ヴァン・ホーエンハイム（鋼の錬金術師）の徹底解説・考察まとめ

プライドの一件の後、ホーエンハイムは、リオールに留まった。
ロゼの手伝いや、資材運搬の手伝いを行った。

そんなある日、リオールの暴動を聞きつけたアルは、ウィンリィを伴いリオールを訪れた。
ロゼの元気な姿に安堵するアルの前に鍋を洗い終えたホーエンハイムが、「他に仕事は…」とエプロン姿で現れる。
天然発言に軽く怒られた後、ピナコからアルの身体の事を聞いた事を話し、しばらく沈黙の上、他の人の呼び掛けに応えてその場を後にする。
久しぶりの親子の再会に、他の人から「放っておいていいのか？」と尋ねられるが、「何年も置いて家を出て行ってしまったから、何を話せばいいか」と苦笑いを浮かべた。
だが、後からやってきたアルから「ボクも働く！」と普通に話しかけてくれたことに、小さく安堵の笑みを浮かべた。

「地下トンネル？」
アルからこの町に来た理由を聞いたホーエンハイムは、話が公に話す内容ではないことに気づき、アルを連れて人気の無い路地裏へと向かった。
その時、息子たちもまたホムンクルスの企む国土錬成陣の発動を防ぐために動いていることを聞いたホーエンハイム。
そして、セントラルの地下で自分とそっくりな男と会った事も打ち明けられ、アルから
「父さんと無関係とは思えない。その男が何者か知っているんじゃないかって…父さん会ったら聞こうと思ってた」と言われる。
それを聞いたホーエンハイムは、「いいのか？ 俺があっち側の人間だったらどうする？」と鎌をかけて尋ねた。
その問いかけに言い澱むアルの様子に、こんな父親でも信じてくれていることを知ったホーエンハイムは、息子たちに全てを打ち明ける決意を決め、語り出す。
「話せば長くなる。エドワードにも聞いてもらいたんだが」そう言うホーエンハイムにアルは今エドが行方不明であることを聞かされる。

最終決戦に向けて

ホーエンハイムの過去を聞いたアルは暫く呆然としていた。
ホーエンハイムの呼びかけに、アルは「数十年ぶりに会った父親からそんな告白されて納得している奴がいたら頭がどうかしていると思うよ」と答えたため、ホーエンハイムは「だよなぁ」と重いため息をつく。

しかし、アルが頭を押さえながら、
「だけど、どうやらボクはその"頭がどうかしている奴"みたいだ」と答えたため、ホーエンハイムは「受け入れるのが早いな」と驚く。自分がこんな身体だからだと答えるアルは、「死なないってどんな感じ？」と尋ねられ、ホーエンハイムは色々便利だけどと口にしてから、「友達が先に逝くのは嫌だな」と率直に答える。それを聞き、アルも「ボクは夜に一人だけで起きているのは嫌だな」という。こうしてお互いが特殊な身の上となった二人は笑みを浮かべ、アルは納得いったと、これまで抱いていた疑問などを打ち明けた、ホーエンハイムもアルの質問一つ一つに答えていく（その中、母親との馴初めも語り、アルを呆れさせた）。また、”賢者の石から生まれた二人（アルとエド）は人間であるか”という問いにホーエンハイムは、「大丈夫。あくまで俺と言う人間を核にした賢者の石だから」と答えた。

話はホムンクルスへと広がったため、アルは自分たちが調べてきたこれまでを打ち明けた。アルが取り出したメモを見て、ホーエンハイムはよくここまで調べたなと感心していると、アルが地下のトンネルを破壊したほうがいいと提案し、ホーエンハイムは「やめておけ」と答えた。
ホーエンハイムは、地下の出来事と既に錬成陣は完成しているかもしれないと話すと、アルは焦り出した。しかし、ホーエンハイムはまだ猶予があると答え、まだピンと来ていないアルに、ホーエンハイムは「下ばかり見てないで上を見上げろ。そうすれば見えてくるものがある」という。

空を仰ぎ見るアルが「太陽神レト？」と呟くと、ホーエンハイムは「あいつはその”来るべき日”を待っている」と答え、”約束の日（皆既日食）”というキーワードが、イズミ夫妻へと伝えられる。
そして、この二人のキーワードがイズミ夫妻から物語の主要メンバーへと伝言ゲームの如く伝わっていく（エドは例外で、ホムンクルス”グリード”と身体を共有しているリンから伝えられる）。

最終決戦

トリシャの遺言

"約束の日"前日、エドがオートメイルの整備のため、リゼンブールを訪れた時、ウィンリィからリオールの現状、アルの動向、そしてホーエンハイムがセントラルのスラム街カナマで待っていることを聞かされる。
話を聞いたエドは、グリード、ハインケル（元敵のセントラルの軍人）、ダリウス（同じく敵だった軍人）を伴いカナマに向かった。

カナマに到着したエドは、ホーエンハイムからこれまでの経緯を聞き、絶句した。
頭を抱えるエドにホーエンハイムは、「おまえが欲しがっていた賢者の石だ」と自らを指差し、「使うか？」と尋ねた。
しかし、「関係ない人の命だぞ。自分のせいで身体を無くしたオレ達が使っていいわけないだろ」と答えエドに、ホーエンハイムは「そう言える息子でよかった」と微笑む。そして、「あいつの野望を阻止するのを手伝ってくれないか」とホーエンハイムが話すと、エドは憎まれ口を叩きつつも不器用に共闘を承諾したため、「理由はどうであれ、一緒に戦ってくれるんだな」と微笑んだ。

「話はここまでだ」と解散を告げたホーエンハイムだが、踵を返そうとしたエドが、「そういや、ピナコばっちゃんから母さんの遺言をーーー頼まれてた」と言った後、「約束守れなくてごめん。先に逝く」とトリシャの遺言を伝えた。それを聞いた直後、ホーエンハイムはボロボロ泣き出し、父親の突然の号泣にエドは狼狽。「気色悪い」と憎まれ口を口にする。「すまん」と必死に謝りつつ、涙が止まらないホーエンハイムは、「ちゃんと伝えたからな」と脱兎の如く走り出すエドを見送り、焚火の前に腰を下ろした。
「『先に逝ってる』か。ーー後から俺が来ると信じてくれてるんだ」そう呟き項垂れるホーエンハイムは、馳せる火を眺めながら「もうすぐだ。トリシャ」と呟く。

ホムンクルスの強襲とアルの決意

ホーエンハイムの話を聞き終えたエド達は、食事を済ませ、これからの事を話し合っていた。そんな時、計画のため、エドとアルを攫いに来たプライドとグラトニー（ホムンクルスの一人でぽっちゃりとした体形が特徴）が現れた。更に、プライドの能力（自分の影を動かし、人を操る能力）によりアルを傀儡にされていることを知り、エドは光源を絶つことでその能力を封じることに成功。その後、応援にやってきたフーとランファンの協力で閃光弾の明かりで影を吹き飛ばし、アルをプライドの支配から救い出した。
アルを奪還され、リン達シンの戦士たちの「気を読む力」によって奇襲も通じなくなり、自身の不利を悟ったプライドは、グラトニーを殺してその能力と賢者の石を吸収。傷を癒した上にさらなる力を手に入れる。エド達は窮地に追いやられることとなった。

そんな中、戦線から離れた場所でアルはホーエンハイムの呼びかけに目を覚ました。自分の現状に困惑しつつ、アルはプライドに襲われたことを思い出し、その時の事を「くそぅ…魂に干渉されたみたいで気持ち悪かったな…」と呟く。ホーエンハイムは「奴らは俺の分身のそのまま分身みたいなものだからな。俺の血筋であるアルの血印に干渉しやすいのかもしれない」と評し、考え込む。戦線を脱したフーとハインケルがやってきて、戦況を話して聞かせた。それを聞いたアルは、自身が敵に捕まった事が引き金となった事を悟り、ホーエンハイムに「父さんはやり手の錬金術師なんでしょ？」と尋ねた。ホーエンハイムは「…あぁ、ハンパ無いぞ」と答え、それを聞いたアルは、「父さんの腕前を見込んで提案がある」とある作戦を話し始めた。その作戦とは、自分がプライドの注意を惹きつけるその隙に自分共々プライドを押え込んでほしいという計画であった（後に計画を知ったエドに、ホーエンハイムは「自分が一番適任だ」と、身代わり役をかって出たことを明かした）。

アルの計画を聞いたホーエンハイムは、自分も出れば、プライドは自分を迎え撃とうと力を集中させるだろうと考え、エド達の元に向かった。
計画通り、ホーエンハイムを警戒したプライドは、影を自分の近くに集め、臨戦態勢を整え始め、ホーエンハイムも「もう少し」と歩を進めた。その時、背後からプライドを捕まえようと飛び出したアルが、逆にプライドに捕まった。「つまらない作戦ですね」と自分の勝利と作戦を嘲笑うプライドを見て、ホーエンハイムは、「俺の息子をバカにするな」と怒りと共に山のような巨大な地面を動かし、プライドをアル諸共巨大な球体に閉じ込めた。プライドは、必死に影を伸ばし脱出を試みるが、アルに羽交い締めされ、やぶれかぶれ放った影の刃も、ホーエンハイムの眼前スレスレで球体の裂け目に阻まれ霧散した（この時、周りが喝采している中、内心ビビったと呟いている）。

全てが片付いた後、エドは激怒し、ホーエンハイムに詰めかかった。しかし、ホーエンハイムは、これが「アルの提案」であることを告げ、今のプライドは倒すのは難しい事、抑え込み対策を立てる時間が稼ぐべきだと言われたことを伝えた。それでも納得いかないエドは、「なんでオレに相談無く…」と尋ねると、「兄さんにいったら絶対反対される」とアルに口止めたことやアルなりの考えであることを話して聞かせた。それを聞き押し黙ってしまったエドを残して、ホーエンハイムは周辺の消火活動を始め、夜も深けていった。

第三研究所潜入

夜が明け、スカー達（医者のマルコー、ハインケルと同じ元軍人のジェルソにザンバノ、元鉱山経営のロキ）と合流した後、セントラルを見ていたランファンがセントラルの街で煙が上がっていることを報せた。
それを聞いたエドは、マスタング大佐（エドの上司で物語の重要人物）の計画が動き出した事を知り、ホーエンハイムに「混乱に乗じて地下中心部を叩こう」と提案、ホーエンハイムも「一応手は打ってあるが、使わずに済むことに越したことがない」と了承。そして、重症のハインケル、マルコー、ロキを残し、一行はセントラルに向かった。
ちなみに、この大佐の計画とは、国の上層部が私利私欲のため、ホムンクルスの傀儡となっていることを知った大佐、アームストロング少将（ブリッグスの上官）、少佐（少将の弟）、グラマン中将が起こしたクーデターのことである。

最初、ホムンクルス達が出入口として利用している廃墟に向かうが、そこは軍の集合場所となっていたため、断念。
「第三研究所だ！以前、アルと大佐が侵入した…」と以前アルがそう話したことを思い出したエドがそう発すると、一行は軍第三研究所に向かい、見張りをエドが騙し討ちでタコ殴りにして、気絶させた隙を通り抜けた（それを見たホーエンハイムは「おまえ。ひでぇな」と呆れている）。
そして、地下の分かれ道に辿り着いた際、エドが、「二手に別れるか？」と呟く。ホーエンハイムは「だな。俺はこっち。エドワードとスカーはあっち」と話すと、エドは激高。それに対してホーエンハイムは「だって、力配分で言ったらこうだろ。それにあいつが錬金術封じの技を使った時にお前は無力だけど、スカーは使えたんだろう？」と諭され、エドは固まった。
更に付け加えるように、「俺は規格外だから、一人で大丈夫だ」と言った後、「ボディーガードを一人つけてもらおうかな」とランファンに声をかけた。別れ際、ザンバノから「本当に二人だけで大丈夫か？」と問われ、「おっさんは、若い娘さんとと一緒の方が嬉しいの」と言葉を残し、周囲を呆れさせた。
しかし、これはランファンがリン捜索に行けるようにするためで、全員と離れた後、「行きなさい。我々の事は気にするな。大事な人なんだろ？」と彼女の背中を後押しし、彼女をリン捜索に向かわせた。そして、彼女と別れたホーエンハイムは、その足で”お父様”の元に向かった。

因縁の再会

ホーエンハイム来訪を知った”お父様”は、「…一人か。あの兄弟と一緒に来るかと思った」と呟いた。しかし、ホーエンハイムは「ガキを叱るのに何人もいらないだろうーーー」と答え、”お父様”の前に姿を現した。
”お父様”と対峙したホーエンハイムは、その姿を見て、「つまらない奴になったな」と呟き、「昔はもっと感情豊かだったのに」と話す。それから、ホムンクルスを生み出した訳やそのために感情を切り離した訳を尋ねた。"お父様"は、「完全な存在になりたいのだ」と言い、ホーエンハイムに攻撃。それを避けながら更に質問を続けたホーエンハイムは、「本当は人間のような家庭が欲しかったのでは？」と問いかけた。しかし、その質問の直後、"お父様"はホーエンハイムの背後に回り込んで背中を貫くと、「賢者の石をもらいうける」と言い、石の吸収を始めた。しかし、違和感を感じた"お父様"は、腕を引っこ抜いた。そして、それを表情を見ていたホーエンハイムは「やっと表情を変わったな」と呟き、自らの手を押つつ、"お父様"も「…何をした」と問いかけた。すると、ホーエンハイムは、「おまえがしなかったことをしただけさ」と答え、「感情を捨てたおまえが俺達に簡単に勝てると思うなよ」と言葉を続けた。

ホーエンハイムが、石の魂一人一人と協力関係にあることを話すと、"お父様"は、「賢者の石が個々の意志を持って、協力しているだと？ただのエネルギー体が？」と問いかけた。「ありえんと思うか？」と言った後、ホーエンハイムは「たしかに荒ぶる魂一人一人を相手にするのは気が狂いそうになったよ。だが、こいつらと対話する時間はたっぷりあった。おまえのくれた死ねない身体のおかげでな」と自らを指し示し、「俺の中にいる五十三万六千三百二十九人全員と対話を終えている！」と告げた。
ホーエンハイムが「俺達の力でその容れ物壊させてもらうぞ！！」と言うと、それがトリガーとなって"お父様"の身体は内側から巨大な針に貫かれ、次第に全身を無数の針によって貫かれた。その姿を前にホーエンハイムは、「おまえが見下した者達の想いを知れ」と告げた。

しかし、次の瞬間、黒い物体が”お父様”の口から吐き出されると、容れ物を吸い込み、「見下しているのはそちらのほうではないのか。ホーエンハイム。進歩しているのが自分たちだけだと思っている！」と告げ、天井に巨大な目が出現した（後に彼が国土錬成陣を発動させた時、本体が体長数十メートルもある巨体である事から本体がその部屋全体を覆う巨体であることが示唆される）。そして、ホーエンハイムは、その圧倒的な力で捕らえられてしまう。

アメストリスの国土錬成陣発動

ホーエンハイムが敗けたその頃、上層ではアメストリス国軍の最高指導者キング・ブラッドレイを作ったと名乗る男（本名不明の金歯の医師）が計画の第一段階といい、転移の錬成陣（正確には、以前エドがグラトニーの体内から脱出した疑似真理の扉）を発動させた。これにより、エド、アル、イズミは”お父様”の元に送られることとなる。

訪れた三人を見て、”お父様”が「一人足りんな。あとひとりは今作っているところか？」と呟くと、捕らえられたホーエンハイムを見つけたエドは声をかけた。すると、気づいたホーエンハイムは、エドとアルがここにいることを嘆きつつ、一緒にいるイズミに向かい「こんな情けない姿ですまないね」と呟く。困惑しているイズミは、「いやいや、どうなってんのよ」と尋ねると、”お父様”が代わりに身動きを封じた経緯を簡潔に話す。エドは。”お父様”の姿について尋ねると、ホーエンハイムがこれが本体であることを告げ、邪魔と判断された”お父様”により体内の奥に追いやられる。
その後、プライドとラース（キング・ブラッドレイの別称）により、無理やり人体錬成をさせられたマスタング大佐（代償として視力を失う）と意識を取り戻したアル。そして、部屋の天井をこじ開けてやってきたメイが加わり、なんとか脱出しようと奮闘するも、”お父様”から「逃げられんよ。おまえ達はすでに私の腹の中だ」と告げられ、時間だけが過ぎていった。

そして、地上では日食が開始すると、「時は来た！！」と”叫んだお父様”により人柱を縛り上げられ、自分の周りに五芒星となるよう放り出した。ホーエンハイムは、最後のあがきをするも、届く前に国土錬成陣が発動。”お父様”は、この国土錬成陣の意味について語り、「この力をもってこの惑星の扉を開ける」と告げた。すると、空が割れ、現れた巨大な目に向かい、巨大な”お父様”の本体が姿を現す。そして、空の裂け目に向かって、「もう貴様に縛られ続ける私ではない…地に引きずり降ろし我が身の一部としてくれよう」と叫ぶと、エド達の前に、若々しい青年の姿として表れた。ホーエンハイムが「やりやがった」と呟くと、その青年は「あぁ、成功だ。神も人もすべて私の中だ。この国の人間にはそのエネルギーになってもらった。協力、感謝する」と告げた。

反撃ののろし（1）

別人となった”お父様”が、部屋中央の玉座に腰を下ろすと、メイが「アメストリスの国民を賢者の石にして、神を抑え込むのに、使っているですって？」と呟いた。イズミが「いったい何人犠牲にしたんだい」と呟き、マスタングが「この国の人口は約5000万人だ」と答えた、全員が絶句する。

”お父様”は、「おまえ達の役目は終わった」と言うと、ホーエンハイムは、皆を自分の元に集まるよう促した。そして、錬金術を封じを発動させた”お父様”が、「さらばだ人柱諸君」と言うと頭上から巨大な雷が落ち、ホーエンハイムを襲う。
ホーエンハイムはそれを受け止め、「全員、俺のそばを離れるなよ」と話すと、”お父様”は更に出力を上げた。頼む、力を貸してくれと、必死に踏ん張るホーエンハイムを「たかが50万人分の賢者の石で頑張る」と見下す”お父様”は、更に下からの追撃を繰り出した。しかし、メイが錬丹術の防御の陣を発動させ、「地面の防御はお任せください」と地面からの攻撃を防ぐ。業を煮やした”お父様”は、「あまりここを壊したくないのだが…」と言い手のひらに球体を作り始めた。
ホーエンハイムがそれに気づくと、”お父様”は「気づいたか。神を手に入れた私は今や、掌の上で疑似太陽を作る事も可能だ」と言い、生み出した火の玉を解き放とうとする。

その瞬間、突然、巨大な鼓動音が鳴り響き、”お父様”の異変に気付いたホーエンハイムが「気付いたか？さっきからずっと聞こえている心音に」と言ってから、魂と精神と肉体の繋がりについて話し始めた。
「…何をした。ホーエンハイム」話を聞いた”お父様”が、そう問いかけると、ホーエンハイムが「長い年月をかけて計算に計算を重ねこの日のために俺の中の賢者の石を各地に配置しておいたのさ」と答える。さらに、”お父様”から「ーーー錬成をするには円というファクターが無ければ力が発動せん」と言われると、ホーエンハイムは、「円ならあるさ。時が来れば勝手に発動するようになっている…空から降ってくるとびきりでかくてパワーのあるやつがな！！日食によって大地に落ちた月の影、本影だ！！」と言い、自分も同じ日食の力を利用していることを告げた。それを聞いた”お父様”は激高。「邪魔をするか。ホーエンハイム！！」と叫ぶと、ホーエンハイムも「そのために、ここに来たんだよ。ホムンクルス」と叫び、神とやらを手に入れた瞬間、逆転劇が始まっている事を告げ、”お父様”の身体に巨大な雷が落ちた。その力によりアメストリス人の魂で作られた賢者の石が破壊され、解き放たれた魂たちは健全な肉体へと帰っていった。
「元から持っていたクセルクセス人の魂だけではそのとてつもない”神”とやらを抑え込んでいられまい」とホーエンハイムが言うと、力の解放は危険と判断した”お父様”によって手のひらの玉は握りつぶされ、攻撃も止んだ。

反撃ののろし（2）

攻撃も収まった瞬間、ホーエンハイムは、その場にしゃがみ込んだ。
苦しそうにする”お父様”の姿にホーエンハイムは、「どうだ。今はーーその身体の内に保ち続けるだけで精一杯なのではないか？」と尋ねた。”お父様”は「資源はまだいくらでもある。またーー作れば良いーー一億でも、十億でも」と言うと、邪魔となったホーエンハイム達を消そうと天気を操り、巨大な竜巻を生み出した。各々がその光景に驚いている中、正面からの攻撃に気づいたメイの呼びかけに咄嗟に手を伸ばしたホーエンハイムは、その攻撃を受け止めた。しかし、強力な攻撃にホーエンハイムは「くそ、相殺が間に合わん」と徐々に後退し始める。メイが「踏ん張ってください。おじさマ！！」と激励するが、敵は更に出力を上げ、ホーエンハイムを追い詰めていく。「やられた…押し返せない…」とホーエンハイムが思った瞬間、エドとアルが背中を押し、「父さん。頑張って！」「気ぃ抜くんじゃねぇ」と叫び声をあげた。息子たちの声援にニヤッと笑みがこぼれたホーエンハイムは、「まいったね。ボンクラ親父だけど、いいとこ見せたくなっちまうなぁ！！」とさらに出力を上げて迎え撃つことが出来た。しかし、そんな姿にアルが「早くしないと父さんの中の賢者の石が尽きる」と不安を口にすると、エドは「まだなのか。スカー！！！」と叫び声をあげた。

その頃、上ではスカーとラースによる激闘が繰り広げていた。簡潔に言うと、紙一重の差で何とか勝利を掴んだスカーは、遅れてきたランファンに肩を借り、部屋の中央へと向かった。そして、彼の兄の研究により知ったホムンクルスの錬金術封じを消すため、錬丹術で構築した新たな国土錬成陣を発動させた。実は、アメストリスの錬金術は、ホムンクルスが各地に配置した賢者の石により制御されたまがい物であり、意図的に力をセーブさせられるように構築されていた（スカーの説明によると）。その事に気づいたスカーの兄は、生前に“錬丹術で賢者の石を無効化する国土錬成陣”を開発していた。それをスカーと同じイシュバール人の仲間たちにより各地に施し、中心地点であるこの場所でスカーが腕に彫った刺青により発動させることで、賢者の石による制御を中和することに成功。

その変化に気づいたメイ、ホーエンハイムが叫ぶと、エドとアルは術を発動させ、ホムンクルス達を強襲。部屋がボロボロになったその場に佇む”お父様”を見て、エドが「ざまぁみやがれ、えらっそーにふんぞり返ってた椅子が粉々だ。好き放題やってくれやがったな。この野郎。クソ真理と一緒にぶっとばす！！！」と拳を振り上げると、反撃の火蓋が切って落とされることとなる。

父の背中

ホムンクルスの制御から解き放たれ、本来の力が予想以上に強力な事に軽く驚くエド達だったが、敵に傷一つつけることが出来ず、その力の差にエドは「こっちが強くなっても焼け石に水状態じゃねぇか」と愚痴った。しかし、ホーエンハイムは「焼け石に水でもかまわん。ガンガン行け！！奴の身体は今”神”とやらを押え込むのに精一杯！はちきれ寸前の風船みたいなものだ。少しずつでイシの力を削り取っていけば、いつか奴の身体にも限界が来る」と叫び、エドを激励。エドにいつだよ、と尋ねられ、「わからん。わからんが防御はまかせろ」ととにかく攻撃を続けるよう促した。

しかし、しばらくすると”お父様”は天井に空いた穴へ向かって飛び上がり、その意図を理解したホーエンハイムは、「奴め。賢者の石を調達しに行ったな」と言うとその後を追い、地上に向かった。
地上に出ると、ちょうど”お父様”が地上で待機状態だったドルクマ兵を賢者の石に変えようと術を発動している場面に出くわしたため、ホーエンハイムは「これ以上はやらせんよ」とそれを未然に防ぎ、未だに人間を見下す”お父様”に「破壊しかもたらさぬ存在を神と呼べるのか？究極の存在にでもなったつもりだろうがどん詰まりなんだよ。おまえは」と告げる。すると、”お父様”は「そうかね？ならば人を産もう」と言い、生き人形（クセルクセスの人々）を体内から生み出し、放出した。
命を粗末に扱うその祖業に激高するホーエンハイム。その表情を見た”お父様”は、ニヤっと笑うと、巨大な光線を吐き出し、全てを吹き飛ばし、その事に気づけなかったホーエンハイムは、せめてイズミと後からやってきたエドの前に立ち、身を挺して二人を守った。
爆発に巻き込まれ、吹き飛ばされたエドは、一緒に倒れていたイズミを助け起こすとそこにはボロボロで目の前に立ちふさがる父の無残な姿だけが残されていた。
「おい、しっかりしろ」と近くによるエドを”お父様”が見下ろし、ホーエンハイムは彼方へと投げ飛ばされる。「ホーエンハイム！！」と叫ぶエドを「まずふたつ」と賢者の石に錬成しようとする”お父様”。
すると、「撃て」という掛け声と共にドルクマ兵の援護射撃により3人は窮地を一時脱出。「でもあいつ、これ位じゃビクともしないぞ！」とエドが教えると、更なる援助射撃が苛烈化。
遅れてやってきたマスタングとホークアイ中尉によるタッグ錬成、アームストロング少佐やランファンも攻撃に加わり、更に苛烈を極める猛攻についに素手で防御させるところに至り、それを見たホーエンハイムが「奴は限界だ。あいつはもう神とやらを押さえ込んでいられない」と叫んだ。
しかし、最後の足掻きで力を解放した”お父様”の衝撃波により全員が吹き飛ばされ、エドだけが近くの瓦礫に左腕挟まれた状態に身動きが取れないままとなった（この時、先ほどの攻撃で右手のオートメイルは大破している）。
「逃げろ。エドワード」とホーエンハイムが叫ぶ中、”お父様”は「エネルギー、よこせ」とじわりじわりとエドの元に歩み寄る。その瞬間、メイのクナイがエドの右腕の所に投げ込まれた。それは、アルがメイに頼んで投げ込まれた錬丹術の陣であった。アルの魂は、エドが自分の右腕を通行料として錬成していたため、その逆をすればエドの右腕が戻ると考えた結果である。これにより、エドは自分の右腕を取り戻すことに成功。両腕を取り戻したエドの猛攻が始まることとなった。

ようやく知った父の愛

右腕を取り戻したエドは”お父様”を倒すことに成功。力を失った”お父様”は、真理へと帰り消滅した（漫画では、エドに撃ち抜かれた穴に消えるのみだが、アニメ版では、最後「自由になりたかった。全てを知りたかった」と本当の想いを叫び、消えていった）。
戦いを終え、アルを失ったエドは悲しみに暮れていた。メイが泣きじゃくるのを見て、「おまえのせいじゃない。アルの判断だ」と慰める。
そこにリンが「エド！通行料ならある」とランファンが見つけた賢者の石を取り出し、これで「アルを取り戻せ」という。しかし、エドは、「オレ達の身体を取り戻すのに賢者の石は使わないとアルと約束した」と断り、別の方法が無いかと模索する。
その時、ホーエンハイムが、イズミの肩を借り、近づいていくと、「エドワード」と声をかけた。そして、エドに「俺の命を使って、アルフォンスを取り戻せ。ちょうどひとり分残ってる」と告げ、自分の命を使ってくれと頼む。それを聞いたエドは激高し、「バカ野郎…そんな事できる訳ないだろう！！オレ達兄弟が身体を無くしたのはオレ達のせいだ！！」と言い、「だいたいなんでてめぇが命を懸ける必要がある」と怒鳴りつける。すると、ホーエンハイムは目を伏せて「父親だからだよ」と答えた。
「必要とか理屈とかじゃないんだ。おまえ達が何より大事なんだ。幸せになってほしいんだ。二人ぼっちになって寂しくてトリシャを甦らせようとした。おまえ達の身体がそうなってしまったのは放ったらからしにしていた俺のせいでもある。すまなかった」と最後くらい父親らしい事をさせてくれと頼んだ。すると、エドから「バカ言ってんじゃねぇよ。クソ親父！！二度とそんなこと言うな。はったおすぞ！！」と怒鳴られ、「やっと親父と呼んでくれた」と満面の笑みを浮かべ、笑った。

こうして、エドはアルを助けに最後の錬成を行い、アルは無事助けられた。
戻ったアルに「おかえり」と手を差し出したホーエンハイムは、アルの「…あったかい」という言葉に胸をなで下ろし、その場を後にするのである。

アニメ版限定

アニメ版では、エド達の再会を話した後、アームストロング少佐と出会い、軽い挨拶をするシーンが追加となっている。

ホーエンハイムは、「息子たちがお世話になりました」と頭を下げた後、アームストロング少佐は「いえいえ、この国はあの子たちに救われました」と言われ、息子たちの成長、活躍を陰ながら応援してくれた大人たちの存在に涙を流し、リゼンブールに戻るシーンが追加されている。