NieR:Automata（ニーア オートマタ）のあらすじ・ストーリーまとめ

アダムが倒されたことでイヴは拠り所を失い、破壊衝動を抑えられなくなったことで彼が管理するネットワークに繋がる機械生命体たちも暴走を始めていた。
2Bはパスカルと別れレジスタンスキャンプに向かうと、暴走した機械生命体たちに襲われるアンドロイドたちの惨状を目の当たりにする。機械生命体たちを倒し、キャンプの外に出ると大型兵器が他の機械生命体たちを呼び寄せていた。
合流した9Sの援護で2Bは9Sと共に大型兵器を撃破するが、そこに現れたのは豹変したイヴだった。

2Bと9Sは機械生命体たちの暴走を食い止めるためイヴと戦う。9Sはイヴにハッキングして弱体化に成功し、2Bはイヴを破壊した。
しかしハッキングに時間がかかったせいで9Sが物理汚染される。
汚染された個体データをバンカーに送信することはできないのでバンカーで再起動しても今までの記憶を持った9Sは復活することはできない。
2Bは躊躇するが9Sの願いで9Sを手にかける。
9Sが動かなくなると、周囲の機械生命体たちの残骸が共鳴を始め1体の機械生命体が動き出す。それは機械生命体の中に個体データを移すことができた9Sだった。

Aエンディング（Aエンド）

9Sが無事であったことに安堵する2Bだったが、「アンドロイドと機械生命体を分かつものは何だろう」という疑問が残った。

Bエンディング（Bエンド）

2Bと9Sの様子を終始見ていた謎の赤い少女たちがいたが2人は気付かなかった。バンカーに戻った2人は来たるべき次の作戦に備える。

3周目以降

9Sは2Bにヨルハ計画について相談することができずにいた。アダムとイヴが倒されたことで機械生命体の弱体化に成功したヨルハ部隊は、地球への大規模侵攻作戦を決行。2Bと9Sも作戦に参加するが、機械生命体たちによるEMP攻撃を受けて2人以外の隊員たちが次々とウイルスに感染し操られてしまう。さらに司令部と連絡がつかず収拾がつかなくなり、2人はブラックボックスによる自爆で戦線離脱する。

バンカーに戻った2人は司令に地上の状況を報告するが、逆に汚染を疑われ捕縛されそうになる。すると周囲にいたオペレーターたちが次々と汚染され、2人は襲われてしまう。2人は司令を連れてバンカーからの脱出を図るも、司令も汚染が進んでいた。司令はバンカーと共に最期を迎え、バンカーは爆破され消滅する。

脱出に成功した2Bと9Sだが汚染されたヨルハ部隊に執拗に追われていた。2Bは自分を囮にして9Sを逃がし、1人で追手からの攻撃を受け撃墜される。汚染されたアンドロイドたちとの接触が長かったため、2Bもウイルスに感染し汚染が進んでいた。
ヨルハ部隊や機械生命体に襲われながらも9Sの身を心配していた2Bの前に現れたのはA2だった。
2Bは汚染が限界に達したため自身の最期を悟り、9SのことをA2に頼み自らの刀を託した。

同じ頃、2Bを見つけた9Sが目の当たりにしたのは、A2によりとどめを刺された2Bの最期の姿だった。2B自らA2に介錯を頼んだことを知らない9Sはこれに激昂し、A2に斬りかかろうとするも突如地表から現れた巨大な「塔」に2人は分断される。

A2は2Bの遺志を継いだポッド042の存在を疎ましく思いながらも行動を共にし、機械生命体の殲滅のために砂漠地帯へ向かう。出現した大型機械生命体を破壊することに成功したが機体の燃料用のろ過フィルターが損傷し、修復するためにレジスタンスキャンプへ向かう。途中機械生命体に襲われているパスカルを助ける。パスカルは助けてくれたお礼を言ってその場から飛び去っていった。アネモネからろ過フィルターをパスカルからもらうように言われ、パスカルの村へ行く。過去に仲間を殺されたこともあり、機械生命体を拒絶していたA2は当初パスカルと会話すらしなかったが、ろ過フィルターの一件以降は交流を深めていく。

平穏も束の間、パスカルから村が襲われているとの連絡を受けたA2は現場へ急ぐ。そこで一部の村人が暴走し、他の村人たちが襲われている惨状を目の当たりにしたA2は暴走を止めることはできたが村人たちを救い出すことはできなかった。子どもたちを避難させているパスカルに合流するため工場廃墟へ向かうが、工場廃墟前で機械生命体たちと戦闘になる。パスカルと共闘し破壊することに成功する。子供たちの元へ戻ると、子供たちは皆自害していた。仲間であるはずの機械生命体に襲われた恐怖に押し潰された故の行為だった。現状に耐えられなくなったパスカルはA2に記憶データの消去を依頼しA2はその願いを聞き入れる。

9Sはレジスタンスキャンプに保護されていた。デボルとポポルに治療とメンテナンスを受けた後、ポッド153と共に塔の調査を始める。塔は機械生命体が創造したもので内部に侵入するためには「認証キー」が必要だった。
認証キーを入手するため、各地に出現した「資源回収ユニット」へ向かう。最後に向かったユニットで行方不明になっていたオペレーター21Oと再会する。しかしオペレーター21Oは汚染され操られていた。9Sは一瞬の隙をつかれ攻撃されそうになるも、とどめを刺したのはA2だった。そこに機械生命体が乱入したことで2人は再び散り散りになる。
2Bとオペレーター21Oを失ったことで9Sは精神的に異常をきたし疲弊していく。

9Sは塔の認証キーを全て集め、塔への侵入を試みる。苦戦する9Sに助け舟を出したのはデポルとポポルだった。デボルとポポルの決死の行動で9Sは侵入に成功する。しばらくしてA2も塔へ足を踏み入れる。

9Sは塔の上層部へ向かう途中、赤い少女たちに出会う。赤い少女 （ターミナル） は機械生命体のネットワークから生まれた意識の集合体「概念人格」というものだった。つまり機械生命体の中枢を掌握している存在であり、アダムとイヴも赤い少女の手駒に過ぎなかった。
戦争で機械生命体が優位に立ち地球への侵略を成功させるため、赤い少女はアダムとイヴなどの機械生命体を監視するだけではなく、バンカーのメインサーバーに侵入しアンドロイド側の情報を調べていた。そしてさらなる情報を得るために2Bや9Sの行動も監視していた。
赤い少女から「ヨルハ計画」の真実を知らされた9Sはその内容に愕然とする。その内容とは、時期を見て外部からバンカーを意図的に襲撃させ爆破させることでヨルハ機体を全滅させること。つまりヨルハ部隊員は皆、処分されることを前提で結成されたというものだった。