メタルギアソリッド3 スネークイーター（MGS3）のネタバレ解説・考察まとめ

『メタルギアソリッド3 スネークイーター』の概要

『メタルギアソリッド3 スネークイーター』（METAL GEAR SOLID 3 SNAKE EATER、MGS3）は、1987年にMSX2用に発売された『メタルギア』をはじめとする『メタルギアシリーズ』の、第五作目にあたる作品である。対応機種はPlayStation 2、PlayStation 3、Xbox 360、ニンテンドー3DS、PlayStation Vita。『メタルギア』は、のちの2020年に「デス・ストランディング」（PS4、PC用ゲーム）で多数の賞を受賞する、小島秀夫の監督デビュー作である。
『メタルギアシリーズ』は、ストーリーの時系列順に作られているわけではない。ナンバリングタイトルであっても時系列が前後する。『メタルギアシリーズ』の時系列順に並べたときにストーリーの「最初」に当たるのがこの作品、『MGS3』である。日本だけでなく世界から評価される『メタルギアシリーズ』の中で、「シリーズで一番好きな作品、印象に残った作品」として挙げられることが多い。多大な支持を得ている理由として、映画のような臨場感のあるムービー、散りばめられた伏線をはじめに、事細かく描かれる世界観は他のゲームでは味わうことのできない「完成度」が挙げられる。

本作は2部構成になっており、それぞれ「ヴァーチャスミッション」「スネークイーター作戦」と呼ばれる。「ヴァーチャスミッション」では、特殊部隊「FOX」に属するネイキッド・スネークがソ連の兵器開発者・ソコロフの亡命の支援をする。そして「スネークイーター作戦」では敵に連れ戻されたソコロフの奪還や新型兵器「シャゴホッド」の破壊、ロシア連邦軍参謀本部情報総局GRUのヴォルギン大佐やソ連に亡命したザ・ボスの抹殺に奮闘するスネークが描かれる。

『メタルギアソリッド3 スネークイーター』のあらすじ・ストーリー

『MGS3』のストーリーは二部構成となっている。「ヴァーチャスミッション」と「スネークイーター作戦」である。ゲーム構成の視点から見る場合、ヴァーチャスミッションはチュートリアルにあたり、スネークイーター作戦が本編にあたる。だが、ヴァーチャスミッション中もストーリーの一部であり、退屈のしないオープニングとなっている。

ヴァーチャスミッション

時は1964年、米ソ冷戦真っ只中である。隠密作戦による諜報活動を主とする組織「FOX」が、CIAへの正式な加入を賭けて請け負った作戦がヴァーチャスミッションである。ザ・ボスのCIAへの進言を受けて、この作戦が行われた。ヴァーチャスミッションの内容としては、ソ連の兵器開発者「ソコロフ」の亡命支援であった。米ソの冷戦は、核兵器の開発競争という形で行われており、ソコロフはソ連側核兵器開発の主要人物であった。スネークに課された任務は、単身でのソ連領潜入、ソコロフの兵器が演習を行う隙をついて身柄の確保、ソコロフの身を守りながら回収地点まで誘導というものであった。これまででも死線を潜り抜けてきたスネークはヴァーチャスミッションを軽視している部分があった。

ソ連領への侵入は、世界初の「HALO降下」を用いて行われた。無線では、ゼロ少佐、パラメディック、そしてザ・ボスがサポート。ソコロフの元まで敵兵の目を掻い潜り進んでいく。ソコロフの元にたどり着いたスネークは堪能なロシア語を使い、ソコロフを導くため外に出るがKGBの兵士に囲まれてしまう。そこに現れたのが、メタルギアシリーズのキーパーソン「オセロット」である。オセロットは自身の部隊「山猫部隊」を引き連れ華麗にKGBの兵士を殲滅するも、スネーク一人に倒されてしまう。スネークは、山猫部隊とKGBの対立を不思議に感じながらも回収地点へ向かう。

回収地点へ向かう途中の吊り橋にて、スネークは「シャゴホッド」を目撃する。シャゴホッドは世界初の核搭載戦車であり、地球上のあらゆる地点から友軍の支援なしに中距離弾道ミサイルを発射することのできる兵器であった。
演習を横目に吊り橋を渡るスネークは向こう側から人がくることを察知する。それは、地中海の潜水艦内から無線連絡を介してスネークをサポートしていたはずの師匠、ザ・ボスであった。ザ・ボスは大きな荷物を持っていてもなお吊り橋を揺らすことなく歩く手だれであり、スネークの緊張感が急激に高まる。ザ・ボスはソ連への亡命を画策しており、手に持った荷物は小型核弾頭2発だった。これを亡命の手土産とするようだ。

そこへGRUの大佐、ヴォルギンがやってきて核弾頭を受け取る。
ヴォルギンは「ザ・ボスは我らコブラ部隊に戻ってきたのだよ。世界を制圧するためにな！」と声高らかに告げる。
スネークを殺そうと近づくヴォルギンを制し、前に歩み出るザ・ボス。ザ・ボスは弟子のスネークを自分の手で殺すつもりだった。
ザ・ボスに掴みかかるも、いとも簡単に銃を奪われ腕を折られるスネーク。谷底に落とされてしまう。
気がついたときには、ザ・ボスの持ち込んだ核弾頭がソコロフ研究所、つまりヴォルギンにとっての自国に向けて発射されていた。それによりアメリカはソ連からの糾弾を受けることとなる。
FOX部隊のCIA加入がかかった任務、ヴァーチャスミッションは失敗に終わる。

スネークイーター作戦

ヴォルギンの打ち込んだ核弾頭がアメリカ製であったため、ソ連はアメリカに説明を求める。アメリカはこの核弾頭を「亡命した兵士が勝手に行ったことである」とし、ソ連への核発射との関係を否定した。しかし、谷底に落ちて瀕死状態だったスネークを回収しに行ったガンシップがソ連のレーダーに映っており、完全な潔白を証明することは難しくなってしまった。これらの事態を受け、ソ連の最高権力者であるフルシチョフは「亡命した兵士をアメリカの手で抹殺する」よう要求した。つまり、アメリカから亡命したザ・ボス率いるコブラ部隊を、アメリカの英雄である彼らを、アメリカ政府の手で殺すことを要求したのである。アメリカはこの要求を飲まざるを得ない状況であったため、CIAに任務を依頼した。当然、CIA正式加入を目的にヴァーチャスミッションを行ったFOXに任務が下り、スネークは再度ソ連領に単独潜入を行うこととなる。

スネークは帰還後集中治療室に入っており、短期間での再潜入は難しいと思われたが、驚異的な治癒力で潜入任務の請負を可能にした。今回スネークに課せられた任務は3つ。「ソコロフの奪還」「新型核搭載兵器シャゴホッドの破壊」「ザ・ボスの暗殺」である。これはつまり、スネークにとっての恩師を殺すことであり、アメリカの英雄コブラ部隊を敵に回すことであった。そのコブラ部隊を殺す作戦、食らう作戦として「スネークイーター作戦」と名付けられた。
スネークイーター作戦はソ連の要請した任務となるので、今回はソ連側のスパイ組織KGBの協力を得られることになった。ゼロ少佐から詳細を聞くに、協力者となるスパイは、亡命した元アメリカ人ということであった。NSAの暗号解読員だった2人で、コードネームは「ADAM」「EVA」。ADAMはヴォルギンの元に潜入しており、彼が武器と情報を持ってスネークと落ち合う予定となっていた。
ヴァーチャスミッションの時間帯が昼だったのに対して、今回は夜間の潜入となった。重い体を引きずりながら進むスネークは、森の中でザ・ボスと出会う。どうやら彼女は待ち伏せしていたようだ。

スネークが「なぜ、亡命を？」と聞くと、ザ・ボスは「亡命ではない。自分に忠を尽くした」と言う。そしてザ・ボスはスネークの銃を奪い、壊し、スネークを地に叩き伏せる。
「お前に私は殺せない。帰れ。国境までは距離があるが、お前なら走り切れる」と地を舐めるスネークを一瞥し、ザ・ボスは白馬に乗って去っていった。
傷ついた体に鞭を打ち、KGBのスパイとの合流地点にたどり着くスネーク。そのとき、静かな廃墟にエンジン音が轟き、派手なブロンズ髪の美女が現れる。
「ADAMは来られなくなった。私はEVAよ。よろしく」と言いながら彼女はバイクスーツのジッパーをおろし、豊満な胸をちらつかせながらスネークに近づいた。人気キャラクターであるKGBの諜報員・EVAの登場である。
EVAはスネークに、ソコロフの居場所についての情報、研究所に潜入するための白衣、そしてコルト社のM1911ガバメントを渡す。ガンマニアであるスネークが魅入ってしまうほど完成度の高いその銃は、同じく『メタルギア』ファンをも魅了した。

その後、休息をとっていなかったスネークはその場で少し休むことにした。数刻後、スネークはまたしてもオセロットに包囲されてしまう。オセロットはスネークに言いつけを守るかのようにSAA（シングルアクションアーミー、いわゆるリボルバー銃）を携行し、自信満々であった。しかし、慣れない銃での戦闘であったために残弾数の把握が甘く、またしてもスネークに遅れをとってしまう。オセロットは精緻な装飾の施された銃を使っていたが、スネークに「戦場では何の役にも立たない」と言われてしまう。
EVAの情報を頼りに、スネークは研究所へと歩を進める。しかし、途中でまたもやオセロットと出くわす。オセロットは、初めてスネークと対峙したとき玉詰まりを起こした銃弾をペンダントにするほどスネークを敬愛しており、前回言われた言葉通り銃を変えている。凝った装飾のないシンプルなSAAを二丁携行し、スネークに戦いを挑んでくる。彼は高い身体能力を持っており、スネークと会うたびに銃の扱いや体術を向上させていた。

その後オセロットを戦闘不能にするも、穴蔵に落ちてしまうスネーク。研究所への道をいそぐスネークの元に現れたのが、伝説のコブラ部隊の一人、ザ・ペインである。その後のストーリーで明らかにされることであるが、ザ・ペインは特殊な寄生虫を体に宿しており、痛みと引き換えに多量のアドレナリンを分泌するという特殊能力を持っていた。ザ・ペインは、無数の蜂を操り、スネークを攻撃する。水上での戦いとなったため、スネークにとっては戦いづらく、苦戦する。その後なんとかザ・ペインを抹殺し、研究所を目指した。

研究所につき、白衣に変装して潜入するスネーク。ソコロフのいる部屋へと向かうも、ソコロフはシャゴホッドのある巨大施設へと連行されてしまっていた。しかしその代わりに、一人の飲んだくれる男の姿があった。研究所所長のグラーニンである。グラーニンもまた優秀な科学者であったのだが、シャゴホッドを開発したソコロフのおかげでお祓い箱のような扱いを受けていた。グラーニンは、自身の開発した「新型核兵器メタルギア」の実用性はシャゴホッドに勝ると考えていた。地を走るスピードで核を発射するシャゴホッドよりも、二足歩行により地形の影響を受けずに核を発射できるメタルギアの方が素晴らしいのに、誰も自分を認めてくれないと嘆いていた。そんなグラーニンに、シャゴホッドの破壊とソコロフの連行を伝えると、とても喜び、ソコロフのいる巨大施設の行き方とそのための鍵を渡してくれる。グラーニンによると、まもなくシャゴホッドの調節が終わり、稼働可能になってしまうらしい。スネークは巨大施設へと足を早める。
研究所を出てすぐ、スネークは激しい違和感を感じる。現れたのは、ザ・フィアー。コブラ部隊の一員であり、類まれなステルス能力を持つ。彼は腕関節が二つあり、自在に木の上から攻撃を浴びせてくる。スネークはスタミナ勝負の長期決戦を制し、体に傷を負いながら歩を進める。

スネークはEVAと連絡を取り合い、ソコロフのいる施設の鍵をもらうため、山頂を目指す。途中で行手を阻むのが、コブラ部隊のジ・エンドとザ・フューリーだった。それぞれ特異な能力を持ち、スネークを追い詰める。何とか彼らを退け、山頂へと向かうスネーク。しかし、この時点で一つの謎がある。ジ・エンドはコブラ部隊きってのスナイパーであり、改造を施したモシンナガンを使う。しかし、このモシンナガンは睡眠弾を装填する仕様となっている。ノベライズでスネークは「本気の殺意をむけてきていたら勝負がどうなるかわからなかった」と述べている。熟練の老兵からの思いやりだったのだろうか。それともザ・ボスの指令だったのだろうか。
コブラ部隊全員を殺害し、目標の一部を達成しながらたどり着いた山頂でEVAと落ち合う。EVAは、スネークとザ・ボスの関係性を執拗に聞き出そうとする。

心を揺らがせながら、スネークはソコロフのいる巨大施設へと向かう。
一方、GRU陣営ヴォルギンは、コブラ部隊という仲間を失った悲しみ、スネークが歩みを進めることへの苛立ちから、GRU陣営に内通者を疑い始める。手始めとして、スネークに鍵を渡したグラーニン（ヴォルギンは鍵のことを知る由もないが）を、電撃を用いた攻撃で殺してしまう。これを見たオセロットは「やりすぎだ」と言い、ヴォルギンに楯突くようになる。
変装を施し、施設内に侵入したスネークはソコロフを見つける。ロケット開発を求めて研究を重ねたはずのソコロフは、いつしか大量殺戮兵器を作らされていることに嫌気を感じ、疲れ果てていた。アメリカに亡命してもなお兵器開発をさせられるのであれば、シベリア送りになる方が良いとまでいうほどであった。そこへ、ヴォルギンが入ってきてしまう。変装を見破られたスネークは、GRUに捕らえられてしまう。ソコロフはシャゴホッドのデータを流出させたことを咎められ、殺されてしまった。
捕らえられたスネークは激しい拷問を受ける。手首を縛られて吊し上げられ、「賢者の遺産」について聞かれ続ける。「賢者の遺産」は、賢者達という組織が保有する資金を洗浄する、つまりマネーロンダリングを行った道筋を詳細に記録したデータのことである。賢者の遺産はそれだけで高い価値があり、軍事力を形成することができるほどの重要性を秘めている。現在はヴォルギンが保有しており、その情報をアメリカが狙っている、そのためにスネークが潜入していると考えている。

そこへザ・ボスがやってくる。口を割らないスネークと、アメリカからの亡命ということでザ・ボスに疑いを持ったヴォルギンは、ザ・ボスにスネークの目を抉るよう指示する。最初は拒んだザ・ボスであったが、自身の信頼という点を鑑みてナイフを取り出す。その目には躊躇いや悲しみが現れていた。

ナイフを取り出したザ・ボスであったが、スネークの目にナイフを近づけると、泣き崩れたEVA（GRU陣営ではターニャ）がそれを止めようと腕にしがみつく。ここでオセロットが、立場の弱いEVAが拷問の邪魔をしたことを咎め、ロシアンルーレットを行う。このままでは重要人物であるEVAが殺されてしまうと考えたスネークは、体を振り子のようにゆらし、オセロットを妨害する。ここで体制を崩したオセロットの撃った弾が、スネークの右目を抉り取ってしまう。皮肉なことに、結果としてスネークは片目の視力を失ってしまう。興醒めしたヴォルギンは、スネークを監獄に入れておくよう指示する。薄れゆく意識の中で、ザ・ボスが自身の腹部の傷口に何かをねじ込んだのを感じた。
気がつくとスネークは監獄の中で横たわっていた。見張りの兵士が一人、牢の前にいる。最後の記憶であるザ・ボスの行動を思い出し、手元にあったフォークで傷口を抉る。すると、一つの錠剤が出てきた。スネークはこの錠剤に見覚えがあった。FOX部隊に渡される、仮死薬であった。スネークは、ザ・ボスの行動に混乱したが、ひとまず監獄を出ることにした。

仮死薬を用いて自身を一度仮死状態にし、隙を見て奥歯に仕込まれた蘇生薬をかみつぶす。心配して牢を開けた兵士、ジョニーを無力化し、監獄から脱走する。ジョニーに関してであるが、牢にいる間彼と話をすることができる。彼はシリーズ通しての名脇役であり、ユーモアのあるキャラクターである。また、獄中でパラメディックの無線上でイベントを起こすと、自身がヴァンパイアとなるミニゲームを遊ぶことができる。これはスネークがヴァンパイアをひどく嫌うことから、夢に出てきてしまったらしい。ストーリーとは離れた部分ではあるが、ぜひ一度遊んでみて欲しい。
監獄から脱出したスネークであるが、それに気がついたオセロットに崖へと追い詰められてしまう。スネークは何百メートルもある谷底へ決死のダイブをする。
緩やかに流れる下流まで流されたスネークは、コブラ部隊の一人であるザ・ソローに襲い掛かられてしまう。ザ・ソローは霊能力を持つ兵士で、使者との会話や死体からの情報読み取りで諜報を行う兵士であった。ザ・ソローの能力で幻視空間に引き摺り込まれたスネークは、為すすべなく力尽きてしまう。何とか意識を取り戻したスネークは岸に打ち上げられていた。谷底へのダイブからずっと意識不明だったようだ。ザ・ソローのことが単なる夢のように思えず、無線を介してゼロ少佐に質問する。すると、ザ・ソローが2年前に死んでいたことを知る。ザ・ソローはザ・ボスと愛し合っており、二人の間には子供もいた。しかし、冷戦により二人の関係が引き裂かれる。アメリカからザ・ソローの暗殺任務を受けたザ・ボスは、自分の手で愛する人間を殺したという。ちなみに、二人の子供というのがオセロットである。しかし、オセロットは生まれてすぐに誘拐され、ヴォルギンのもとで育っている。
再びEVAと連絡を取り、下流の洞窟で合流する。ひとときの休息をとり、服を乾かし、食料をとる。スネークは蛇を焼いて食べる際、日本では魚を生で食べることを知り、「サバイバルな国だな」と言及している。お互い様である。
ソコロフは殺されてしまったため、残る任務は「シャゴホッドの破壊」「ザ・ボスの暗殺」となった。EVAの盗み出してきたC3爆弾を用いてシャゴホッドを壊し、その後湖に隠した飛行艇で脱出する計画を立てる。
EVAと解散し、スネークは再び任務に戻る。片目で銃を撃つことにも慣れてきたスネークは、手際良くC3爆弾を設置する。そこへヴォルギン、オセロット、そしてEVAが現れる。EVAは、地下金庫から「賢者の遺産」を盗み出そうとして見つかったらしい。激昂するヴォルギンのところへ、ザ・ボスがやってくる。ヴォルギンはボスに賢者の遺産を渡し、安全な場所で保管するように命令する。それを受け取ったボスは「この女は私が始末する」と言い残し、EVAを連れて去っていった。
オセロット、ヴォルギンはスネークを始末しようとする。オセロットはスネークとの一騎討ちを求めるが、ヴォルギンは受け入れない。お互いに銃弾を向け合うところまで行って、オセロットが引き下がる。ヴォルギンとスネークの一騎討ちが始まる。しかし卑怯なことに、自分が劣勢であるヴォルギンは、オセロットに助けを求める。しかし、スネークを敬愛するオセロットはその頼みを拒む。

C3爆弾が見つかり、爆発寸前のところでヴォルギンを制したスネークは、EVAの運転するバイクに乗って脱出する。

難を逃れたのも束の間、爆走するシャゴホッドが目に入る。爆弾で破壊し切ることができなかったのだ。操縦しているのは瀕死のヴォルギン。死に物狂いで追ってくるヴォルギンを、EVAと協力して殺害、シャゴホッドも破壊した。
その後も迫る追手から逃げる途中、事故を起こして二人は森の中に投げ出されてしまう。バイクに乗る時に荷物を身につけることを嫌うEVAは、腹部に大きな枝が貫通する大怪我を負ってしまう。それでも湖まで歩き続け、必死の思いで到着する。広がる白い花畑に差し掛かったあたりで、スネークは腹を決める。EVAを先に飛行艇へ向かわせ、一人でザ・ボスの元へ向かう。広がるオオアマナの中央に彼女、ザ・ボスがいた。

コブラ部隊でのコードネームはザ・ジョイ。至上の喜びという異名を持つ彼女は、特殊部隊の母と呼ばれるほどの伝説の兵士である。愛銃は「パトリオット」。世界に二つとない武器であり、これを片手で扱うというだけで彼女の技能の高さを知ることができる。
ザ・ボスは時代に翻弄された悲しい兵士であった。生まれ、恋人、子供、生き様、全てが不運な、独力で生きてきた一人の人間としての歴史を背負っていた。伝説の兵士の幕引きが始まる。

最期の時、オオアマナの絨毯に横たわるザ・ボスは「こんなに自分のことを話したのは初めて…嬉しい。ありがとう、黙って聞いてくれて…」と昔を懐かしむように語る。
「私はお前を愛し、育てた。武器を与え、技術を教え、知恵を授けた。もう私から与えるものは何も無い…。生き残ったものが跡を告ぐ。私の命を奪え。ボスはふたりもいらない。蛇はひとりでいい…」とザ・ボスは賢者の遺産をスネークに渡し、引導をとらせる。スネークは立ち上がり、ザ・ボスに銃口を向ける。永遠とも一瞬と思われる静寂が流れる。
一発の銃声が響き渡る。呼応するように、真っ白なオオアマナが真紅に染まる。
ザ・ボスの死を想いながらスネークは飛行艇へ向かう。ソ連を脱出するため飛行艇を発進させるEVA。そこへ強引にオセロットが乗り込んでくる。オセロットはリボルバーを用いた一騎討ちを申し出る。一騎討ちに勝利したスネークであったが、オセロットを撃つことはしなかった。幾度もの戦いを重ねた二人の間には、何よりも強い友情が芽生えていた。「楽しかった」そう一言残して、満足そうな笑みとともに機体から飛び降りていった。スネークとEVAは重いハンドルを引き、やっと機体を持ち上げ空へ飛び立った。無事、二人でアラスカまで逃げ延びることができた。
二人だけのアラスカ基地。ワインで乾杯しながら、スネークはEVAを、ともにアメリカに戻るよう説得した。しかしEVAは首を振り、自国へ戻ることを告げた。そして、酔いの回った二人は愛を深め合う。呼び出しの鳴る無線機を暖炉に投げ込み、二人だけの空間、時間を満たした。
そして朝、絨毯の上で目覚めたスネークに対して、EVAの姿はなかった。ボスから預かった賢者の遺産は見当たらず、代わりのようにテーブル上のテープレコーダーにEVAの声が吹き込まれていた。
それにより、EVAは中国のスパイだったことが明らかになる。KGBのスパイとして潜り込み、EVAになりすましたのだ。彼女の任務は賢者の遺産とシャゴホッドのデータの奪取。本当はスネークの抹殺も任務に含まれていたが、ボスとの約束がありそれはできなかった。EVAはボスが教官を務めていたスパイ養成施設の出身だったのである。
そしてさらにボスは裏切者ではなく、任務を遂行しただけだったことを告げる。ボスの任務はコブラ部隊に合流し、賢者の遺産を奪取することだった。つまりザ・ボスの亡命はアメリカ政府が仕組んだ偽装亡命だったのだ。しかしボスが持って行った小型核砲弾をヴォルギン大佐が撃ち込んだことにより作戦が狂ってしまい、修正を余儀なくされた。
「EVA」として任務を遂行した中国の女スパイは、テープレコーダー越しにも顔つきがわかるような悲壮な、泣きじゃくった声でこの真実を語った。

アメリカに戻ったスネークは、全面核戦争を回避するため任務を遂行した者、そして国家の離反者を罰した英雄として迎えられた。アメリカ大統領からの表彰を受け、亡命によって汚された「ザ・ボス」を超える「ビッグ・ボス」としてボスの名を受け継いだ。
作戦が狂った後、ボスに課せられた任務はスネークに殺されることだった。アメリカでは恥知らずの売国奴、ソ連では核兵器を撃ち込んだ凶人という汚名を着せられたまま葬り去られることが、彼女の最後の任務だった。

ボスの称号を受けるスネークは、フラッシュに囲まれながら大統領に握手を求められる。手を取らないスネークに、場に緊張感が走る。ようやくスネークは大統領の手をとった。しかし、周囲を取り巻く関係者には一瞥もせず、大統領室を出た。スネークのせめてもの抵抗だった。

EVAはレコーダーで「あなたにだけは真実を伝えたかったのだと思う…！自分の口で言うことは禁じられていた、だから私に真実を託した…全ては国のため、祖国のため、名誉も命も捧げた…。彼女こそが英雄よ」と語っていた。
スネークはザ・ボスの墓標の前に立った。裏切り者として、歴史に泥を塗ったものとして扱われる彼女の墓標は、小さく簡素であった。スネークは彼女の愛用した銃「パトリオット」とオオアマナの花束を捧げた。そして、いつまでも、涙が枯れるまで敬礼を続けていた。

『メタルギアソリッド3 スネークイーター』のゲームシステム

『メタルギアシリーズ』の醍醐味は「ステルスアクション」というシステムである。実は、この発想には「技術の限界」が関係していた。『メタルギアシリーズ』第1作目『メタルギア』をプレイする機械はMSX2である。しかし、MSX2は「激しく動く描写」に限界があった。これは迫力のあるアクションゲームを作るにあたり致命的な欠点である。そこで、小島監督の「戦闘シーンが少ないゲームを作れば良い」という発想のもと、この「ステルスアクション」が生み出されることになった。
ステルスアクションの良さは「緊張感や焦燥感」にある。敵に発見されないよう慎重に行動する一方、大胆に走り抜けることが必要な場面があるなど、単にボタンを連打するだけのゲームでは味わえない感覚を感じることができる。このシステムが、いわゆる「やり込み要素」を実現している。
『メタルギアシリーズ』はステルスアクションを元に作られているが、一つ一つ異なる細かいシステムも存在する。

カムフラージュ

ステルスアクションを支える重要な要素が、この「カムフラージュ」である。『MGS3』においてカムフラージュをあげるために変更する点は、「フェイスペイント」と「迷彩服」である。どちらも初めから複数個の選択肢があり、潜入地点によって変更することができる。これらの要素はムービーに登場するスネークの外見にも影響を与える。クリア後の報酬や特定の条件を満たすことで手に入れられるユニークな服を着ると、風変わりなムービーを楽しむことができる。

サバイバル

ネイキッド・スネークのコードネームが与えられるように、スネークは最低限の装備で潜入を行うこととなる。武器や弾薬だけでなく、食料、変装用の服などの現地調達を求められる。裸（ネイキッド）で潜入するスネークにとって、自身のサバイバルスキルは生命線となる。
健康状態を保つのもサバイバルの一部であり、『MGS3』では各部位の怪我を治療することを求められる。骨折、炎症などに対して当て木などのアイテムを用いて治療することになる。ダメージが無条件で回復しない、怪我のポイントが表示されるという点も、『メタルギア』のサバイバルにリアリティをもたらしている。
サバイバルといえば、食料である。『MGS3』のジャングルにはさまざまな食材が生息している。蛇やカエル、そしてワニまでを食材としていただくことができる。それぞれにスタミナ回復量が決められているが、その回復量は「味」できまる。「食えたもんじゃない！」というものから「なかなかいけるな」「うまい！」など、それぞれの食材でスネークの反応を楽しむことができる。しかし、ジャングルには危険なものも存在する。毒を持つものも多く、食事の際には注意が必要だ。

無線

キャラクターのリアルな人物像を垣間見ることができるのが、このシステム「無線」である。無線では、ヴァーチャスミッションから連絡を取れるゼロ少佐、パラメディック、そしてザ・ボス、スネークイーター作戦からはシギントを追加される。この無線を通した隠し要素も多く、さまざまな場面で無線連絡をしてみると面白い。
任務に関連することから、趣味、歴史、人物像、そして喫煙の有無までを窺い知ることができる。二週目以降の迷彩服であるタキシード（カムフラージュ率が著しく下がる）を着て無線連絡をすると、スネークの容姿に関する感想を聞くことなどもできる。

エンドコンテンツ

『メタルギアシリーズ』を通して愛される一つの要素が、エンドコンテンツの豊富さである。入手難易度の高い「ステルス迷彩」をはじめ、「無限フェイスペイント」「EZ GUN」は、いわゆる「無双ゲー」を可能にするアイテムだ。また、各ボスごとに隠された迷彩服を入手することもできる。『メタルギアシリーズ』はトロフィーコンプリートの難易度が異様に高く、何周もすることで技術を高めた玄人のみが得られる称号となっている。単にストーリーを楽しむだけでなく、ノーキルノーアラート（一人も殺さず、一度も見つからずにクリア）やタイムアタックに挑戦してみるなどの楽しみ方ができる。

『メタルギアソリッド3 スネークイーター』の登場人物・キャラクター

壮大なストーリーをもつ『メタルギアシリーズ』であるが、その完成度を支えるのが登場人物のキャラクター、すなわち個性である。各人物は生年月日から出生、生い立ちなど細かく設定されている。また、話し方や性格、人間関係までもが詳細に映し出される。
無線システムの単なる会話の発言、スネークへの接し方、スネークの返答などから、隠された背景を窺い知ることができる。

ネイキッド・スネーク

言わずと知れた、今作の主人公である。本名は「ジョン」。ザ・ボスやゼロからは「ジャック」の愛称で親しまれていた。混同しがちではあるが、ソリッド・スネークとは別人である。『メタルギアシリーズ』のストーリーの、その戦いを産んだ人間とも言える。
元はアメリカ軍の従順な兵士であった。コロンビアの戦場にてザ・ボスと出会い、二人でCQC（近接戦闘術）を完成させる。米国のビキニ環礁における水爆実験に巻き込まれ、被爆。生殖機能を失うこととなる。ザ・ボスが姿を消したのち、グリーンベレーに入隊。祖国のために命を捧げる。その後、ゼロ少佐と特殊部隊「FOX」を設立し、今回のミッション「ヴァーチャスミッション」を行うこととなる。
ヘビースモーカーであり、HALO降下直前まで葉巻を吸い、最低限の装備の中にも葉巻を忍ばせるほどである。あまり映画等は見ないが、ヴァンパイアが大の苦手。悪夢を見てしまうことも。怪我の治癒速度が常人ではなく、戦うために生まれてきたと言っても過言ではない。EVAとの絡みでは淡白な態度をとっているが、初対面の際は胸に釘付けになる一面も見せる。