NieR:Automata（ニーア オートマタ）のあらすじ・ストーリーまとめ

一方A2も上層部を目指し、図書室と呼ばれる場所にたどり着く。そこには機械生命体たちが収集したデータが収められていた。その中に「ヨルハ計画に於ける二号モデル運用概略」というデータがあり、2Bの正体を示すものが書かれていた。2Bの正式名称は「ヨルハ二号E型」であり、離反したヨルハ兵士の処刑執行役を請け負っていた。さらにA2の前に赤い少女が現れ、月面基地を破壊するための砲台として塔を建設したという事実を突きつけて去っていった。

真相を知った9SとA2は塔の上層部で相対する。
A2は2Bの正体や彼女の思いを告げ、自分たちが争い合うよりもすぐに塔を破壊すべきだと諭すが、2Bを停止させたことを許せない9Sは聞き入れなかった。

Cエンディング（Cエンド）

A2は仕方なく9Sと戦闘になる。9Sに勝利したA2は9Sをハッキングし、ウイルス除去を施した。9Sをポッド042に託したA2は一人ネットワーク内に残り、内部から塔を破壊。仲間のことを思いながら崩れゆく塔と運命を共にした。

Dエンディング（Dエンド）

A2の復讐に燃える9SはA2やポッド153の制止も聞かずに戦闘になる。とどめを刺されそうになった9Sだったが、A2に一瞬の迷いが生じたのを見逃さず彼女を倒した。だが同時に自身も刃に貫かれ相打ちとなる。2Bのことを思いながら意識が遠くなりかけたその時、赤い少女とアダムとイヴが現れる。赤い少女は塔の役目を変えることを告げる。それは月面基地を破壊するための「砲台」としてではなく、機械生命体のデータを後世に遺すために宇宙へ飛ばす「方舟」として使うというものだった。アダムは一緒に来ないかと9Sを誘う。9Sが返事をして間もなく方舟が空へ打ち上げられ、塔は崩れ落ちた。

Eエンディング（Eエンド）

ヨルハ部隊が全滅したことでヨルハ計画は終了。ポッド042と153はヨルハ機体のデータを全削除しようとするが、自身に芽生えた2Bたちを救いたいという気持ちに思いとどまる。個体データをサルベージし、残存していた素体に2B、9S、A2のデータを移し、彼女たちを復活させる。