世界初の再生の神子スピリチュアの残した再生の書について話す。再生の書には全ての封印の場所が記されており、今はドア総督が所持しているとの情報を得る。教会を出ようとすると、受付に先程雑貨屋でディザイアン達と言い争っていたショコラがおり、パルマコスタはディザイアンとの不可侵契約を結んでいないことやドア総督がいるので大丈夫であると話した。
再生の書を求めてロイド達は総督府へ向かう。ドア総督に会い再生の書を貸してもらう様お願いするが、ドア総督は「先程神子はここを訪ねてきた。神子を名乗る偽物は捕えて教会に引き渡す」と言い放った。驚いたコレットはその場で転んでしまい、その拍子に天使の羽を出現させてしまった。羽を見たドア総督はコレットを本物の神子だと確信し、無礼を詫びた。しかし、先程神子の一行を名乗る者達が訪れ、彼らの言葉を信じて再生の書を渡してしまったのだと言う。パルマコスタに到着してすぐに因縁をつけてきた一行が偽の神子達だと気付いたロイドは彼らを追いかけて再生の書を返してもらおうと言う。先程別れ際に彼らが「ハコネシア峠へ行く」と言っていたことを思い出し、ロイド達はパルマコスタを出てハコネシア峠へ向かう。

ハコネシア峠の麓の小屋に入り、コレットが中を見渡すと大きな教典を見つける。小屋の主である老人コットンはその教典はマナの神子から買い取った物だと話す。ロイド達の探していた再生の書は既にコットンに売り渡された後であった。天使言語で書かれた再生の書は一般の人には読めないが、天使言語を読むことのできるコレットは特別に見せてやっても良いとコットンは言う。しかし見せる条件としてコットンは、ハコネシア峠とパルマコスタの間にある救いの小屋に安置されているスピリチュア像が欲しいので持ってくる様に言う。再生の書を見る為にロイド達は救いの小屋へ向かうことになり、小屋を出る。すると峠に人だかりができており話を聞くと、パルマコスタ人間牧場から牧場の主であるマグニスとディザイアン達がパルマコスタに向かっていったのだと言う。
ロイド達は一先ず救いの小屋へ行くと暗殺者がスピリチュア像に祈りを捧げていた。ロイドは暗殺者に自己紹介し、コレットも暗殺者の祈る姿を見ていつかお互いに分かり合えると言いこちらに敵意はないと語りかける。暗殺者は「藤林しいな」と名乗り、気が逸れたと言い残し消えてしまう。その後、小屋の中にいる司祭にスピリチュア像について話をしようとするが、司祭は司祭長がいないので出直してほしいと言われてしまう。仕方がなくロイド達はパルマコスタに向かうと雑貨屋の女主人でショコラの母カカオがマグニスとディザイアン達に処刑されそうになっていた。ロイドはいても立ってもいられず、マグニスに剣を向け処刑をやめさせようとする。リフィルが宥めるも、コレットも処刑を見逃せないと戦う意思を見せる。マグニスはロイドが手配書の人物だと分かると自分の手柄にしようと部下にロイドを攻撃する様命じる。しかし部下の攻撃はジーニアスの魔術によって跳ね返されてしまう。苛立ったマグニスはまずカカオの絞首刑を強行する。しかしコレットがすぐに自身の武器であるチャクラムを投げ縄を切り助けた。その隙にクラトスが「神子の意思を尊重しよう」と言い、マグニスの間合いに入り込み一撃をくらわせる。コレットは神子としてマグニス達と戦う意思を固める。マグニスはその様子に激怒し後始末を部下に任せ、自分は人間牧場へと帰っていった。
マグニスの部下達を退けたロイド達はカカオとショコラの親子から感謝される。パルマコスタを出て救いの小屋前に差し掛かるとパルマコスタの兵士に呼び止められる。兵士はロイド達に「ショコラがディザイアン達にさらわれた。この機会にパルマコスタ軍の総力を挙げて人間牧場へ攻め込むことを決意したことので、軍とディザイアンが戦っている間にショコラ救出してほしい」とのドア総督からの伝言を伝える。ロイド達はショコラを放ってはおけず、パルマコスタ人間牧場へ向かった。

ロイド達は牧場の手前で突然ドア総督の部下ニールに声をかけられる。ニールはこのままパルマコスタから去ってほしいとロイド達に告げるとクラトスとリフィルはショコラ誘拐の件は罠であると感づいた。軍隊を持つパルマコスタをディザイアンが放置していることに疑問を持っていたクラトスとリフィルは、ドア総督とディザイアンは裏で内通しているのではないかと考えていたのだった。2人の考えていた通り、ドア総督はディザイアンと内通しロイド達を罠にはめようとしているとニールは真実を語る。5年前に妻のクララを亡くした時はディザイアンへの復讐を誓っていたのに、いつの間にかディザイアンと内通する様になってしまったとニールは話し、このまま人間牧場に行っては危険であると知らせる。その話を聞いてもなおショコラ救出とパルマコスタの町を心配してコレットやジーニアスは人間牧場に乗り込もうと言う。クラトスとリフィルは反対するが、旅の決定権は神子であるコレットにある為、コレットの意見に従いロイド達はショコラ救出に向かうことが決定する。
ロイド達はまずパルマコスタに戻りドア総督にディザイアンとの内通について問いただすことを決め、総督府へ向かう。総督府には誰もおらず、声が聞こえる地下への階段を降りる。地下室ではドア総督とディザイアンがクララを巡って町の金を牧場へ流しているという話をしていた。ロイドはドア総督に「奥さんを人質にとられているのか」と声をかけるとドア総督はロイド達の姿に驚きながらも「妻ならここにいる」と言って布で隠された檻を見せる。その中には大柄の不気味なモンスターが入っていた。このモンスターはディザイアンに歯向かったドア総督の父のせいで見せしめとしてディザイアンにエクスフィアを埋め込まれたクララであった。ドア総督はクララを元に戻す薬を手に入れる為に町の人々を裏切り、裏でディザイアンに金を流していたのだった。ロイドはドア総督に「大切な人の為に地位も捨てられないくずだ」と非難する。コレットは「誰もが強いわけではない。マーテル様はきっとあなたを許して下さる」とドア総督に救いの手を伸ばす。ドア総督が改心しようとしていると隣に控えていた娘のキリアが突然ドア総督を攻撃した。ロイド達が驚いているとキリアはディザイアン五聖刃の長プロネーマのしもべだと言って正体を明かす。キリアはマグニスの新しい人間培養法を観察する為にドア総督の死んだ娘に化けていたのだった。ドア総督はディザイアン達に騙されており、クララを助ける為の薬など存在しなかった。キリアはロイド達に襲い掛かるが返り討ちにあってしまう。ロイド達に倒されたキリアは最後の力を振り絞りエクスフィギュア化したクララを檻から解き放つ。クララは一瞬ロイド達を襲おうとするがコレットが制止し、そのまま外に出ていき行方をくらます。追いかけようとすると瀕死のドア総督に声をかけられ立ち止まる。ドア総督は「もしクララを人間に戻す方法を見つけた時は人間の姿にもどしてやってほしい」とロイド達に頼む。そして自分の過ちを悔い、ショコラを助ける為のカードキーと認識番号を伝え息を引き取った。

ロイド達は改めてショコラの救出とマグニスを倒す為に人間牧場へ乗り込む。人間牧場の裏口で待っていたニールと合流し、ドア総督から受け取ったカードキーと認識番号を使って裏口から牧場の施設内に侵入する。施設内で囚われて収容されていた人間達を見つけ助け出そうとする。ニールがパルマコスタ軍が応援に来てくれているので、自分がこの場に残り軍と合流して収容されている人々を助けると言うので彼らの救助はニールに任せる。施設内を進むとショコラがディザイアン達に囲まれている所に遭遇しロイド達はショコラを助ける。管制室を抑える為、ロイド達はショコラの案内で管制室に向かう。管制室にはマグニスが待ち構えており、ロイド達の行動は全て投影機で見ていた為筒抜けだったと嘲笑う。その投影機には逃走を図るニールや収容された人々が映し出され、マーブルの様に体に埋め込んだエクスフィアを暴走させてモンスターの姿にしてやろうかとマグニスは挑発する。モンスターとなったマーブルをロイドが殺害したこと聞いたショコラは顔色を変える。マーブルはショコラの祖母だった。ロイドを祖母の仇だと知ったショコラはロイド達を拒絶し、仇に助けられるぐらいなら死を選ぼうとする。マグニスの指示で外に連れていかれたショコラを追おうとするとディザイアン達に阻まれてしまう。ディザイアン達を倒すとロイドはショコラが落とした通行証を拾う。マグニスは怒り自らロイド達に戦いを挑む。ロイド達に敗れたマグニスは納得のいかない様子であったが、クラトスの「クルシスはコレットを神子として受け入れようとしている」との言葉に「俺は騙されたのか」と呟き倒れた。
ロイド達は管制室のコンピュータを操作し施設内の扉を開け、閉じ込められたニール達を助ける。収容された人々を逃がすことには成功したが、埋め込まれたエクスフィアをどうするかという新たな問題が浮上する。要の紋なしに体に埋め込まれたエクスフィアは取り出すだけでも危険であり、扱えるのはドワーフのみだとクラトスは言う。ロイド達はダイクにお願いしてみようと決め、リフィルが牧場の自爆スイッチを起動させ急いで管制室を出た。
マグニスは息も絶え絶えになりながらも自分達が騙されているということをフォシテスに伝えようと通信機まで這って行く。しかしその通信機に謎の男が投影される。マグニスに「ロディル」と呼ばれたこの男は自分のしようとしていることがフォシテスにばれては困ると言い強制的に通信を切ってしまう。マグニスはロディルに騙され、金塊集めや神子抹殺の任務を行っていたのだった。フォシテスに連絡することが叶わないまま、マグニスは力尽きた。

コレットの異変

人間牧場を爆破させた後、ニールにショコラの行方を尋ねられる。ショコラの行方は分からないが、必ず居場所を突き止めるとロイドはニールに約束した。また、パルマコスタに避難した収容されていた人々の体に埋め込まれたエクスフィアはそのままでは危険なのでドワーフであるダイクのロイドの名前で手紙を書いて助けを求める様ニールに伝える。
パルマコスタ人間牧場の一件を片付けたロイド達は再生の書を見る為、コットンが所望しているスピリチュア像を取りに救いの小屋へ向かう。救いの小屋には司祭長が戻ってきており、神子であるコレットの願いならばと小屋のスピリチュア像を譲ると言ってくれる。しかし、司祭長の隣にいた司祭が「一昨年、自分が旅業に出掛けた際に本物のスピリチュア像を紛失してしまった。ここに安置している像は自分が用意した偽物である」と申し出る。スピリチュア像には後光部分にダイヤモンドが使われており、盗難防止の為に教会の者が旅業に出掛ける際は常に携帯するという規則になっていたのだ。一昨年、ソダ島に像を持って訪れた際に司祭は誤って間欠泉の先にある岩場に落としてしまったのだと言う。偽物の像ではコットンに見抜かれてしまうだろうと思い、ソダ島まで本物を取りに行こうとコレットが発言する。ソダ島の間欠周期はかなり早いので、ジーニアスの魔術で大きな氷の塊を作りそれで栓をして塞いでいる間に像を取りに行くという計画が決まる。
ソダ島行きの遊覧船乗り場からたらい型の船を借りソダ島までやってきたロイド達は間欠泉の先にある岩場に目的のスピリチュア像が落ちているのを発見する。ジーニアスが魔術で氷を作り出し、間欠泉を止めている間にロイドが下に降りて岩場伝いに像を取りに行く。無事に本物のスピリチュア像を手に入れたロイド達はハコネシア峠のコットンの小屋に向かい像を渡す。像と引き換えにコットンはコレットとリフィルに再生の書を見せる。コレットは封印に関する所のみ抜粋して読み上げると、水の封印が先程行ったソダ島の間欠泉にあることと風の封印がアスカード遺跡という所にあることが判明し、2つの封印を解いた後、神の守護塔と呼ばれる場所に向かうことが書かれた。しかしその先は壊れてしまっていて読むことはできなかった。
ロイド達はコットンに感謝を言い、水の封印を解く為ソダ島へ再度向かう。ソダ島の間欠泉の看板裏に神託の石版を見つけ、コレットが手をかざすと隠された遺跡の入口が開く。遺跡の奥に祭壇があり、火の封印の時同様祭壇からモンスターが現れる。ロイド達がモンスターを倒すと水の封印が解かれ、コレットが祭壇に祈りを捧げるとレミエルが現れ、さらなる天使の力を与える。コレットに目立った変化はなかったが、遺跡を出るとコレットは倒れてしまい、ソダ島で野営をして休憩をとる。リフィルはコレットが天使になる為に伴う苦痛を「天使疾患」と呼び、今後も封印を解く度に同じ症状が出るだろうと予想した。

翌朝、コレットが回復したことを確認し次の封印を解く為、アスカード遺跡を目指す。ハコネシア峠通り、アスカードへ向かう途中、ノヴァという動物学者とその家族に出会う。ノヴァの子供達がオサ山道で野営中に光る大きな鳥を見かけたと言い、リフィルはその鳥は光の精霊アスカかもしれないと推測した。その鳥が現れた時は風に揺れると鈴の様な音がするリンカの木の実が音を立てていたと言う。しかし、再びオサ山道を訪れた時には木自体がなくなっていたと言い、子供の1人が拾ったリンカの実をロイドはもらう。ノヴァ家族の話を聞いて、アスカに会う為にはどこか高い所でリンカの木になった実が旋律を奏でる様に綺麗な音を出し、その音色が風に乗せて遠くまで響かせる必要があることがわかる。現状ではアスカに会うことは叶わないと判断したロイド達は一先ずアスカードへ向かう。
アスカードは古代の王が嵐を抑える為に風の精霊に生贄を捧げる儀式を行ったとされる遺跡を中心に建てられた町であった。町の奥にその遺跡があり、リフィルは遺跡の石舞台に着くなり遺跡の解説を始める。ロイドが話の途中で石舞台の裏に回ってみるとライナーとハーフエルフのハーレイという2人の男性が石舞台を爆弾で壊そうとしている直前であった。ライナーが破壊を躊躇っていると、その会話を耳にしたリフィルが飛んできてライナーとハーレイに蹴りを入れて止める。遺跡の大切さを熱弁するリフィルであったが、はずみで爆破装置のスイッチを起動してしまう。爆破装置に解除装置がついていなかった為、ロイドは持ち前の手先の器用さで爆破を解除する。その直後、町長がやってきて石舞台は現在立入禁止だと伝える。町長が来たことでライナーとハーレイは逃げ出し、ロイド達も立ち退くことを余儀なくされた。
リフィルは貴重な遺跡を破壊しようとしたライナーとハーレイが許せず訳を聞く為2人を探す。とある民家に2人はおり、さらに家にはライナーの妹であるアイーシャという女性もいた。ハーレイ達の話によると、アイーシャが風の精霊を祀る儀式で生贄として選ばれてしまったのだと言う。元々は石舞台で踊るだけの儀式だったが、ライナーが石舞台を調べようとして勝手に封印を開いた為に風の精霊が蘇り生贄を要求してきたとハーレイは話す。ライナーが開いてしまったという封印はコレットが解くべき封印とは違うらしいが、リフィル以外は意味が理解できずにいた。ハーレイはアイーシャは今夜にも生贄として石舞台の上に立たされるのだと言ってロイド達を家から追い出す。ロイド達は再び石舞台を調べようと遺跡に向かうが、町長により立入禁止にされてしまい、石舞台に上がれるのは踊り手だけだと言われ、リフィルは自分が踊り手になると言い出す。町長は命の保証はできないが好きにすれば良いと言い踊り手の交代を認める。
リフィルが石舞台の上で儀式を行うとモンスターが現れる。このモンスターは封印の守護者ではないとコレットが気付き、全員でモンスターに攻撃をしかけ倒す。モンスターが古代バラクラフ文字で書かれた「バラクラフの地図」という石版を落としていったのをリフィルが拾い、ライナーと共に解読する。ハーレイは「リフィルはハーフエルフだからその豊富な知識でモンスターの謎を解明してくれるだろう」と言うとジーニアスが慌ててリフィルと自分はエルフだと訂正する。ハーフエルフであるハーレイは同族を見間違えはずないと言いかけるが、周りの目とジーニアスの必死な姿を見て自分の見間違いでリフィルとジーニアスはエルフだと言い直しその場を収めた。

翌朝、リフィルとライナーがバラクラフの地図を読み解き、昨日戦ったモンスターは古代のバラクラフ帝国を襲っていた厄災の原因で、当時の召喚士が風の精霊を使役しモンスターを封印したのがあの石舞台だったことが判明する。また、次の封印の場所はバラクラフ王朝の遺跡にあると地図に書かれていた為、ロイド達はアスカードから徒歩でバラクラフ王朝の遺跡へ向かう。遺跡の中央にバラクラフの地図の石版をはめ込むと神託の石版が現れ、コレットが手をかざすと入口が開く。ロイド達が遺跡に入った後、しいながコレットを追って遺跡の入口までやってくる。ロイド達についてきていたノイシュが足止めするも、しいなはお供のコリンを使ってノイシュを怯ませるとその隙に自分は遺跡に入っていった。しいなが追ってきていることに気付かないロイド達は遺跡を進み、奥の祭壇の前まで来ていた。祭壇からは封印を守るモンスターが現れ、モンスターを倒すと風の封印が解かれる。コレットが祭壇に祈りを捧げるとレミエルが現れ、天使の力をコレットに授ける。そして次の封印は世界の中心を望む場所だと言って消えてしまう。
遺跡を出る為来た道を戻っているとしいなが現れ襲い掛かってくる。しいなはロイド達に負けてしまうが「お前達が世界を再生すると私の国は滅ぶ」と言い残し去っていく。再生の旅は世界を救う旅のはずなのにしいなの国は滅ぶとはどういう意味なのか分からずにいるロイド達だったが、クラトスには心当たりがある様だった。
遺跡の外に出るとコレットは天使疾患で倒れてしまう。しかし転んで怪我をしているのにコレットが痛がる素振りを見せないことにロイドは戸惑う。その夜、遺跡の前で野営をし、ロイドは2人で話をする為コレットを誘いコーヒーを手渡す。ロイドがホットコーヒーだと言って渡してきたのでコレットはカップを受け取ると熱いと言う。しかしロイドは実はそれはアイスコーヒーなんだと嘘を言うとコレットは今度は冷たいと答える。コレットは熱の感覚が分からなくなっていることを確信したロイドはコレットに「いつから何も感じなくなったんだ」と質問する。ロイドはさらに先程転んだ時にできた怪我を痛がらなかったり、最近食事もほとんど食べなくなったことや睡眠をほとんどとっていないということをコレットに問いただす。コレットはロイドに心配かけたくなくて普通を装っていたと話す。コレットは火の封印を解いた後には食欲が湧かなくなり味覚も感じなくなったこと、水の封印を解いた後には眠くならなくなってずっと寝てないこと、風の封印を解いた後には痛みや熱等の感覚もなくなってしまったことをロイドに打ち明ける。コレットの告白にロイドは涙を流しコレットを抱きしめるが、コレットにはもう涙も流せなくなってしまっていた。他のみんなにはこの事実を黙っていてほしいとコレットはロイドにお願いし、ロイドはその要求を呑んだ。

翌日、ロイド達はルインという町に立ち寄る。しかし町は破壊されており、しいなが1人傷だらけの状態で倒れていた。しいなに訳を聞くと、ルインはここから北東にある人間牧場から逃げてきた人をかくまっていたが、そのことがディザイアン達にばれてしまい町は破壊され町の人々は強制的に牧場に連れていかれたのだと話す。コレットがしいなの怪我の原因を聞いていると、生き残っていたルインの司祭がパルマコスタから逃げていたエクスフィギュア化したクララに襲われて逃げてきた。ボロボロになりながらもしいなは司祭を助け、コレットもしいなを助ける為クララの前に飛び出しやめる様説得する。クララはそのままルインを去っていくが、ロイド達は追いかけず、しいなの手当てをする。回復したしいなは一宿一飯の恩があるルインの人々を助けたい一心でロイド達に一時休戦して共にルインの人々を救出してほしいと頼む。ロイドやコレットはしいなの要求を受け入れ、共にアスカード人間牧場へ向かうことを決める。
人間牧場は警備が強く、簡単に潜入できそうにない為、見回りにやってきたディザイアンの1人を倒して服を奪い、変装して侵入することにした。服を奪ってから一度ルインに戻り、リフィルとしいながディザイアンの服を着て残りの仲間達は人質役になることが決定する。しいなもロイド達で手を組まなければ1人だけでも牧場に潜入しようとしていた為、ディザイアンの服を一式持っていた。
リフィルが先導して牧場入口の見張りに「指名手配中のロイドを生け捕りにした。五聖刃に引き渡したい」と告げると見張りは疑うことなく入口の扉を開けロイド達は牧場の施設内に潜入する。施設では大量のエクスフィアを製造していた。コレットが隣の部屋から声がすると言い皆が警戒していると、隣の部屋からボータが部下を連れて現れた。ロイドは戦おうとするがボータは「クラトスがいる為ここは一旦退く」と言い戦おうとはしない。ロイドはクラトスとボータは知り合いなのか聞くがクラトスはイセリアとトリエットで顔を合わせただけだと答える。お互いの為にここは引こうというボータの提案にクラトスは頷き、ボータ達は逃げて行く。それと入れ違いにアスカード人間牧場の主で五聖刃のクヴァルとディザイアン達が部屋に入ってくる。クヴァルはロイドのエクスフィアを見て、フォシテスからの連絡通りエンジェルス計画の為の自分が開発したエクスフィアだと確信した。コレットがチャクラムでクヴァルに不意打ちをかけ隙を作るとその間にロイド達は部屋から逃げ出す。
通路を進むとその先で牧場に収容されている人々がベルトコンベアに乗せられて次々とカプセルに入れられていく光景を目にする。ロイド達がその光景に驚いているとクヴァルが追いつき、培養体に埋め込んだエクスフィアを取り除いているのだと説明する。そこでロイド達はエクスフィアが人間の養分を吸い上げ成長して出来上がるのだという事実を知る。そしてクヴァルはロイドのエクスフィアは特別でユグドラシルというディザイアン達のボスへの捧げ物であるので返す様要求する。ロイドのエクスフィアはクヴァルが長年研究してとある培養体の女性に埋め込み作り上げた物であったが、それを埋め込んだまま培養体が逃走しそのまま行方が分からなくなっていたのだった。その培養体の女性こそ、ロイドの母親アンナであった。クヴァルが母の仇だと思ったロイドだったが、クヴァルはアンナを殺したのはロイドの父親だと告げる。クヴァルは続けて「アンナは要の紋なしで体に埋め込まれたエクスフィアを取り上げられ怪物の姿となってしまった。それをロイドの父親が殺したのだ。愚かな話だ」と話した。クラトスは死者を愚弄するなとクヴァルを咎め、ロイドも両親を愚かだと言ったクヴァルに反抗するが、しいなが式神を召喚して瞬間移動をしその場から一時撤退する。クヴァルは「神子の波動をたどれば奴らは見つけられる。先にレネゲードを追いかけて盗まれたエクスフィアを取り返せ」と部下達に指示を出した。

ロイド達はしいなの術で牧場の入口まで瞬間移動し、一度ルインに戻った。その日の夜、エクスフィアが人間の命からできていた事実に皆は複雑な表情する。ロイドは自分のエクスフィアを投げ捨てようとするが、クラトスにエクスフィアがなければ旅を続けることは無理だと諭され、コレットも今自分達がエクスフィアを捨ててしまえばディザイアン達に確実に負けてしまい、その結果エクスフィアの犠牲になる人間が増えるだけだと説得される。ロイドは2人の言葉を受け入れ母親の無念も宿ったこのエクスフィアを大事にしこれ以上エクスフィアの犠牲になる人を増やさない為に戦うことを決意する。
再びアスカード人間牧場に行くことになるが、前回の潜入で牧場は警戒をさらに強化していると考えたロイド達に、しいなはピエトロという人物を紹介する。ピエトロは人間牧場から脱走してきた人物であった。ハイマという冒険者が集う村にピエトロはいるとしいなが言うので会いにハイマへ向かう。ハイマの宿屋にいるソフィアという女性にピエトロの所在を聞くと彼は亡くなったと答える。ピエトロの墓が村の墓地にあると言われるので、行ってみると男性が呟きながらフラフラと歩いてくる。その男性が死んだと言われたピエトロだった為しいなは驚く。するとソフィアがやってきてピエトロを宿屋に戻そうとする。ソフィアはピエトロが牧場から逃げてきた人だと知られない為にロイド達に死んだと嘘をついていたのだった。しいなは「ピエトロのせいでルインは壊滅した。脱出ルートについてぐらい聞かせてほしい」とソフィアを説得する。ソフィアは「ピエトロは呪いのせいで精神を病んでしまっている。マナの守護塔にボルトマンという人物が残した治癒術がありその術ならば呪いが解けるという噂があるのでそれで彼を治してほしい」と条件を出し、リフィルがその条件を呑む。しかし、人間牧場への潜入が先であるとリフィルが言うとソフィアはピエトロが脱出してきた時に聞いたことを話し始める。ピエトロは牧場の庭から出てきて、出口は岩で塞いできたと言う。
言葉通り牧場入口付近に大きな岩があり、それをどかすと牧場の施設内に潜入できた。リフィルが施設内のコンピュータを操作して牧場の全景を確認し、クヴァルがいるであろうエリアに行く為にガードシステムを解除する必要があると突き止める。ロイド達はパーティをシステムの解除班と潜入班の2つに分け、別行動を取る。解除班はリフィルをリーダーとしてシステムの解除に向かい、途中で囚われていた人々を救出する。救出した人の中にパルマコスタ出身者がおり、ショコラのことを尋ねるとこの牧場で培養種検査を受けた後イセリアの牧場へ送られたとの情報を聞く。解除班がガードシステムを解除した後、潜入班はロイドをリーダーとしてクヴァルの下へ向かう。クヴァルは部屋の奥で五聖刃の長であるプロネーマという女性と通信機で話をしていた。2人の会話が終わるとクヴァルはロイドのエクスフィアを奪う為に勝負を挑む。ロイド達はクヴァルを倒し、ロイドは母の仇を討つことに成功し喜ぶ。それと同時に解除班も合流しショコラの居場所が分かったことをロイドに告げる。背を向けたロイドに瀕死のクヴァルが攻撃を仕掛ける。咄嗟にコレットがロイドを庇いクヴァルの攻撃を受けて倒れてしまう。この隙にクヴァルは体を引きずりながら逃げようと動くがしいなが退路を断ち、ロイドとクラトスに刺されて絶命する。この時、いつも冷静なクラトスが珍しく憤慨した口調でクヴァルを刺した。リフィルやジーニアスがコレットの傷の深さを心配するが、コレットは痛みを感じないと言い張る。
コレットの体におきている秘密を隠し続けることにロイドは耐えられず仲間に秘密を打ち明ける。コレットは大丈夫だから今はこの牧場を壊滅させようと言う。リフィルがパルマコスタ人間牧場の様に爆破を試みるが、その間にクラトスは1人で部屋を出ていってしまう。その後通信機にロディルが映り、クヴァルの亡骸に「魔導砲の完成は近い。エンジェルス計画は私が引き継ぐ」と言いクヴァルが残したエンジェルス計画のデータを奪っていく。

マーテルの器となったコレット

牧場を爆破させたロイド達はコレットを休ませる為に一番近いアスカードの町へ向かう。ロイドの話を聞いた仲間達はコレットが封印を解く度に人間性を失っていくと知る。しいなはコレットのことを思って辛いなら世界再生なんてやめてしまえばいいと言うがコレットは世界中の苦しんでる人々を救う為に天使になる決意を口にする。
次の封印場所である世界の中心を望む場所を探して旅を再開すると、ユウマシ湖という所に立ち寄る。ロイド達は湖の奥底にユニコーンが倒木に挟まれて動けなくなっているのを発見する。リフィルはユニコーンの角に宿る癒しの力を使えばコレットやクララを助けられるかもしれないと推測する。ユニコーンに接触を試みたいが、湖の奥底で倒木に挟まれているユニコーンを助けることは不可能に近かった。するとしいなは水の精霊ウンディーネと契約することが叶えば水のマナを操って助けることは可能だろうと言う。しいなは符術士であり召喚士でもあった。
ウンディーネがいるというソダ間欠泉に向かうがしいなは契約が失敗しないか不安を抱えていた。水の封印を解いた祭壇まで行くとウンディーネが現れ、自分はミトスと既に契約を結んでいる為、二重契約はできないと言われてしまう。ミトスとは古代のカーラーン大戦で活躍したと言われている勇者の名前であり、その本人か同名の人物かは判断できないが、ウンディーネには既に契約者がいることが判明する。クラトスは前の契約者が精霊との誓いを守っていなかったり死亡している場合はその契約を破棄することもできると言い、しいなに前契約者との契約破棄と自分との契約を求める様ウンディーネに伝えろと教える。しいながそれに従うとウンディーネは契約に値するかどうか力を示せと言い戦闘が開始される。しいなに契約に値するだけの実力があると認めたウンディーネはしいなと契約を結ぶ。
無事ウンディーネとの契約を果たしたしいなはユウマシ湖まで戻りユニコーンを助ける。ユニコーンは清らかな乙女にしか会わないと言われている為、コレットとしいなの2人だけでユニコーンに会いに行く。
ユニコーンはコレットを再生の神子だと認識すると自身の命と引き換えにユニコーンホーンという治癒術の力を増幅させる角をコレットに渡して消えてしまう。リフィルはユニコーンホーンがあるだけではクララ達を救うことはできない為、強力な治癒術を求めて付近の町で情報を集めようと言う。
ハイマに行くとエクスフィギュア化したクララが冒険者達に襲われているのを目撃する。ロイド達が両者を止めようとするとクララは逃げて行ってしまう。冒険者達もクララを追って村の外へ飛び出していった。クララはマナの守護塔の鍵を持っていた様で、逃げる際に落としていく。マナの守護塔にはボルトマンが残したとされる治癒術があるとソフィアから聞いていたので、それを求めてマナの守護塔へ向かう。
拾った鍵を使ってマナの守護塔の扉を開け中に入ると神託の石版があった。ここが次の封印の場所だと判明し、封印の解放とボルトマンの治癒術を求めて中を探索することになる。ボルトマンの残した治癒術書がマナの守護塔の本棚にあった為、それを拝借する。塔の最上階まで行くと祭壇があり、祭壇から現れたモンスターが襲ってくる。モンスターを倒しコレットが祭壇に祈りを捧げるとレミエルではなく、美しい女性が現れ「アスカがいなければ契約ができない。アスカを探してきて」と言い残しすぐに消えてしまう。ロイド達は女性の言っている意味が分からなかったが、その直後レミエルが天から現れる天使の力をコレットに授ける。レミエルは救いの塔への道が開けたので救いの塔へ行き最後の祈りを捧げ完璧な天使となるのだと告げ消える。マナの守護塔を出るとコレットはまた天使疾患で倒れ、今度は声を失ってしまう。

コレットを休ませるためマナの守護塔前で野営すると、しいなは自分が神子の命を狙っていた理由をロイド達に語り始める。しいなはシルヴァラントと寄り添い合う別の世界テセアラという所からシルヴァラントの世界再生を阻止する為にやって来たのだと話す。シルヴァラントとテセアラは空間のずれが原因で見ることも触れることもできないが、常に隣り合って存在しておりお互いの世界は常にマナを搾取している。砂時計の様に片方の世界が衰退し始めるとその世界のマナはもう片方の世界に流れ込み繁栄する。現在はシルヴァラントのマナがテセアラに流れ込んでいる状態の為、シルヴァラントは衰退しているのだった。神子による世界再生とはそのマナの流れを逆流させる行為のことであり、神子がシルヴァラントの封印を解く度に精霊が目を覚ましマナの流れを逆転していくという。リフィルは信じられないと言うがしいながシルヴァラントでは失われた召喚の技術を自分が持っていることが何よりの証拠だと話す。コレットは自分の行いのせいで片方の世界を滅亡へと追い込もうとしているのだと知ると複雑な表情を見せる。しいなもテセアラを守る為に来たが、シルヴァラントの人々の暮らしを目の当たりにしてどちらも見捨てられないという気持ちになっていた。シルヴァラントとテセアラ、そしてコレットが幸せになれる方法はないのかと考えるが現実的には難しいとリフィルとクラトスは言う。マナは全てを構成する源であり、命にとってマナは水以上に大切なものであるとジーニアスが説明する。コレットはしいなの話を聞いてもなお、世界再生の旅を続けるとロイドの手のひらに文字を書き伝える。しいなと戦うことになってしまうかもしれないと理解しながらもコレットは天使になることをやめようとはしなかった。
翌朝、ハイマに向かいリフィルがボルトマンの治癒術とユニコーンホーンの力でピエトロの呪いを解く。するとピエトロは正気を取り戻し、神子に伝えたいことがあるから牧場を脱走してきたと話す。コレットが神子だと分かるとピエトロはディザイアン達はエンジェルス計画で何かを復活させようとしていることと「魔導砲」と呼ばれる兵器を開発しているので計画を食い止めてほしいと話す。既にアスカード人間牧場は崩壊させクヴァルも倒したとロイド達がピエトロに伝えると彼は安心した。
ピエトロを救った後、救いの塔への行き方を探す為ハイマの高台から救いの塔を眺める。するとそこに竜使いの男性が現れ、自分の飼っている竜ならば救いの塔の近くまで連れて行けると言い、コレットが神子だと知ると無償で竜に乗せることを約束してくれる。出発は明日の朝に決まった為、ロイド達はハイマで一泊することになった。ロイドはコレットと高台で明日で世界再生の旅が終わりシルヴァラントが救われるだろうと話をする。コレットの誕生日プレゼントの首飾りがまだ完成していないことを謝るロイドにコレットは天使になってもずっと待ってると伝えた。

翌朝早くにクラトスが宿屋を出たのに気付いたロイドはクラトスを追いかけると、ノイシュに語り掛けるクラトスの姿を目撃する。するとクラトスのそばにトリエットでボータにリーダーと呼ばれていた男性が現れクラトスを攻撃しようとする。咄嗟にロイドがクラトスに声をかけるとクラトスは剣を抜き男性を怯ませる。男性はすぐに消えてしまい、クラトスの無事を確認したロイドは男性の物と思われる指輪の落とし物を拾った。
その後仲間と合流したロイドは竜使いが待つ高台へ向かう。既に飛び立つ準備はできており、2人ずつ竜に乗って塔を目指す。クラトスは神子の護衛が仕事だからとコレットを竜に乗せて飛び立った。ロイドもそれに続いて竜で救いの塔への入口まで行くと、コレットとクラトスは既に塔の中に入った様であった。塔の中の中を進むとコレットが祈りを捧げる直前であった。レミエルが現れ、心と記憶を自ら捧げることで真の天使になれると告げる。それはコレットが人としての死を迎えマーテルが入る為の器になることが天使になるということであった。コレットとリフィルは最初からこのことを知っており、覚悟の上で旅を続けてきた。ロイドはレミエルに他に方法はないのかと詰め寄るが、レミエルは自分はマーテルの器に選ばれたコレットにクルシスの輝石を授けただけだと冷たく言い放った。居ても立ってもいられなくなったロイドは祭壇に上がり、コレットに声をかけると声を失ったはずのコレットの声がロイドに聞こえた。別れの挨拶がちゃんとできるとコレットは喜び、ロイドに出会えたことに感謝の言葉をかけて心と記憶を自ら捧げてマーテルの器となってしまった。するとレミエルは高笑いしてマーテルの器が完成し、これで自分が四大天使の空位に立てると喜んだ。ロイド達は用済みだと言いレミエルは自ら戦いを挑んでくる。しかしレミエルはロイド達に敗北する。
ロイドはコレットに戻ってくる様声をかけるが反応はない。そこへクラトスが姿を現し、今のコレットは記憶どころか心すらない人形であり、神子はデリス・カーラーンに召喚されることで封印が解かれ世界は再生するのだと言った。さらにコレットはこちらでもらい受けるとクラトスはロイド達に告げる。クラトスの正体は世界を導く最高機関クルシスの四大天使の1人であった。神子がマーテルと同化できればマーテルは目覚め世界が救われるのだから不満はないはずだとクラトスは言いロイド達に勝負を挑む。ロイド達はなんとかクラトスを抑え込むが、そこへユグドラシルと呼ばれる別の天使が現れる。ユグドラシルは自分はクルシスとディザイアンを統べる者だと言いロイド達に圧倒的な力の差を見せつける。手も足も出ないロイド達を殺そうとするユグドラシルだったが、そこにボータが現れロイド達を助ける。

ロイドが目を覚ますと見知らぬ部屋にいた。仲間も皆無事であったが、コレットは心を失ったままであった。リフィルがここはトリエットであり以前ロイドが敵に捕まった時に入れられてた基地の中だと教える。救いの塔で殺されかけた自分達はレネゲードと呼ばれるディザイアンに格好がよく似た集団に助けられた。レネゲードはディザイアンと対抗している組織だということが判明した。さらにクルシスとディザイアンは同じ組織ではないかということがユグドラシルの言葉や五聖刃がボスの名前をユグドラシルだと言っていたことから推測できた。クルシスの四大天使だと名乗ったクラトスも実は敵でコレットが世界再生から逃げない様に監視していたんだと結論付けた。
自分達の状況を整理したところでレネゲードの隊員に別室へと案内され、そこでボータとレネゲードのリーダーであるユアンと対面する。ボータとユアンはクルシスが表でマーテル教会、裏でディザイアンを統べていてると言い、天使の正体は「クルシスの輝石」と呼ばれる特殊なエクスフィアを装備したハーフエルフなのだと説明した。クルシスの目的は世界を支配し女神マーテルを復活させる為の器である神子を作り出すことだった。シルヴァラントとテセアラのマナを搾取し合うという2つの世界を作り上げたのがユグドラシルであると話したユアンにロイドはそんなクルシス相手にレネゲードは何をしようとしているんだと問う。するとボータはレネゲードの目的はマーテル復活を阻止することで、その為に神子の命を狙っていたのだと明かす。「今のコレットは完全に天使化してしまっており、攻撃すれば防衛本能が働き敵を殲滅する兵器の様な状態の為手が出せない。今マーテル復活を阻止する為に最も重要なのはロイド自身だ」とユアンは話しロイドを捕まえようとする。訳が分からないままレネゲードに囲まれたロイドは咄嗟にユアンに攻撃する。するとユアンはハイマでクラトスに切り付けられた傷が元で倒れる。その隙にロイド達は部屋から逃げ出し、これからのことを相談する。しいなはエクスフィアの利用技術や2つの世界の仕組みを伝えたのはレネゲードだと伝えるとレネゲードとテセアラは繋がっていることが判明する。シルヴァラントの神子暗殺もレネゲードの立案で、テセアラの繁栄を望むならシルヴァラントの神子を殺す必要があると陛下や教皇に吹き込みしいなをシルヴァラントに送ったのだった。リフィルはコレットの天使化はクルシスの輝石が関係しているはずだから助ける為にエクスフィアの研究がされているテセアラに向かうべきだと提案する。しいなはテセアラの王立研究院でテセアラの神子が持つクルシスの輝石の研究していると話しリフィルの提案に賛成する。テセアラへ行く為にはレネゲードが所有するレアバードという乗り物で次元の歪みを越える必要がある。今いるレネゲードの基地にもレアバードがあった為、それを使ってロイド達はテセアラへ向かった。

テセアラ編

コレットの復活

テセアラへ行くことは成功するが、シルヴァラントで全ての封印を解いたせいでテセアラのマナが不足し始めていた為レアバードの燃料が急激に下がりフウジ山岳という所に不時着してしまう。動かせられないレアバードを山に残し、ロイド達はしいなの案内で王都メルトキオへ向かう。
メルトキオに着くとしいなは神子暗殺が失敗したことを頭領に報告する為離脱する。ロイド達はしいなから今まで経緯とコレットを治す協力を仰ぐ様書かれた手紙を受け取り、国王と謁見する為町の奥にあるテセアラ城を目指す。すると町の広場でたくさんの女性に囲まれた男がやってきてコレットとぶつかってしまう。女性達にゼロスと呼ばれている男はロイド達に声をかけた後、女性達とすぐに立ち去っていった。リフィルはゼロスがエクスフィアを装備していたことに気付き、何者なのか疑問に思いながらテセアラ城へ向かう。ロイド達はテセアラ城の兵士に国王への謁見を申し出るが、国王は現在病気で謁見はできないと断られてしまう。国王の快方を祈る儀式が教会で進められているとの情報を得たロイド達が教会へ行くとプレセアというエクスフィアを装備した少女が大きな神木を引きずって現れる。教会の司祭がプレセアに祈祷が行われるのは城だから神木は城へ運んでほしいとお願いするとプレセアは引き返しテセアラ城へ向かって歩き出した。ロイドは国王に会う為、プレセアの木を運ぶ手伝いをすれば城に入れるのではないかと考え、プレセアに声をかける。プレセアの反応は薄かったが木を運ぶ手伝いは了承してくれ、ロイド達は無事城の中へと入ることができた。神木を通路の脇に置き国王の寝室を探そうとするが、プレセア1人を帰してしまっては怪しまれる為プレセアに同行を求め、プレセアを仲間にした。
国王の寝室に辿り着くと教皇やテセアラの神子が中にいた。先程コレットが町の広場でぶつかったゼロスはテセアラの神子であった。ロイド達はしいなから預かった手紙を国王に手渡すと別室で待つ様国王から告げられる。指示通り別室で待っていると教皇とゼロスが騎士団を連れて現れ、シルヴァラントの神子が生きていればテセアラは衰退していくのだと告げると騎士団にコレットを襲わせる。しかしコレットは防衛本能が働き騎士団を抑え込む。リフィルは「コレットの天使化を治せばシルヴァラントは救われずテセアラの衰退も起こらないのだから天使化を治す協力をテセアラ側に要求したい」と教皇に取引を持ち掛ける。ゼロスも「シルヴァラントの神子がテセアラにいる以上、再生の儀式は行われないのだから神子の生死は今は関係ない。自分が監視役になって見張るから取引に応じよう」と教皇を説得する。教皇はロイド達にゼロス同行の下でのみテセアラを旅することを許可してくれる。教会の大聖堂でゼロスと合流するとゼロスは王立研究院に連絡をしたので早速向かおうと言う。城に潜入する為に協力してくれたプレセアは解放するとゼロスは約束するが、プレセアの家があるオゼットという村は王立研究院と同じく海を渡らないと行けない大陸にある為途中まで同行することが決定する。

グランテセアラブリッジを越えた先に王立研究院があるサイバックという町があるのでまずはサイバックを目指す。グランテセアラブリッジに着くとゼロスは大陸同士を繋ぐ為に三千個ものエクスフィアが使われていると説明するとエクスフィアが人の命で作られていることを知っているロイド達は暗い顔をする。ゼロスが不思議に思っていると、ロイド達はエクスフィアの製造について語り、それを聞いたゼロスは軽くショックを受ける。ロイドがゼロスやプレセアがエクスフィアを装備しているのは何故かと問うと自分はレネゲードに分けてもらったのだとゼロスは説明する。プレセアは自分のエクスフィアは誰からもらったものなのか答えなかった為分からなかったが、サイバックへ向けてロイド達はグランテセアラブリッジを渡った。
王立研究院でコレットの症状を診てもらうと、エクスフィアの進化形であるクルシスの輝石に寄生されている状態なのだと言う。エクスフィア同様、要の紋があればコレットを元に戻せるという結論に至ったロイド達は要の紋を探す。サイバックのバザー会場に要の紋が売られていたが、ゼロスが店員に声をかけると無償で譲ってくれる。ロイドが要の紋を修理して誕生日プレゼントで渡す予定だった首飾りに取り付けコレットに渡すがコレットは元には戻らない。ドワーフであるダイクの力を借りてはどうかとリフィルは提案するが、ダイクはシルヴァラントにいる為簡単には頼れない。レアバードも燃料切れで飛ぶことができない状態でシルヴァラントへ戻るのは難しいと考えているといきなり教皇騎士団がロイド達の前に現れ、神子とロイド達をテセアラの滅亡に手を貸した反逆罪の罪で連行すると言って取り押さえた。テセアラでは捕まえる際に生体検査をしなくてはいけないが、そこでジーニアスとリフィルがハーフエルフであると判明した。テセアラではハーフエルフの身分は最下層で罪人は例外なく死罪であった。ジーニアスとリフィルだけ連行され、ロイドやゼロスは王立研究院の地下に軟禁されることになった。
地下にはケイトと呼ばれるハーフエルフの女性がおり、プレセアとは知り合いの様だった。テセアラではハーフエルフはゴミ同然の扱いを受けており、王立研究院で働くハーフエルフは一生研究室から出られないというがそのハーフエルフが人間のプレセアと知り合いだという事実にゼロスは首をかしげる。ケイトはプレセアは元々ここにいた人間からクルシスの輝石を作り出す為の研究サンプルであると説明した。ロイドは人間の命をなんだと思っているんだと怒るが、ケイトもハーフエルフの命を人間達は何とも思っていないと反論した。ロイドが人間もハーフエルフも生きてることに変わりないと答えると、そこにしいなが現れジーニアスとリフィルがメルトキオに連行されているが今追いかければ助け出せるかもしれないと言う。ロイド達は2人を助ける為地下室から脱出して追いかけようとする。ケイトはそんなロイド達の姿を見て、捕まったハーフエルフの2人を助けられたら必ずここに戻ってきてほしい。そしたらプレセアを研究体から解放すると条件を出し、秘密の抜け道を教えロイド達の脱出を手助けした。

しいなを仲間にしてロイド達はグランテセアラブリッジへ急ぐ。グランテセアラブリッジは一部が跳ね橋となっており、教皇騎士団はメルトキオのある大陸まで渡る終わると跳ね橋をあげてしまう。ロイド達は橋から海に落ちかけてしまうが、しいながウンディーネを召喚しなんとかメルトキオ側の大陸へ到達する。ジーニアスとリフィルを拘束している騎士団をロイド達が倒すと2人が仲間に戻ってくる。しいなは頭領にロイド達の監視を命ぜられて仲間に戻ってきたと話すと、ロイドはしいなにレアバードを飛ばす為、燃料になるであろう雷のマナを補充する為ヴォルトと契約してほしいと言う。しいなはヴォルトの名前を聞くとうろたえる。
ゼロスはヴォルトの神殿はグランテセアラブリッジを渡った先にある為、先にレアバードの回収を提案しフウジ山岳の山頂へ向かう。するとそこにはユアンとレネゲードが待ち構えておりロイド達は捕まってしまう。ユアンがロイド達と話をしていると突然五聖刃の長プロネーマが現れる。プロネーマはユグドラシルの命令でコレットを探していたと話し、ユアンはコレットをプロネーマに引き渡す代わりにロイドをこちらで預かると取引する。プロネーマがその取引に応じコレットを連れていこうとすると、コレットは突然正気を取り戻し声を上げてプロネーマを拒む。プロネーマを突き放したコレットはその拍子に転んでしまい、ロイド達を拘束していた装置を壊してしまう。ロイドの修正した要の紋はちゃんと機能していたが、天使化から復帰するまで時間がかかっていたのだった。怒ったプロネーマはロイド達に襲い掛かるも返り討ちに遭い倒れてしまう。その後ロイドはユアンに剣を向けるがその剣は突如現れたクラトスによって弾かれてしまう。クラトスはユアンにユグドラシルが呼んでいると告げユアンを逃がしてしまう。ユアンもクラトスと同じ天使であった。
クラトスはロイド達にテセアラまで来て何をしているのか尋ね、シルヴァラントとテセアラのマナを搾取し合う世界の仕組みをどうにかしたければ自分の力で変えてみせろと言いプロネーマを連れて帰っていった。クラトスとユアンの話から察するにユアンもクルシスと何か関係がありそうだとリフィルはにらむが答えず、レネゲードに対しても油断は禁物だと語った。ジーニアスはコレットに声以外にも感覚は戻ったのか尋ねると、羽はまだ出せるが心や記憶の他に空腹感等の感覚も全て戻ったと答え皆を安心させた。コレットを元に戻したロイド達は、今後コレットの様な神子を出さない為に世界の仕組みを変える方法を探すという新たな目標を持ち旅を続ける決意をする。

プレセアに要の紋を作る

いつまでもプレセアを巻き込んだままにしてはおけないし、王立研究院の地下にいるケイトとの約束も果たす為サイバックにも行かなければならない。しかし、グランテセアラブリッジは上げられてしまい渡れない。そこでしいなはメルトキオにいるしいなの仲間に協力を仰ぐことにし、メルトキオに向かおうとするが反逆罪で追われているロイド達はメルトキオに正面から入れない。ゼロスが町の下水道をロイド達に教えそこから町に侵入することになる。しかし下水道には教皇から差し向けられた罪人達がロイド達の足止めをする為襲ってきた。罪人達の1人は異常に強く、ゼロスが取り押さえられてしまうがプレセアが助け罪人達は一度撤退する。
なんとかメルトキオに入ることができたロイド達はしいなの案内でしいなの仲間がいるという精霊研究所へ向かった。精霊研究所にはしいなと同郷で幼馴染みのくちなわが任務で訪れており、共に研究院の話を聞きに行く。研究員達はしいなに海を渡りたければエレメンタルカーゴという輸送用の小型乗用車を使うことを薦める。
通称エレカーと呼ばれるこの乗り物は空気中のマナから地のマナを取り込み大地に吹き出すことで反発の力を生み推進力にしている乗り物で、そこにウンディーネの力を利用すれば海を渡ることは可能だと言う。一晩待てば研究院達が用意してくれると言うので町の中にあるゼロスの屋敷に1泊することになる。翌日、精霊研究所に行くとエレカーはくちなわがグランテセアラブリッジの横にある人工海岸に運んだと言われる。エレカーを収納する為のウィングパックというアイテムを受け取り人工海岸へ急ぐ。ロイド達は人工海岸でくちなわからエレカーとお守りを受け取るとウンディーネの力を借りて海を渡る。
サイバックまでやってくるとクラトスと出くわす。クラトスはコレットに生きたいのなら出来損ないの要の紋を外す様に忠告するがコレットはそれを拒否する。クラトスはそのまま立ち去り、ロイド達はケイトの待つ王立研究院の地下に向かった。ロイド達が約束通りハーフエルフの仲間を助けてプレセアを連れてきたことにケイトは驚きながらも、教皇の指示の下、エンジェルス計画の為にプレセアの体内でクルシスの輝石を生成していることをロイド達に話す。プレセアに埋め込んだエクスフィア自体は特殊なものではなく要の紋に特殊な仕掛けがされており、通常数日で行われるエクスフィアの寄生行動を数十年単位で延ばしていると言う。そうすることでクルシスの輝石に突然変異することがあるらしく、プレセアの感情が極端に薄いのは天使化したコレットの様にエクスフィアの寄生が始まりかけているからであった。このまま放置してエクスフィアが完全に寄生してしまうとプレセアは死んでしまうことも判明する。プレセアはこの実験の適合検査に合っていたからたまたま研究体として選ばれてしまったのだった。ケイトは約束通りプレセアを助けると言うが、その為にはガオラキアの森に住むアルテスタというドワーフにプレセアの要の紋を直してもらう必要があると話す。プレセアの要の紋はロイドでは直せそうにない為、アルテスタを頼る為ガオラキアの森へ向かう。

ガオラキアの森に入ると教皇騎士団数名と出くわしてしまう。教皇にとって神子であるゼロスは邪魔な存在の様で騎士団はロイド達を捕まえようとするがロイド達が抵抗し撤退を余儀なくされた。ロイド達が森を進むとコレットがアルテスタの家があると思われる方からたくさんの足音が聞こえると言い、しいなは旅の相棒で人工精霊のコリンを呼び出し偵察に向かわせて様子を窺う。そんなロイド達の前に以前メルトキオの下水道で襲ってきた罪人の1人が現れた。しかしその罪人はロイド達と戦うつもりはなく、プレセアと話がしたいと言ってきた。罪人はロイド達の命は狙っておらず、コレットを回収するように教皇に命令されて来たのだと話す。しかし今はプレセアに話があるらしく、罪人がプレセアに近付くとロイド達はプレセアを助ける為全員で罪人を抑え込み気絶させる。リフィルは罪人に事情があることを察すると捕虜として同行させることを提案した。そこへコリンが偵察から戻り、たくさんの兵士がこちらに向かっているとの情報を伝える。森の出入口の方も先程倒した騎士団が応援を呼んでいるかもしれない為逃げ場がないと悟ったしいなは、やむを得ず自分の故郷ミズホの里へ案内すると言い出した。ミズホの里は外部には秘密の隠里ではあるが、このままでは挟み撃ちとなってしまう為里に逃げ込むしか手はないと言う。
捕虜にした罪人はがたいの良い大男ではあったが、コレットはクルシスの輝石のおかげなのか彼を軽々持ち上げミズホの里まで運ぶ。里の入口でしいなの仲間おろちに出会い、ロイド達に頭領の家の前で待つ様指示し、おろちはしいなを連れて副頭領にシルヴァラントの人間が来たことを報告に行く。しいなが去った後、捕虜にした罪人が目を覚ます。罪人を連れてロイド達は頭領の家へ向かうと病で安静を余儀なくされている頭領に替わって、副頭領のタイガがロイド達を部屋へ招き入れる。タイガはしいながコレット暗殺に失敗した為にミズホの民はテセアラ王家とマーテル教会から追われる立場となっていることをロイド達に伝え、ロイド達にテセアラまで来て何をするのか質問する。ロイドはシルヴァラントとテセアラの仕組みをなくして差別や生贄を必要としない世界にしたいと答えるとタイガはロイドを理想論者だと諭す。しかしロイドはこの世界の仕組みはユグドラシルが作り出したことを考えると、人やエルフによって作られた世界ならば自分達にも変えられる手はあるはずだと力強く語った。タイガはそんなロイドの姿を理想を語り古代大戦を締結させた勇者ミトスに重ね合わせ、ミズホの里も新しい方法で世界を変える術を共に模索しようと言いロイド達に協力することを約束した。ロイド達はミズホの民と手を組みことを決め、しいなは連絡係として引き続きロイド達の旅に同行することになった。ミズホではレアバード発見に尽力してくれると言うので、ロイド達はプレセアを救うことを優先することに決めた。頭領の家を出ると捕虜にした罪人の名前がリーガルだと判明する。プレセアから話が聞ける状態になるまでリーガルも戦列に加えることにし、アルテスタの家を訪ねるより先にプレセアを家まで送り届ける為オゼットへ向かった。
オゼットに着くとプレセアは自宅に向かって走っていった。ロイド達が追いかけるとプレセアは家の前で謎の男と話をしていた。ジーニアスがプレセアに要の紋を作らないといけないと声をかけるが、プレセアは仕事ができたと言い家の中に入ってしまう。プレセアと話をしていた男は神木はプレセアにしか取りに行けないのだと話し去っていく。リフィルは男がハーフエルフだと感じ取るが追おうとはせず、プレセアと話をする為彼女の自宅に入る。家の中は異様な臭いが立ち込めていた。部屋の隅に置かれたベッドの中には人の白骨化した遺体が寝かされていた。しかしプレセアにはその状況すら判らない程にエクスフィアの寄生が進んでおり遺体には目も触れず神木を取りに行く準備をしていた。仕事があるというプレセアを一先ずオゼットに残し、ロイド達はアルテスタの家を目指す。
ガオラキアの森を越えた先にあるアルテスタの家に着くとタバサという女性がおり、彼女の案内でロイド達はアルテスタと面会する。ロイドがケイトの紹介でプレセアの件でここまでやってきたと言うとアルテスタ話も聞かずにプレセアには関わりたくないから帰れと言った。一方的に追い返されてしまったロイド達にタバサは謝り、アルテスタはプレセアに関わったことで彼女をあの様にしてしまったことを後悔しているのだと話した。要の紋を修正して正気を取り戻すことはできるかもしれないが、果たしてプレセアを正気に戻して良いものなのか自分にはわからないとタバサは語った。それでもプレセアを正気に戻したいと願うのならば抑制鉱石を探してくるしかないとタバサが言うとアルテスタはロイド達を追い出す様タバサに怒鳴る。ロイド達が抑制鉱石を探している間にタバサがアルテスタを説得してみると言うのでその言葉を信じてロイド達は抑制鉱石を探しに出かける。リーガルは抑制鉱石はアルタミラという町からユミルの森へ向けて斜めに続く一連の鉱山地帯で採れるらしいので、プレセアを助ける為に行くのなら自分にも協力させてほしいと言う。そこまでリーガルがプレセアに関わろうとするのを不思議に思ったロイド達だったが、リーガルはプレセアとは特に関係はないと言う。しかし鉱山を案内できると言うリーガルを信用して同行を許した。ゼロスはリーガルに以前どこかで会ってないか尋ねるがリーガルは無視してロイド達の後に付いていった。

鉱山は海を渡った大陸にある為、ロイド達はエレカーで海を渡り抑制鉱石が採れるというトイズバレー鉱山までやってきた。すると何者かが無理矢理侵入しようとして入口を破壊した為に扉のガードシステムが暴走していることをリーガルが発見する。暴走を止める為、ガードシステムを完全に壊してしまったロイド達はそのまま鉱山の中に入る。抑制鉱石が採れる辺りまで行くと岩を壊して抑制鉱石を採掘する。ちゃんとした加工はドワーフでしかできないが、抑制鉱石にまじないの文字を彫るぐらいなら自分にもすぐにできるとロイドは言いその場で即席の要の紋を作る。これをプレセアに渡して彼女が正気を取り戻した後にダイクかアルテスタにきちんとした要の紋を作ってもらうことして、プレセアの家へ急ごうとする。しかし鉱山の中でエクスフィアブリーカーのヴァーリという男が武装した仲間を連れて何やら作業をしている所を目撃する。ヴァーリと面識のある様子のリーガルは教皇が何故ヴァーリを野放しにしているのかと疑問に思い約束と違うと話すと、ヴァーリもリーガルを人殺し呼ばわりして教皇からのコレットを連れてくるという命令を無視していることを指摘し去っていく。ロイド達がヴァーリのこととリーガルの罪人となった経緯を尋ねるが話せる時が来たら話すと言葉を濁した。
ロイド達が抑制鉱石を持ってプレセアを迎えにオゼットまでやって来ると教皇騎士団待ち構えていた。 捕まえようと襲ってくる教皇騎士団を倒し難を逃れると今度はコレットが急に体を痛がり倒れてしまう。そこへプレセアがやってきて、自分に任せてほしいと言うと突然コレットを気絶させた。プレセアの傍らには五聖刃の1人ロディルがおり、彼の指示でプレセアはコレットを気絶させたのだった。ロディルは自身の配下である飛竜を操り、コレットを奪って飛び去っていった。ロイドは何故テセアラにディザイアンが現れたのか疑問に思いながら飛び去ったロディルとコレットを見送るしかできなかった。
リーガルが一先ずプレセアを正気に戻そうとロイドに声をかけ、先程トイズバレー鉱山で作った要の紋をプレセアに渡す。要の紋のおかげで正気を取り戻したプレセアは父親の遺体を埋葬し、ロイド達に今まで自身の行動を謝った。正気をなくしていた頃の記憶も多少覚えている様で、自分の持つエクスフィアは病気の父を助ける為、木こりの仕事ができる力を付ける為にヴァーリからもらいロディルの指示でサイバックの研究所で体に埋め込まれたとプレセアは語った。ケイトの話ではプレセアのエクスフィアは教皇の指示で取り付けたとのことだったので、教皇とディザイアンは仲間なのだと判明する。そこでリーガルはプレセアに姉がいないかと問う。プレセアは姉はいないが幼い頃に奉公に出た妹ならばいると答えた。母親も亡くなっており身寄りのないプレセアはコレットが連れ去られたのは自分にも責任がある為旅に同行させてほしいと言い、リーガルも自分の倒すべき因縁の相手はロイド達の敵だと判明した為今後も同行したいと申し出る。ロイド達は2人を受け入れ、ロディルが飛び去った東の方に向かって出発しようとする。するとそこへクラトスが現れる。クラトスはロディルはクルシスの命令を無視して単独行動をしているので居場所を知らないが、今の神子の体は使い物にならない為放棄するだろうと話す。ロイドはコレットを助けたい一心でクラトスに剣を向けるが、クラトスはロイド達の邪魔をするつもりはないらしく、逆にコレットを助けたいのならレアバードを手に入れ東の空を目指せと助言を残し去っていった。

2つの世界の楔の秘密

ミズホの里に行くとタイガがレアバードの在処を突き止めていた。しかしレアバードを使える様にする為にはしいなが雷の精霊ヴォルトと契約しなくてはならないとタイガは話す。しいなは驚き、自分にはヴォルトと契約できないと言って部屋を飛び出していった。タイガはしいなが以前ヴォルトとの契約に挑み失敗し、頭領が眠り続けている原因を作ってしまったのだと話す。また、その失敗のせいで契約の為に同行した多くのミズホの民が死んでしまったことをロイド達は知る。ロイドも自分の行いでたくさんの人を死なせてしまった過去を持つ為しいなの気持ちは痛い程分かるが、次は必ず成功するとしいなを励ましヴォルトとの契約を決意させる。
ロイド達は雷の神殿へ向かいヴォルトと対峙する。ヴォルトは人間には判別不能な特殊な言語用いる為、しいなはヴォルトの言っている言葉が分からなかったが、リフィルには理解できた様で訳してしいなにヴォルトの言葉を伝える。ヴォルトはミトスとの契約に縛られていることが判明するとしいなはミトスとの契約を破棄して自分と契約する様申し出るとヴォルトはあっさりミトスとの契約を破棄した。しかし人と関わりたくないからとしいなとの契約にも応じてくれない。しいなはそれでは困ると武器を取るとヴォルトは一方的に攻撃をしてロイド達は膝をつく。その光景を見て過去の失敗を思い出し弱気になってしまっているしいなにヴォルトは近付くと、コリンがしいなを庇ってヴォルトの前に飛び出した。ヴォルトの電撃を受けたコリンは倒れ、しいなにヴォルトは人を信じられなくなっているだけでしいながきちんと契約の誓いを立てればそれに応えてくれると告げると息絶えてしまう。なおも襲い掛かってくるヴォルトをロイド達は力でねじ伏せると、しいなは命がけで守ってくれたコリンや仲間達に為にも2つの世界を救う方法を探す為力を貸してほしいとヴォルトに誓いを立てるとヴォルトはその誓いに応え契約が成立する。
すると既に契約しているウンディーネが姿を現し、2つの世界の楔は放たれたと言う。ヴォルトも相対する2つのマナが今分断されたと続けて言う。ウンディーネとヴォルトの話では、マナは精霊が眠っている世界から目覚めている世界へと流れているが2つの世界で相対する精霊が同時に目覚めるとそのマナの流れが分断するのだという。それはシルヴァラントとテセアラでマナを搾取し合う関係がなくなり、2つの世界は切り離されるということを意味していた。精霊の封印には2つの世界を繋ぐ役割があったことが判明し、雷の神殿を出る。神殿の出口でおろちに会うとレアバードはここから南東にある海中にあることが分かる。
エレカーで南東の海を目指すとフィヨルドにレネゲード達のテセアラ基地の入口を発見する。その入口ではおろちとレネゲードに潜入捜査中のミズホの仲間が待っていた。ロイド達はおろちと共に中に潜入すると、レアバードの格納庫は基地の一番奥で格納庫の扉を開く為には3つのパスコードが必要であると話す。パスコードは3人のレネゲードにより管理されているということは突き止めたがパスコード自体は分からなかったと言うのでパスコードの管理者3人を捕まえて聞き出すしか方法はなかった。おろちは加えて、今レアバードを手に入れても空間転移装置は2つの世界のレネゲード基地からエネルギーを供給していないと使えない為、現段階ではシルヴァラントへ行くことはできずヴォルトの力でテセアラ内を飛行することしかできないと話した。パスコードを知る3人のレネゲードを倒しレアバードの格納庫の扉を開けるとそこにはユアンとボータが待ち構えていた。ロイド達はユアンとボータとの勝負に勝つと突然強い地震が起こる。ロイド達はその隙にレアバードを奪って空へと逃走する。ユアンは先程の揺れが精霊の楔が抜けたことによる地震ではないかと考えロイド達の追跡よりも先に地震の解明を急ぐのだった。

ロイド達がレネゲードの基地を出て東に向かって飛んでいくと雲の上にある飛竜の巣と呼ばれる場所にコレットが魔法陣の中で捕まっているのを発見し降り立つ。コレットはロイド達に気が付くと罠だと注意を呼び掛ける。そこにロディルが現れ、コレットを出来損ないの神子と呼び、自身の開発している魔導砲の肥やしにもならないから返すと言い飛竜にロイド達の始末を指示し消えてしまう。ロイド達が飛竜を倒すが、コレットの下にある魔法陣の影響でコレットの体内のマナがロイド達に逆流し体が動かなくなってしまう。コレットは鎖で繋がれていて魔法陣から出られずに仲間を危険に陥れている自分を責める。そんなコレットにプレセアは順序を取り違えてはいけないと声をかけ、動かせない体を無理矢理動かし斧でコレットの鎖を切る。その衝撃で足場が崩れかけ、ロイド達は急いでレアバードに乗り飛竜の巣から脱出する。
ロイド達は全員無事に地上へ降り立つとリーガルがロディルがコレットを誘拐した理由に疑問を持つ。コレットは魔導砲というものを制御する為にクルシスの輝石が必要だったのだとロディルが言っていたと話す。しかし理由は分からないがコレットのクルシスの輝石は使えなかったのだと言う。コレットを救い出したロイド達は2つの世界を切り離す為、両方の精霊との契約に向かうことにした。

一先ず降り立った場所から一番近いという地の精霊ノームがいる地の神殿へ向かう。地の神殿の奥にノームはいたが、ノームもミトスとの契約に縛られていた。しいながミトスとの契約を破棄し自分と契約を結ぶことを申し出ると、力を見せろと勝負を挑んでくる。ノームとの勝負に勝つとしいなとの契約に応じてくれる。ノームと相対する精霊はシルヴァラントにいる風の精霊シルフである為、シルフとの契約が成ればまたマナの流れが分断できることになる。
リーガルはフラノールという町の近くに氷の精霊セルシウスがいるとの噂があることを知っていた為、次はセルシウスとの契約に望むべく氷の神殿を目指す。氷の神殿の奥にセルシウスはおり、セルシウスもまたミトスと契約していると言う。しいなが自分との契約を申し出ると契約を結ぶに値する力があるかどうか力を試される。セルシウスとの勝負に勝つとその力を認め、しいなと契約を結ぶ。
ロイド達が氷の神殿を出ると突然オゼットの方に雷の様な光が空から落ちたのを目撃する。村の様子を見に行く為オゼットへ向かうと村が崩壊し、1人の少年が倒れていた。少年を助けて安全な場所まで運び訳を尋ねると、少年は突然雷が落ちて天使が村を襲ってきたことと自分は村の外れに1人で住んでいた為なんとか生き延びたことを話した。少年の名前はミトスで古代大戦に活躍した勇者ミトスと同名であった。ジーニアスがミトスがハーフエルフだと気付くとミトスは慌ててロイド達を警戒する。。リフィルが自分とジーニアスもハーフエルフだと明かすとミトスはハーフエルフが人間と一緒にいることに驚くが、リフィルの言葉を信じてロイド達への警戒を解いた。
その直後、アルテスタがタバサを連れてオゼットまでやってくる。オゼットに雷が落ちたのを見て村にきたというアルテスタはプレセアが正気に戻っている様子を見て驚いた。実験の失敗による見せしめなのかとアルテスタは呟き自宅のある方へと歩き出す。ロイドはアルテスタを追いかけようとするがタバサの止められてしまう。タバサがアルテスタは自分のせいでオゼットが破壊されたと思っているのだとだけ告げるとアルテスタを追いかけていく。ロイド達もミトスを連れ、アルテスタを追って彼の家まで向かう。家の前でアルテスタは自分がクルシスに所属する要の紋の細工師だったが間接的であっても人の命を奪うような仕事が嫌になりクルシスから逃げオゼットに身を寄せたことを明かした。しかしロディルに捕まり、命と引き換えにクルシスの輝石製造を命じられたのだった。プレセアのクルシスの輝石製造の実験は教皇とロディルが手を組み、アルテスタやケイト達にやらせていたことが判明する。アルテスタが言うには、ロディルはクルシスの一員でありながらクルシスに反逆を企てているらしい。アルテスタはオゼットが天使達によって壊滅させられたのは自分がユグドラシルを裏切るような行いをしたことへの見せしめだと思っていた。
クルシスの情報をもっと聞き出そうとロイド達はアルテスタの話をさらに聞く。クルシスの大半はハーフエルフで構成されており、ハーフエルフの千年王国設立とマーテルの復活を目的として、ドワーフも大勢関わっていた。マーテル復活の為、教会を利用して神子をマーテルの意識と融合させようとしていた。エクスフィアやクルシスの輝石は寄生した人の負の感情や闘争本能に刺激されて目覚めるとされている為、ディザイアンは衰退世界で暴れて天使化促進の為に神子を危険な目に遭わせるのだと言う。ロディルはクルシスを裏切り、魔導砲という兵器を開発してシルヴァラントで自分の管理する人間牧場の人々に作らせていた。しいなが2つの世界の仕組みを作ったのは本当にユグドラシルなのかと尋ねると、4つのマナの楔で結びその中心に大いなる実りを置いて護っているらしいとアルテスタは答えた。大いなる実りとは古代大戦で死亡した英雄ミトスの魂のことだとされているとミトスが話すと、ジーニアスがシルヴァラントに残っているミトスの伝説がテセアラでも同じように伝わっていることに疑問を持つ。加えて、救いの塔も聖地カーラーンもどちらの世界にも存在することが疑問だと言うと、アルテスタは場所は知らないが2つの世界は2極から行き来できるらしく、おそらくミトスはそれを利用して2つの世界を行き来したのではないかと推測した。それを聞いたリフィルは古代大戦はシルヴァラントとテセアラの戦いのことでそれをミトスが停戦させたから彼の伝説がどちらの世界にも伝わっており、聖地カーラーンが2つあるのはそこが2つの世界を行き来する為の場所だからではないかと仮説を立てる。リーガルはリフィルの出した仮説の他にもアルタミラという町に「異界の扉」という伝説があり、そこが2つの世界を結ぶ場所だとする説があることを話すとリフィルは考え込んでしまった。アルテスタが家に泊まっていく様勧めるとミトスは自分がハーフエルフであることを気にして躊躇うが、アルテスタはドワーフでタバサはアルテスタが作った自動人形であるから問題ないと言いロイド達と共にミトスも1泊することになった。ジーニアスは初めての同世代のハーフエルフの友達ができたことを喜び、ミトスと楽しい時間を過ごした。

翌朝リフィルが調べたことがあるという書置きを残して1人でアルテスタの家を出ていったことが判明する。タバサが夜明け前にレアバードが南の方へ向かって飛んでいったのを目撃しており、リーガルは昨夜の様子から異界の扉について調べる為、南の方にあるアルタミラへ行ったのではないかと推測した。急いでリフィルを追いかけようとするとミトスも同族のリフィルを心配してロイド達に同行を申し出る。ロイド達はミトスも連れてアルタミラへ向かおうとする。出掛ける直前、アルテスタは償いの1つとしてプレセアの正式な要の紋を作ってプレセアに渡した。
アルタミラに着くとリーガルは何故か町には入りたがらず町の外で待つと言う。リーガルを残して町の奥に進むと慰霊碑の前にいたジョルジュという老人がプレセアを見て、アリシアではないかと声をかけてきた。プレセアはアリシアは自分の姉妹の名前だと言うと、ジョルジュは数年前に起きたある事件に巻き込まれてアリシアは亡くなったことを話す。事件の内容はジョルジュの口からは語れないと言うので真相は分からなかったが、ジョルジュはアリシアの墓石がレザレノ・カンパニー本社の屋上にあることを教え、自身の社員証を渡し去っていった。レザレノ・カンパニーの受付でジョルジュの社員証を見せ屋上の空中庭園に行くとアリシアの墓があり、その墓には中央にエクスフィアが埋め込まれていた。すると突然プレセアの耳にアリシアの声が聞こえ、墓石の前にアリシアの姿が浮かび上がった。エクスフィアにアリシアの意識がまだ残っており、それを通してロイド達の前に姿を現したのだった。アリシアはまだ意識がエクスフィアに残っている間に自分が仕えていた貴族ブライアンを探して連れてきてほしいと言う。自分がその主人に殺されたと言いかけたところでアリシアは消えてしまう。プレセアはたった1人の妹の命を奪った仇であるブライアンという貴族を探したいと告げ、ロイドもそれを許した。
レザレノ・カンパニーを出ようとすると社員達が異界の扉が今夜開くらしいとの噂話をしているのを耳にし、ロイドとミトスが異界の扉の場所を社員に尋ねるとアルタミラから海を越えて東にあると教えてくれる。さらに噂では満月の夜は異界の扉が開きシルヴァラントへ連れていかれるという。リフィルがその場所にいる可能性が高いと考えたロイド達は町の外で待っているリーガルと合流し、急いで異界の扉がある孤島へ向かう。
異界の扉に着く頃には夜になってしまっていたがそこには予想通りリフィルがおり、ロイド達にこの場所は自分とジーニアスが捨てられていた場所なのだと話した。ジーニアスはそんな記憶は自分にはないと言うが、リフィルは続けて自分とジーニアスはテセアラのエルフの里で生まれ育ち、その後疎まれて黄泉の国シルヴァラントへ繋がると伝えられているこの場所に置き去りにされたのだと語った。するとそこにミズホの民くちなわが教皇騎士団を連れて現れた。くちなわは以前しいながヴォルトとの契約に失敗して里の仲間やくちなわの両親を死亡させてしまった事故を根に持っており、しいなに対して復讐を計画していたのだった。しいなはロイド達を巻き込みたくない一心で、くちなわに殺すなら自分だけにしろと叫ぶとくちなわはその要求を受け入れ、しいなだけを殺そうとする。その時、満月から光が差し異界の扉が開く。ゼロスは強引にしいなを引っ張って異界の扉に入るとロイド達もその後に続いて飛び込むとすぐに扉は閉まってしまう。ロイド達は異界の扉を通りシルヴァラントへ戻ってきたのだった。

デリス・カーラーン編

精霊の楔の解放と大樹の暴走

しいなはゼロスに何故助けたのか問いただすと、ゼロスはくちなわは教皇騎士団と手を組んでるとみて、あのまま異界の扉にいたら全員殺されていただろうと話した。ロイド達はせっかくシルヴァラントまで戻ってきたのだからロディルやディザイアンの様子を確認しておこうと言い、ここから一番近いパルマコスタへ向かう。
パルマコスタの総督府を訪れるとドア総督の意思を継いだニールが総督代理を務めており、壊滅させたはずのパルマコスタ人間牧場の周辺に最近またディザイアンがうろついているとの話をニールから聞く。ロイド達はパルマコスタ人間牧場跡地へ向かおうとするが、危険な旅にミトスの同行させられないと思いニールにミトスを預ける。さらにニールは最近イズールドとパルマコスタを結ぶ海路でディザイアンによる船の襲撃が頻発しており、その海底で何やら大型の建造物を作っているらしいとの情報を得る。その辺りには絶海牧場と呼ばれる場所があるらしく、海底の建造物はロディルの作る魔導砲かもしれないと思ったロイド達は、まずパルマコスタ人間牧場の様子を確認してその後絶海牧場を確認しにいこうと決める。ミトスはロイド達の無事を祈りながら待つと総督府に残り、身の危険を感じたら使ってほしいと自分の姉の形見だという笛をジーニアスに渡して見送った。
ロイド達がパルマコスタ人間牧場の跡地へ行くと、そこにはボータとレネゲードがいた。ニールの様な一般の人にはディザイアンとレネゲードの区別がつかない為、うろついているのはディザイアンだと思われていたのだった。ボータはロイド達がここへ来るのを待っていた様で手を組まないかと話を持ち掛ける。そこにユアンも姿を現し、マナを無限に生み出すことのできる大樹カーラーンが聖地に実在していたことと、古代大戦のマナ枯渇によって大樹は枯れたがその種子は聖地に残っていることを明かした。ユアン達はその種子を大いなる実りと呼び、2つの世界を元の様に戻す為にはその大いなる実りが必要不可欠だと話す。元々は1つの世界だったものをユグドラシルは2つに引き裂き歪め、大いなる実りから滲み出る僅かなマナを奪い合っているのが今の状態であった。種子が発芽して大樹カーラーンが蘇ればマナが生み出され奪い合うこともなくなる為、世界を切り離せるのだが、その種子が今死滅しかけており、助けるには純粋なマナを大量に照射する必要があった。地上に純粋なマナは大量にないが、クルシスの拠点であるデリス・カーラーンは巨大なマナの塊でできた彗星でこの世界の上空に繋ぎ止めているのでそれを使えば良いとユアンは話す。ロイドはユグドラシルがデリス・カーラーンのマナを大樹の種子に使わないのは何故かと問うと、ユアンはデリス・カーラーンのマナは全てマーテル復活の為に捧げられていると答えた。マーテルはクルシスの輝石の力で大いなる実りに寄生し精神だけが残っている状態で、マーテルが復活すれば大いなる実りはマーテルに吸収されてしまうと言う。逆に大いなる実りが発芽すればマーテルの精神は吸収されてしまう為、ユグドラシルは大いなる実りを精霊の封印という楔で護り発芽を阻止しているとボータは明かす。レネゲードの真の目的は大いなる実りを発芽させ世界の滅亡を阻止することであった。今まで大いなる実りは衰退世界の精霊が守護してきたが、しいなが2つの世界の精霊と同時に契約をしている今、その楔が抜け始め大いなる実りの守りは弱まっている。自分達の目的達成の為にしいなという召喚士がいるロイド達の手を借りたいとユアンは申し出た。ロイドは自分がクルシスの一員でありながらクルシスを裏切っていることを明かしたユアンを信じ、レネゲードと手を組むことを決める。ロイド達が魔導砲を完成させない為にロディルのいる絶海牧場に向かうことを知ったユアン達は自分達も大いなる実りにマナを照射する為の準備をしに絶海牧場へ潜入することを明かし、共に絶海牧場へ向かう。
牧場に潜入するボータに案内されて牧場の入口まで行くと、レネゲードは魔導炉という所に用事がある様でここの牧場の破壊をしない様頼み別行動になる。ロイド達は魔導砲を無効化する為、制御装置のある管制室を目指して牧場の施設を進む。管制室にはロディルが待っており、自身で手に入れたというクルシスの輝石を自分に取り付けロイド達に襲い掛かる。ロイド達がロディルを抑え込むとロディルはクルシスの輝石の力で死にかけている自分の体を引きずり施設の自爆装置を起動させてロイド達を道連れにしようとする。リフィルが自爆解除を試みるも1人の力では追いつかない。そこへボータが駆けつけ、自爆装置はレネゲードで対処すると言いロイド達を地上に逃がす。ロイド達が地上へ脱出すると脱出口が閉じてしまう。管制室に海水が入り込んできており、このままではボータと仲間のレネゲードが死んでしまうとロイド達が必死にボータ達を助けようとするが脱出口には鍵がかかり、ガラスも頑丈で壊せない。ボータ達はロイド達を助け、自分に課せられたマナ照射の為の魔導炉の改造の任を全うする為に命をかけて自爆装置を解除しユアンに任務に終了を報告してくれとロイドに告げ海水に沈み死亡した。
悲しみに暮れるロイド達の前にロディルに飼われていた飛竜が出現し襲い掛かってくる。応戦するロイド達であったが飛竜は強力でとても倒せなかった。身の危険を感じたジーニアスがミトスの笛を吹くと空に大きな鳥が現れて飛竜を倒しロイド達を助ける。その直後「レアバードで早く脱出して」とミトスの声が聞こえ、ロイド達は急いでレアバードに乗り空へと脱出した。ミトスはロイド達を心配してこっそり付いてきており、レネゲードにお願いしてレアバードを貸してもらってここまで来たのだと説明した。ジーニアスの吹く笛の音が聞こえたのでなんとか中に入ろうと魔術で施設に攻撃していたら上空に金色の鳥が現れて助けてくれたのだと言う。その金色の鳥は精霊のアスカでミトスの笛の音を聞いて飛んできたのではないかとロイド達は推測した。
ロイド達は一度パルマコスタへ戻りニールに人間牧場の復活はないと話し、このまま再生の旅を続けて旅立つことを伝えた。ジーニアスがミトスに笛を返そうとすると笛が壊れてしまっていた。ロイドが直そうか提案するが、古い物だし絶滅してしまった木の実で作られた笛だからと修正を断る。ロイド達はボータの伝言をユアンに伝える為にシルヴァラントにあるレネゲードの基地に向かうとミトスは入口で待っていると言い一時離脱する。ロイド達はユアンに面会し絶海牧場での作戦の成功とボータの死亡を報告する。ユアンはマナ照射準備の為に止めていた空間転移装置を起動させ、テセアラへの行き来を可能にする。

テセアラに戻り、アルテスタの家までミトスを送り届けると、ミトスはプレセアに妹の仇が見つかることを祈っていると話し別れようとする。その話を聞いたリーガルがなんのことかロイド達に尋ねるとプレセアの妹がブライアンという貴族に仕えていたがその主人に殺されたのだと言われリーガルは驚く。リーガルはアリシアを殺した犯人に心当たりがあるのでアルタミラまで連れていってほしいと言う。
リーガルを連れてアルタミラにあるレザレノ・カンパニーへ行くと警備員が倒れているのを発見する。訳を聞くとエクスフィアブリーカーのヴァーリが押し入ったのだと話す。ロイド達は急いで屋上まで上がるとジョルジュがヴァーリにトイズバレー鉱山のロックを外すキーワードを聞き出そうと詰め寄っていた。リーガルが歩み出て自分の声紋と網膜でロックの解除ができるとヴァーリに教える。しかしロディルは既に死亡した為、エクスフィアを大量に仕入れても卸す先はないとリーガルがヴァーリに言うと、ヴァーリには教皇という後ろ盾があり買い手はたくさんいると答えた。そこへくちなわが現れ、ヴァーリを助け逃げていった。
ジョルジュの無事を確認したリーガルは安堵し、ロイド達にリーガルは自分がブライアンという貴族でレザレノ・カンパニーの会長であると正体を明かした。そこへアリシアが姿を現し、意識が消える前にリーガルに会えたことを喜んだ。プレセアが訳を聞くと、リーガルとアリシアは身分を越えた恋に落ちたが、その関係が周りにばれることを気にした執事のジョルジュが引き離しヴァーリの手に渡ってしまったのだった。過去のリーガルがアリシアと引き換えにトイズバレー鉱山を譲るとヴァーリに持ち掛けるとヴァーリはアリシアを失敗作だから返すと言いエクスフィギュア化したアリシアを突き出した。ヴァーリはアリシアの体でエクスフィアの実験を行ったが、寄生させたエクスフィアが適合せず暴走によりエクスフィギュアとなってしまったのだった。愛するリーガルの手で殺されることを願ったアリシアはリーガルにとどめを刺され絶命した。リーガルはアリシアを救う為にやむを得ず殺害し、自らの意思で牢獄へと入ったのだと説明した。
教皇からコレットの誘拐と引き換えにヴァーリを捕えると約束されていたが、騙されていたことが判明する。自分の犯した罪の戒めである手枷は人の命をもてあそぶクルシスを倒すことが達成できたときに外すとアリシアに誓うのだった。アリシアは自分の姿が消えた後にエクスフィアを破壊することを望んだ為、ロイドはリーガルとプレセアの同意の下で墓石に埋められていたエクスフィアを破壊し彼女の心を解放した。プレセアはリーガルの事情を知り、今すぐには無理かもしれないがアリシアを殺してしまったリーガルを仇ではなく共にクルシスと戦う仲間として見る様にすると言った。

テセアラでノームとセルシウスと契約をしているしいなは、2つの精霊と相対するシルフとイフリートとの契約に挑む為シルヴァラントへ向かう。旧トリエット跡で火の精霊イフリートと、バラクラフ王朝で風の精霊シルフとしいなは契約する。
残りの精霊を探して旅を続けるロイド達はテセアラに闇の精霊がいることを知り闇の神殿へ向かうが中は真っ暗で何も見えない。メルトキオにある精霊研究所でここを調査したことがあるとしいなが言うのでメルトキオに行くとまたしてもクラトスと出くわす。クラトスはプレセアに神木の在処を聞くが神木はオゼット周辺にしか生えておらず天使達の襲撃でオゼットが燃えた時に神木も燃えてしまった為、今は教会に納められている1本を残すのみだった。それを聞いてクラトスは立ち去る際、ロイド達に世界がどうなるかわからない危険な行為だから2つの世界の精霊と契約することを止める様話す。ロイドは世界を切り離す為に精霊との契約は続けると言うとクラトスは「焦るなよ」と言葉を残して去っていった。
精霊研究所に辿り着いたロイド達は研究員から闇の力を打ち消す聖なるロウソクであるブルーキャンドルを使えば闇の神殿を進めるだろうと言われる。ブルーキャンドルは古文書を読み解いた研究員達が複製品を作り上げていた。研究員の1人がロイド達にブルーキャンドルを渡そうとするが、別の研究員がロイド達をかくまい逃走の手助けをしたことで仲間のケイトが罪人扱いされ処刑の為に捕まったこと不満に思っており、ブルーキャンドルを譲ることに反対する。それを聞いたロイド達はケイトを助けたいと思い、監獄へと繋がる通路がある闘技場へ向かう。
闘技場の受付を済ませ、控室に入ると奥の扉から監獄へ行けた。監獄で囚われていたケイトを助け出すとケイトは故郷であるオゼットへ行きたいと言うので連れていく。そこでケイトは自分の母親はエルフで父親はマーテル教会の教皇なのだと明かし、ロイド達の感謝して1人考え事をする為オゼットに残った。
ロイドはメルトキオの精霊研究所に戻り、研究員からブルーキャンドルを受け取ると闇の神殿へ向かった。神殿の至る場所に散らばったシャドウの分身を集めながら祭壇まで向かうと分身が集まりシャドウが現れ、戦いの末しいなと契約を結ぶ。闇の神殿を出るとゼロスがシルヴァラントにいる光の精霊との契約に挑む前に自分達の身の振り方を考えようと言い出し、テセアラに戻れない可能性も考えて、一度テセアラの町々を回ることにした。テセアラ出身の仲間達はそれぞれ故郷やゆかりの地を巡り、自分がテセアラに残るのかロイド達とシルヴァラントで最後の精霊との契約に挑むのか悩む。元々シルヴァラント出身のロイドとコレットはメルトキオの近くで野営し、仲間の決心を待った。ロイドとコレットは例えテセアラに残り離れ離れになる仲間がいたとしても今まで力を合わせて戦ってきたことは変わらないし、自分達が目指していた世界に為に力を合わせていけば仲間として繋がっている思うと話した。
ジーニアスはロイドに付いて行くと約束していた為、ミトスを説得しシルヴァラント行きを希望し、リフィルもまたこれから発展していくであろうシルヴァラントに自分の様な教師が必要だろうとシルヴァラントへ向かう決意をした。しいなは光の精霊と契約する本人の為シルヴァラントへ向かうことが決まっており、ミズホの里で別れを告げてきた。リーガルは会社を執事のジョルジュに預け、アリシアの様な犠牲者をこれ以上出さない為にロイド達に協力することを決め、プレセアもまだ迷ってはいるがロイド達がいなければ正気に戻れなかったことを考えロイド達の旅に最後まで付き合いたいと気持ちを述べた。ゼロスは世界が分断されれば神子という身分がなくなり自由の身になれると笑いシルヴァラントへ付いて行くと答えた。

仲間全員でシルヴァラントへ向かい、光の精霊と契約する為に情報を集める。以前立ち寄ったノヴァの竜車を訪れ、アスカと思われる大きな鳥の出現条件をノヴァに確認する。人が徒歩で立ち入れないような所にある絶滅したと思われるリンカの木をレアバードで探し、もし木が枯れていたらノームの力とリフィルの治癒術で栄養豊富な土壌を作って以前もらったリンカの実をエクスフィアで急激に成長させる。それからシルフの風の力でリンカの実の音色を風に乗せて運べば良いと判明する。今持っているリンカの実では小さくて無理だが、木が育って大きな実をつけてくれたら、ロイドがその実を加工してミトスの笛のように作ると話した。ロイド達の話を横で聞いていたノヴァがロイド達にもしその鳥を呼び出す時は自分達親子も同行させてくれないかと申し出る。しいなはもしその鳥が精霊のアスカだったら、自分が契約した後に呼び出して見せると約束し竜車を後にする。
レアバードで空から探すと山々の間で大きな木が枯れている場所を発見する。その木こそ探していたリンカの木でノームとリフィルの治癒術で土壌が浄化され、リンカの木が復活した。ロイドとプレセアがリンカの実を加工してミトスの笛と同じものを作り上げると、ジーニアスが笛を吹きしいながシルフの力でその音色を風に乗せた。するとアスカが現れる。しいなはアスカに契約を求めると、アスカはルナと一緒でなければ契約はしたくないと言う。ロイド達はその条件を呑み、マナの守護塔にいるルナの下へ急ぐ。ルナのいる祭壇まであと少しという所でクラトスが待ち構えていた。デリス・カーラーンのコアシステムがはじき出した答えによると、光の精霊と契約をすれば大いなる実りの守護が解かれてしまうとクラトスが言うと、ロイド達の後ろから突然ユアンが現れクラトスに攻撃をする。ユアンの思う通りにはならないとクラトスは言うが、ユアンに自分がクラトスの相手をしている間に光の精霊との契約を済ませる様指示をすると、ロイド達はルナがいる祭壇へ向かった。ルナが現れた後、約束通りアスカもルナの下へやってきてしいなの力を試す。しいなの力を認めたルナとアスカは契約に応じてくれる。
大いなる実りの楔である全ての精霊との契約を達成すると大樹が禍々しい姿で現れる。その大樹にマーテルと呼ばれる女性が取り込まれかけているのが見えた。クラトスは大いなる実りが精霊の守護を失い暴走しているのだと話す。精霊は大いなる実りの成長を妨げる役割だけでなく、2つの世界の中心に大いなる実りを留めておく為の役割も持っていた。不安定な状態だった大樹の楔を全て外し、純粋なマナを大量に照射させたことで大樹と融合しかけているマーテルを取り込みながら大いなる実りは暴走してしまったのだった。このままではシルヴァラントは暴走した大樹に飲み込まれて消滅し、聖地カーラーンと異界の扉で繋がっているテセアラも同じくいつかは飲み込まれて消滅してしまう。精霊の復活で今マナの流れが活性化しているシルヴァラントが先に消滅することが分かると、ロイドはシルヴァラントと相対するテセアラの精霊の力を大樹にぶつければ中和できるのではないかと考えた。ユアンは精霊の守護が解ける前に救いの塔を破壊させて直接種子に近付く為に、元々レネゲードがロディルを利用して作らせていたという魔導砲を使ってテセアラ側の精霊の力を撃ち込むしかないと話す。レネゲードは今すぐマナ照射を停止させ、ロイド達は魔導砲に向かうことが決まるが、まだ牧場として機能しているイセリア牧場で魔導炉を操作しマナの照射をしていたレネゲードの仲間がフォシテスに見つかり処刑されてしまったことが分かる。クラトスは大樹の暴走を止める為、一時的にロイド達に協力すると言う。しいなとレネゲードが魔導砲へ向かい、自分達とクラトスはイセリア牧場へ潜入することをロイドが決める。ロイドがイセリア牧場に行こうとしたのは、パルマコスタから連れていかれたショコラを救出したいという理由もあった。