ワイルドアームズ（WA）のネタバレ解説・考察まとめ

『ワイルドアームズ』の概要

『ワイルドアームズ（WILD ARMS）』は、1996年12月20日にソニー・コンピュータエンタテインメント（SCE）より発売されたPlayStation用のゲームソフト。通称「口笛と荒野のRPG」と呼ばれる『ワイルドアームズ』シリーズの第一作目でナンバリングとしての略称は「1st」。トータルデザイン＆シナリオは金子彰史、音楽はなるけみちこが担当。
SFとファンタジーに、従来のRPGではあまり見られなかった荒野と西部劇の要素を融合させた世界観と、当時の最先端表現だったポリゴン描写が売りとなっていた。本作は同じくSCEよりリリースされた『アークザラッド2』、『ポポロクロイス物語』と並ぶ「SCE三大RPG」の1つとして発表されていた。

西部劇要素を前面に出しながらも王道的に描かれたシナリオや、テキストの濃さや独特なセリフ回しで濃密に描写されたキャラクター達、世界観や雰囲気に合わせた音楽などが高く評価され、多くのユーザー達から支持を集めた。
本作は、アウトフィールド、町やダンジョンなどのインフィールド、コマンド入力式のターン性バトルからなるスタンダードなRPGとなっているが、各キャラクターが持つグッズを使った謎解きや仕掛けの多彩さ、キャラクターのパラメータを調整できる装備品など、本作ならではの特徴的な要素も多い。

また、本編に登場するボスより遥かに強い隠しボスとのバトルや、ゲーム内ではそれと無く触れられているものの、明確には描写されない多くの裏設定など、ストーリー以外でも様々な面で楽しめる要素があるのも魅力となっている。

物語の舞台となるのは、万物を司る巨大な意志体「守護獣（ガーディアン）」によって支えられた惑星「ファルガイア」。かつては自然豊かな環境で、高度なテクノロジーが存在していたが、異世界からの侵略者「魔族」との戦いが原因で守護獣が衰退し、ファルガイアは荒廃化してしまう。大地は徐々に荒野化していき、テクノロジーもほとんど失われた時代に物語は展開していく。

かつて存在した数々の国は滅び町は分断され、荒野には「魔獣（モンスター）」が生息するようになったことで、多くの人々は自分の町や村を出ることなく生活を送っているが、そんな危険な荒野をあえて旅する冒険者達が存在しており、人は彼らを「渡り鳥」と呼んだ。

自分の居場所を求めて旅をする天涯孤独の少年ロディ。復讐のため世界のどこかに存在する「絶対たる力」を求めて旅をする渡り鳥ザック。守護獣と交信する巫女の素質を持ち、高貴な立場故の孤独感を胸に抱く公女セシリア。偶然出会った3人が、現代に蘇り再びファルガイアを侵略するために行動を始めた魔族の襲撃を受けたことで、ファルガイアの命運を巡る物語が始まる。

『ワイルドアームズ』のあらすじ・ストーリー

プロローグ

ひとり旅の少年：ロディ編

大地から緑が失われ、ゆっくりとだが確実に荒廃化が進む惑星「ファルガイア」。そんなファルガイアの荒野を旅する「渡り鳥」と呼ばれる冒険者の1人である心優しき少年「ロディ・ラグナイト」は、「サーフ村」という村に滞在し、村人達の仕事を手伝っていた。その仕事ぶりから村人や村長から気に入られていたロディだが、彼に懐いていた村の子供「トニー」が、危険な「魔獣（モンスター）」が生息する洞窟「ベリーケイブ」に入っていったという知らせを受ける。

村人達に代わってトニーを探すために洞窟に入ることにしたロディ。洞窟を進み、ようやくトニーを見つけたロディは、洞窟に入った理由をトニーに聞く。彼の父親は大きな怪我を負っており、その怪我を治すために洞窟の奥にある薬草「ホーリーベリー」を取りに来たとのこと。事情を聞いたロディは、トニーに協力することを決める。洞窟の最奥まで進んだロディは、そこでホーリーベリーを手に入れ、トニーを連れて入口まで戻り始める。しかし突如地震が発生し、洞窟のみならず周辺でも大きな揺れが起きていた。

驚きつつも2人は洞窟の入口まで戻ると、そこには2人を心配した村人達が集まっていた。ロディのおかげでトニーが無事に帰ってこれたと村人達が褒め称えていた時、洞窟の奥から巨大な魔獣「ロッティングビースト」が現れる。
この魔獣は過去にサーフ村周辺を恐怖に陥れた存在で、ホーリーベリーによって洞窟の奥に封印されていたのだが、そのホーリーベリーを採ってきたことで封印が解かれてしまったのだ。ロディ達を襲った地震はこの封印が解かれた時の余波で発生したものである。

村人達を守るために、ロディは「ARM」と呼ばれる武器を使い魔獣と戦い、辛くも勝利を収める。ロディが魔獣を倒したことに喜ぶトニーだったが、他の村人達はそれまでの態度から一変し、ロディに対して恐れを抱き始めていた。
彼が使ったARMとは、禁じられた力として伝承に残されており、ARMを意のままに操るロディの姿は、サーフ村のような小さな村に住む人々にとって、災いをもたらす存在に見えてしまっていたのだ。
口々にロディを責め立てる村人達を村長は落ち着かせ一旦は村に帰ったが、村長を含めた村人達は既に恩人であるはずのロディのことを危険な存在としか認識しておらず、彼を村から追い出すような形で出て行かせたのだった。

トレジャーハンター：ザック編

遺跡発掘専門のトレジャーハンターである渡り鳥「ザック・ヴァン・ブレイス」は、自称知性派の亜精霊カゼネズミの「ハンペン」とともに、「記憶の遺跡」と呼ばれるダンジョンを訪れていた。
ザックの目的は、世界のどこかに存在すると言われる「絶対たる力」であり、その手がかりを求めて仕入れた情報をもとに遺跡に辿り着いたが、ハンペンによれば記憶の遺跡は有名な場所で、目ぼしいものは既に先客に荒らされて枯れた遺跡と化しているとのこと。それでも「絶対たる力」の手がかりぐらいはあるのではないかと、遺跡を探索することにしたザックは遺跡の中にある数多くのトラップをかいくぐり先へ進む。

遺跡内に生息する魔獣を「早撃ち」という居合い抜きに似た剣術を駆使して討伐して行き、ハンペンの協力を得ながら罠を突破して遺跡の奥まで進んだザックは、偶然にも立体映像機が設置された部屋に辿り着いた。
装置を起動してみると、そこには「エルゥ」と呼ばれる亜人種が映し出されていた。

ハンペン曰く、エルゥははるか昔にファルガイアに存在していた長寿種族で、魔法を応用した技術に優れていたとのこと。するとザックの脳内に映像に映し出されたエルゥが語り始めた。「リリティアを求めることなかれ。リリティアの凍れる吐息。凍てつく掌。全ては破壊のみに振るわれる力。棺に収めしリリティアを求めることなかれ。『光ある地』に封じられしリリティアを求めることなかれ。それは滅びを導く鼓動にして絶対たる破壊の力…」と告げると映像は途切れた。

「絶対たる破壊の力」という言葉に惹かれたザックは、「光ある地」がどこにあるのかをハンペンに尋ねる。ハンペンによれば、「アーデルハイド」という国が古い言葉で「光」を意味しており、何か関係があるかもしれないとのこと。アーデルハイドが記憶の遺跡からそう遠くない場所にあると知ったザックは、「リリティア」を求めて遺跡を後にするのだった。

修道院の少女：セシリア編

代々アーデルハイド公国の公女が学び舎とする「クラン修道院」で紋章魔法を学ぶ生活を送っていたアーデルハイドの公女セシリアは、ある日不思議な夢を見る。その夢で聞こえた声は、セシリアを「守護獣の巫女」と呼び、「我を解き放て…我が力は、魔獣と共に本の中に…」と告げて消えていく。その後、友人から叩き起こされ目を覚ましたセシリアは、授業中に居眠りをしていたことを思い出した。

その日はセシリアが17歳の誕生日を迎えた日であり、近いうちにアーデルハイドに帰ることになっていたが、皆に挨拶は済ませたのかと友人に聞かれたセシリアは、まだしてなかったことを思い出し挨拶に回ることにした。途中、散らかった本の片付けを手伝うことになったセシリアは時間を少しだけ戻せる魔法の時計「かいちゅうどけい」を使って本を片付ける。しかし一冊だけ片付いていない本を見つけ、その本に触れた途端、本から夢の中で聞いた声と同じ声が響き、「封印図書館」という言葉を告げた。

封印図書館という言葉が気になったセシリアは、修道女の「シスター・マリー」を訪ねる。彼女によれば、古来より禁断とされた魔道書を数多く封印してきた秘密の図書館が封印図書館であり、それが修道院のどこに隠されているのかを教えることはできないとのこと。その声の主は恐らく「守護獣」であり、守護獣の巫女として導かれたセシリア自身の手で封印図書館への扉を探すことが、守護獣の巫女として乗り越えるべき試練なのだと、シスター・マリーから助言を受けたセシリアは、封印図書館へ行くための扉を探すことにする。

修道院のあちこちを調べていくと、封印図書館へ行く扉はアーデルハイドの王家に代々伝わる秘宝で、セシリアの母の形見でもある「涙のかけら」が鍵となることを知る。
「涙のかけら」で扉を開き、封印図書館へ足を踏み入れたセシリアは、その奥で「ネルガルの書」という魔道書に封印された水の守護獣「シトゥルダーク」と出会う。そのシトゥルダークこそ、セシリアが夢で聞いた声の主であり、ネルガルの書から実体化した魔獣を倒したセシリアはシトゥルダークの封印を解く。するとシトゥルダークから、ファルガイアに再び危機が訪れようとしていること、すべては死せる「リリティア」から動き出そうとしていることを告げられる。

シトゥルダークの力が込められた小さな石板「パワープレート」を手に入れたセシリアは、リリティアというのが何を意味するのかと疑問を抱き封印図書館を後にする。再びクラン修道院に戻るとシスター・マリーが待っていた。彼女から、古来よりアーデルハイドの血を引く女性は世界を支える守護獣と心を交わす巫女であり、そのために大きな運命のもと、辛く苦しい日々を過ごさなければならないこと、これから先背負う運命を分かち合える仲間を見つけるよう助言を受けたセシリアは、守護獣の導きに従うため、修道院を後にし故郷アーデルハイドに帰国するのだった。

3人の出会いと魔族襲撃

ロディ、ザック、セシリアの3人はそれぞれアーデルハイドの城下町に到着した。すると城下町で怪我人を担ぎながらその場で叫ぶ2人の男性を目撃する。どうやら「リリティアの棺」という遺跡の壁が、先日発生した地震の影響で崩れてしまい、魔獣が出現するようになったとのこと。ロディはその地震がベリーケイブで行った自分の行動が原因で発生したものだと思い、ザックとセシリアはリリティアという言葉に興味を持ち、それぞれリリティアの棺に向かい、遺跡を発掘している責任者であり、ARMを研究するアームマイスターの「エマ博士」のもとを訪れる。魔獣の出現に頭を悩ませていたエマは、訪れたロディ達に戦闘経験の無い作業員の代わりに魔獣の退治を依頼する。

3人はそれぞれの目的もあり意気投合し、一時的にパーティを組んで、遺跡の奥へ進んでいった。
魔獣を討伐しながら最奥に辿り着いた3人は、そこで「ゴーレム」と呼ばれる1000年前の大戦で魔族と戦うために使用された巨大な人型兵器を見つける。そのゴーレムの名は「リリティア」。リリティアの棺と呼ばれた遺跡は、その名の通り、リリティアというゴーレムが封印された遺跡だったのだ。「絶対たる力」を求めていたザックは、力の正体がゴーレムであることを知り、自分では扱うことができるはずが無いと落胆する。一先ず遺跡を引き返した一行は、エマのもとへ報告をしに行く。報告を聞いたエマは喜び、リリティアの発掘作業に取り掛かり始める。彼女によれば、翌日アーデルハイドで「古代文明博覧会」が開催され、発掘したリリティアを展示する予定とのこと。依頼の報酬は翌日払うとエマに言われ、報酬の受け取りと博覧会が終わるまで一行はアーデルハイドに滞在することになった。ロディとザックは宿に泊まることにしたが、セシリアは実家がアーデルハイドのお城であるため、「戻らなくてはならない」と言い、その場で別れた。

翌日、アーデルハイドで開催された古代文明博覧会では、発掘されたARMやゴーレムが展示され、会場内は大勢の客で賑わっていた。会場にいたエマから報酬を受け取ったロディ達は展示物を巡っていたところ、会場で子供とはぐれた母親から「迷子の息子を探してほしい」と頼まれる。子供は赤い風船を持っていると聞き、それを目印に子供を見つけたロディ達は、母親のもとに連れて行こうとすると、子供が持っていた赤い風船を手放してしまう。

空に飛んでいく風船を何気なく目で追っていると、突然晴天だったアーデルハイドの上空を雷雲が覆い始める。町や会場にいた人々も空を見上げたその時、空が割れるという信じ難い光景が広がっていた。
次の瞬間、ひび割れた上空から光の剣が人々や大地に降り注ぎ、町や会場は一瞬にして炎の海に包まれた。更に上空から大量の魔物が現れ、人々を襲い始めていた。突然の事態に驚愕しつつも、ロディ達は魔物を倒しながら町を走り回っていると、アーデルハイド城の前でセシリアが魔物に囲まれ襲われていた。魔物を倒し、セシリアと合流したロディ達は、まだ町にいる生存者達を救うために再び町を走り回る。ほとんどの人は既に息絶えてしまっていたが、何とか残っていた生存者を救出し、全員で城へ逃げ込んだ。しばらくすると町に魔族と呼ばれる「ベルセルク」が魔物を率いて現れる。ベルセルクは城に逃げた人間に対して「涙のかけらを渡さなければ城ごと吹き飛ばす」と脅迫をする。涙のかけらの持ち主であるセシリアは、城にいる住民の安全と引き換えに涙のかけらを渡すことを決意する。しかしセシリアの父であるアーデルハイドの国王は、渡してはならないと反対する。国王によると涙のかけらは王家に伝わるただの秘宝ではなく、ファルガイア全土に関わる秘法を行使する「鍵」といえるもので、決して魔族の手に渡してはならないとのこと。それでも住民の命にはかえられないと渡そうとするセシリアに対し、国王はしばらく自室で大人しくしてるよう言い聞かせる。

しかしこれ以上の犠牲を増やしたくないと考えるセシリアは、ロディ達に協力してもらい、城を抜け出すことを決める。城下町へと通じる秘密の抜け道を使い城を抜け出した3人は、ベルセルクと対峙する。涙のかけらを渡せば城や住民にはこれ以上手を出さないと言うベルセルクに、セシリアは涙のかけらを渡す。目的を果たし満足したベルセルクは約束通りそのまま撤収しようとしたが、ザックは「自分の要件はまだ終わっていない」とベルセルクを呼び止める。
ザックはベルセルクの正体が1000年前にファルガイアの侵略を企み、現代に蘇った魔族であることを見抜き、「復讐だッ、そのために俺は今日まで生きてきた」と言い、ベルセルクに挑みかかる。1人で戦うのは危険だとロディとセシリアも加勢するが、ベルセルクの圧倒的な力の前に返り討ちにされてしまう。「復讐でも何でもいいから俺様を楽しませるくらい強くなってみろ」と嘲笑い姿を消すベルセルク。更に、博覧会に展示されていた3体のゴーレムが、配下である魔族達の手によって奪われてしまうのだった。

敗北感に打ちのめされながら城に戻った3人は、住民を避難する際に怪我を負ったことで瀕死の状態となっている国王に涙のかけらを渡してしまったことを謝りながら報告する。「済んだことだ、何も咎めまい。だが奴らはきっと涙のかけらを恐ろしい目的のために用いるに違いない」と言う国王に対して、セシリアは「全ては私の責任です。涙のかけらは必ず取り戻します」と告げる。彼女の言葉に驚く国王と国務大臣のヨハンに「アーデルハイドの再建には城に残ったお金と騎士団が必要不可欠。だけど自分には心強い仲間がいるから、彼らの力を借りればきっと涙のかけらを取り戻せる」と言うセシリア。そしてセシリアはロディとザックに力を貸してほしいと依頼をする。

ロディは快く承諾し、ザックも「魔族を追うことに関してはこっちから願い出たい」と言うが、「姫さんはついてこなくていい、こっから先は王族の道楽じゃないんだ」と同行することを拒絶する。ザックは過去の出来事が原因で王族を信頼しておらず、最初からセシリアの正体が王族だと知っていたらパーティを組むことも無かったと語る。そして城の人間の態度から察しはついていたものの、未だにセシリア自身の口から身分を明かさないことに怒りを感じていたのだ。「自分が王族であることを明かすと誰もがよそよそしくなるのが寂しくなってしまうため、明かすことができなかった」と謝るセシリア。それでもファルガイアを守りたい気持ちに偽りはなく、どうすれば分かってもらえるのかをザックに問うが、ザックは自分の意見を曲げようとしない。するとセシリアはザックに剣を貸してもらうようお願いをする。どういうつもりか知らないがと言いつつザックは剣を貸した時、セシリアは自身の長い髪をその剣で切って見せた。髪が短くなったセシリアは、剣を返しながら「今までの私はあなたの剣が断ち切ってくれました。もう一度お願いします。あなたの力を貸してください」とザックに依頼し、彼女の強い決意に根負けしたザックはようやく依頼を承諾する。
その一部始終を見届けた国王は、「強くなれ、セシリア。自分の大切なものを守れるくらいに…」と言い残し息を引き取る。そして、生き残った人々によって、国王をはじめとする多くの町の犠牲者を弔うための葬儀が行われるのだった。

封印の神像を巡る旅

1週間後、ロディ達は涙のかけらを取り戻す旅に出るために、ヨハン大臣から「ガーディアン神殿」という神殿でガーディアンの助力を得るべきとの助言を得る。ガーディアン神殿が存在する地方へ向かうため、一行は「マウンテンパス」という洞窟を抜け、神殿の近くにある水と緑に恵まれた町「ミラーマ」に辿り着く。町で酒場のマスターが神殿に詳しいとの情報を得て、さっそく酒場へ向かうが、マスターの仕事が一段落するまで、食事をしながら待つことになる。そこでセシリアが焼きそば5人前に加えておかわり数杯分をペロリと平らげるほどの大食いっぷりを発揮するなど、意外な一面を見せる中、仕事が一段落ついたマスターから神殿の話を聞くことに。マスターの父が神殿に仕えていた神官だったこと、神官だけが入ることが許された秘密の部屋が隠されていること、その部屋に入るための暗号を聞き、最後に「しんかんのあかし」というメダルを受け取った一行は、ガーディアン神殿へ向かった。

ガーディアン神殿の仕掛けを解きつつ、奥へと進んだ一行は巨大な鏡が設置された部屋に辿り着く。そこでセシリアはシトゥルダークの声に導かれて鏡の中に入って行った。急いで後を追うロディとザックだったが、気が付くと3人はそれぞれ違う場所に離れ離れになっていた。

3人はそれぞれ1人で奥へ進むことになり、最深部の部屋に辿り着いたが、そこでは1人ひとり異なる出来事が起こっていた。ロディは、サーフ村にいた少年トニーが魔獣に襲われているところに出くわす。咄嗟に魔獣を倒したロディだったが、それを見たトニーはロディに対して「まるで魔獣みたいで怖い」と言う。気が付くとロディの周りをサーフ村の住民が囲んでおり、「お前の居場所はどこにも無い」「よそ者のお前は誰からも受け入れられない」「お前が振るうARMの力はまるで魔族の力だ」など口々にロディを責め立てる。そして視界に入った部屋にある鏡を覗くとそこに映る自分の姿は魔獣と化していたのだった。

ザックが辿り着いた部屋には、剣が突き刺さっていた。手に取ってみると、それは強大な力を秘めた魔剣だった。ザックはこの魔剣こそ自分が求めていた「絶対たる力」だと確信し、復讐をやり遂げることができると喜ぶが、突然手にした魔剣が炎に包まれ消滅してしまう。更に周囲が暗闇に包まれ、一体何が起こったのかと驚くザックの周囲に、自分がよく知る人物達の影が現れる。影達はザックに対して「お前は逃げ出した男、勇気のない男」「お前は仲間を見捨てて逃げた」など口々に責め立てる。ザックは彼らの言葉の意味を理解しているが、自分が本当にやるべきことから目を背けて復讐のための力を求めることに囚われていたのだ。「力を手に入れるまで待ってほしい」と言うザックには一切反応せず消えていく影達。それを見たザックは「待ってくれッ！また、俺ひとり残るのかッ！？」と叫ぶのだった。

他の2人と同様、セシリアも最深部まで進んでいたが、気が付くと周囲の光景がアーデルハイドの城内に変わっていた。驚いているセシリアの前に、ヨハン大臣や城の兵士、国王が姿を現していく。彼らはセシリアに「姫様はアーデルハイドの公女としてのみ価値のあるお方」「城内の人間が誰もあなたを名前で呼ばないことに気づいているでしょう」「自分が愛されていないことは分かっているだろう」などと責め立てる。精神的に追い詰められるセシリアの背後に、髪を切る前のセシリアが現れる。もうひとりのセシリアは「公女としての使命は建前で、あなたは誰かに愛してもらうために危険な旅を申し出た」「旅に出たのも髪を切ったのも、全ては自分のため。あなたは偽善者だわ」「あなた自身も誰も愛していない」と指摘する。「自分のしていることは間違っているのか」とセシリアは耳を塞ぎこんでしまうのだった。

自分達の心の内にあるトラウマを見せられ、打ちのめされた3人は気が付くと同じ部屋に合流しており、彼らの前には3体の守護獣が姿を現していた。「シトゥルダークが巫女と認めた人間と巫女に導かれた戦士が、こんなに弱い心の持ち主なのか」「このような者にファルガイアを託すつもりなのか」と守護獣達はロディ達に落胆していた。守護獣達は3人に幻覚を見せて心の強さを試していたのだった。そして「今の自分達や人間では魔族と戦うにはあまりにも無力だが、今はこの人間達に託すしかないのだ」との結論に達した守護獣達は、ロディ達に魔族が涙のかけらを使って、魔族の盟主「マザー」を復活させようとしていることを教える。そして自分達の残された力をロディ達に託し、魔族の居城「フォトスフィア」へ直接転送させようとしたが、その気配を察知した魔族「ジークフリード」の一撃により失敗に終わる。ならば、マザーの復活だけでも阻止しなければと考えた守護獣達は、マザー復活の阻止をロディ達に託し、一行を封印の地の近くにある集落「バスカー集落」へ転送させるのだった。

マザーの封印に関する情報を求めて、一行はバスカー集落の酋長のもとを訪ねる。酋長はロディ達が訪れることを夢見にて分かっていたらしく、マザーの心臓が3つの神像に封印されていること、魔族の狙いが集落の近くに存在する「霊峰ゼノム山」に祀られた3つの神像のうちの1つを破壊することであることを教える。ゼノム山へ向かった一行は、封印の神像が立つ頂上を目指して登り始める。頂上まで登りきると、そこに以前アーデルハイドで対峙したベルセルクが現れた。一行の目の前で封印の神像を破壊したベルセルクは、配下の魔獣を呼び出し姿を消す。何とか魔獣を撃退するが、神像の1つを破壊されてしまったことでマザーの復活が現実のものとなりつつあることを実感したロディ達は、残りの神像を守ることを改めて決意するのだった。

再びバスカー集落に戻った一行が酋長のもとを訪ねる。酋長も神像が破壊されたことを感じていたとのことで、残り2つの神像が「セント・セントール」と「港町ティムニー」という町にそれぞれ置かれていること、生命エネルギーを転移し、遠く離れた地に一瞬で移動できる装置「エルゥのほこら」を使用するべきとの助言を得る。エルゥのほこらの反応炉を灯すために必要な「キシュムの炎」を酋長から受け取った一行は、エルゥのほこらを使い次なる目的地、セント・セントールへと向かった。

セント・セントールに着くと、その町が結界によって魔獣の侵入から守られていること、町の中央に封印の神像が設置されていることを知る。しかし町の保安官から、近頃セント・セントールでは神隠しが起こっており、神隠しにあった人間は全員「ケイジングタワー」というある恐ろしい魔獣を封じている塔の付近で見つかるという話を聞く。神隠しの真相を解き明かしたい保安官は、一行に事件の調査を依頼する。依頼を引き受けた一行は、保安官から塔に入るための鍵を受け取り、調査へと向かった。

ケイジングタワーの調査を行っていると、そこには魔族「アルハザード」が待ち構えていた。目の前に現れたアルハザードに激しい敵意を向けるザックだったが、気にせずアルハザードは塔の仕掛けを作動させてロディ達の周囲に結界を張り、一行を閉じ込める。「セント・セントールに設置された神像は破壊させてもらいます。町ではちょっとした実験もかねているのでそれまであなた方はここで大人しくしてもらいます」と言いながら、アルハザードは塔に封じられていた魔獣を解き放ち、ロディ達にけしかける。

魔獣を撃退し、急いで町に戻ろうとするロディ達。内側から結界を破壊することができないでいると、そこへ「カラミティー・ジェーン」と呼ばれる渡り鳥の少女「ジェーン・マックスウェル」と彼女の執事である「マクダレン・ハーツ」が現れる。
ジェーンは塔に封じられていた魔獣を倒し、その賞金を狙っていたのだ。しかしロディ達が先に魔獣を倒したことと、結界に閉じ込められている状況を知ったジェーンは、心の中で文句を言いつつも2000ギャラ（「ギャラ」はファルガイアにおける通貨）を払えば出してあげると交換条件を提示し、ロディ達は渋々承諾する。するとジェーンは、結界を張っていた仕掛けを小型の銃の形をしたARMを使い破壊する。
彼女もまたARMの使い手であり、驚くロディ達に自分の名前と地元では姉の次に美人と評判であることを話すと、助けた報酬の代金を受け取り去っていった。

セント・セントールに戻った一行は、町の結界が破壊され、住民が誰ひとりとして居ない代わりに魔獣で溢れかえった町の惨状を目の当たりにする。既に封印の神像は破壊されてしまっており、2つ目の封印を守れなかった一行は、セント・セントールで発生した現象に疑問を抱きつつ、最後の封印の神像がある港町ティムニーを目指して、新たなエルゥのほこらへと向かった。

港町ティムニーに辿り着いた一行は、町の酒場で頭を抱えている「スィートキャンディー号」の船長「バーソロミュー」を見かける。話を聞くと、彼は別の船の船長でライバル関係となっている「ドレック」に見栄を張って「自分はモテて困っている」と嘘を言ってしまい、そこから恋人もいないのに「婚約者がいて今度結婚式を挙げる」と話をややこしくしたところ、船乗りの間で婚約の証となっている「水晶の花」を取ってくることになったという。何でも水晶の花は北にある遺跡「壊死の迷宮」に咲いているとのことで、バーソロミューは幽霊が多く出現するという噂がある遺跡から水晶の花を取ってこれるわけがないと悩んでおり、「最近ツイてないのは変な神像を手に入れてからだ」と口にする。バーソロミューが言った神像が封印の神像だと確信し、彼に代わって水晶の花を取ってくれば神像に近づくチャンスがあると感じたロディ達は、水晶の花を取りに行くことに。

壊死の迷宮で水晶の花を取ってきた一行は、早速バーソロミューに渡す。喜ぶバーソロミューの前にドレックが現れると、バーソロミューは水晶の花を手に入れたことを自慢するが、「水晶の花を持っていても婚約者がいなければ意味が無い」とドレックに指摘され、またもカっとなってしまったバーソロミューは、ちょうど隣にいたセシリアの腕を掴み、「婚約の相手ならここにいるだろ」と言ってしまう。突然の行動に驚く一行と大笑いするドレック。そしてドレックは「すぐにでも式を挙げよう、明日が結婚式だ」と言い残しその場を去っていった。
またやってしまったと後悔するバーソロミューに困惑しながら「自分達には大事な使命があるから…」と話しかけるセシリアだが、「今こそドレックを欺く偽装結婚式をやるしかないッ！」と立ち上がったバーソロミューは、一行を自分の船であるスィートキャンディー号へ案内した。船に案内された後もバーソロミューを睨むセシリアだったが、神像に近づけるチャンスだと思い仕方なく偽装結婚式の相手役を引き受けることにした。翌日、スィートキャンディー号で始まった結婚式は順調に進み、式が終わりに差し掛かりそうになったその時、緑色の髪とオレンジ色のマフラーが特徴的な魔族「ゼット」が出現する。封印の神像を破壊しに来たと言うゼットに船内は混乱状態となるが、一行によりゼットは見事撃退される。何とか神像を守れたと安心する一行だったが、今度は新たな魔族「レディ・ハーケン」が現れる。先ほどのゼットがおとりだったと理解したザックは、ハーケンに剣を振るうも、一蹴されてしまう。自分と同じ早撃ちの技を使うハーケンに困惑するザックを横目に、ハーケンは神像を一瞬で破壊し姿を消した。

最後の封印の神像まで壊されてしまい、マザー復活を阻止できなかったが、ファルガイアを守るため涙のかけらを取り戻し、マザーを討伐することを新たに決意した一行は、魔族の居城フォトスフィアを目指して再び旅立つのだった。

その頃、フォトスフィアでは「ナイトクォーターズ」と呼ばれる4人の魔族の幹部、ジークフリード、ベルセルク、アルハザード、レディ・ハーケンが集まっており、彼らの目の前で遂に魔族の盟主マザーが復活を遂げる。復活したマザーはファルガイアを破壊するために行動するよう命令をするが、ナイトクォーターズのリーダー格であるジークフリードは、自分達の故郷であった「魔星ヒアデス」の代わりとなるファルガイアを第二の故郷として支配するために行動していたのではないのかと問いただす。しかしマザーは、「あの頃はお前達が生まれたばっかりだったから知らないのも無理はないが、ヒアデスを滅ぼしたのも自分である」と語る。自分達の故郷を滅ぼしたのがマザーであることを知ったジークフリードは「では、ファルガイアを滅ぼした後は我らはどうなるのか」と更に問うが、「いずれはお前達も自分が喰らってやる、母である自分がお前たちの命を喰うというこれ以上の幸せはあるまい」とマザーはあっさり告げたのだった。

マザー討伐を目指して

一行はフォトスフィアがある北の大陸「アークティカ」の地へ向かうことができる船を探すために、「船の墓場ヤード」という町へ辿り着く。船を待つ間、一行は町に住む「ダン」という男から、自分が渡り鳥だった頃に妻と挑んだ遺跡から、妻の形見を見つけてほしいという依頼を引き受ける。どうにか見つけることができた形見のブレスレットをダンへ届けると、ダンは「あの頃の自分は『勇気』と『無謀』を取り違えていた」「本当に守りたいもののために、今の自分を超えるために振るう力こそ『勇気』と言えるのではないか」と語る。彼の言葉に何か思うところがあったのか、ザックの心の中に今まで気付かなかった「勇気」の側面が刻み込まれていた。

依頼を完了した後、ヤードの波止場に交易船が来たとの知らせを聞き、向かってみるとそこにはスィートキャンディー号が到着しており、一行はバーソロミューと再会を果たす。話を聞いてみると、商売の途中で港に立ち寄ったところ、幽霊船の騒ぎに巻き込まれてしまって困っており、幽霊船を退治してほしいとのこと。バーソロミューからの依頼を受け、幽霊船の魔物を退治した一行は、バーソロミューからのお礼により、彼の船を自由に使わせてもらうようになった。こうして内海を自由に行き来できるようになった一行は、旅の道中、裕福な人々が住む町「タウン・ロゼッタ」に立ち寄る。

住民の話を聞くと、タウン・ロゼッタの町長が病で倒れてしまい、その原因は何十年も町外れの小屋に住んでいるエルゥの少女「マリエル」の呪いによるものだという。町外れの小屋を訪ねると、一行はマリエルと会う。マリエルがファルガイアに残った最後のエルゥであること、ファルガイアの大地に償いをするために花を咲かせようとしているという話を彼女から聞いていると、町の子供達がマリエルの畑を荒らしにやってくる。マリエルを庇い子供達を追い払うと、彼女から「町長の病気が『仙草アルニム』という薬草を使えば簡単に治ると知っていたが、近づけば酷いことをされるんじゃないかと思いずっと黙っていた」ことを告げられる。話を聞いた一行は、マリエルと一緒に薬草が咲いている「聖森の塚」に向かう。薬草を見つけると、後ろからつけてきた町の子供達が現れる。塚の花を荒らそうとする子供達にマリエルは抵抗すると、子供達の1人がマリエルを突き飛ばしてしまう。それを見たロディは突き飛ばした子供を叩く。
「町長の息子であるオレを殴りやがったな」と喚く子供だったが、「マリエルはお前の親父のために薬草を摘みに来たんだ」と告げるザックとセシリアに悪態をつきながら去っていった。「今まで優しくされたことがなかったからどうしていいのか分からない」と言うマリエルにロディは咲いていた薬草を手渡す。それを受け取ったマリエルは、ロディ達とともに町長のもとへ行き薬草を手渡した。「そのエルゥが自分に呪いをかけたとの噂があるのに、病気を治すための薬草を持ってきたことを信じろというのか」と戸惑う町長に「この子がどんな思いで薬草を採ってきたかを聞いてみるといいわ」と話すセシリア。町長の家を出ると、マリエルは「自分も変われる気がする」と言い残し、1人で小屋へと帰っていった。

マリエルと別れ、町を出発しようとしていたところ、以前ケイジングタワーで出会ったジェーンとマクダレンと再会し、儲け話があると話しかけられる。どうやらここ最近、1000年前の大戦に使われた伝説の魔剣「ガーディアンブレード」が、内海の小島に建つ古代遺跡「ヴォルカノントラップ」で封印されているとの噂が流れ始めたとのこと。何故今頃そんな噂が流れ始めたのかは気になるが、ガーディアンブレードには興味は無く、遺跡の奥にあるお宝が目当てのため、一緒に手を組まないか相談に来たと語るジェーン。一行はその依頼を受け、ジェーン達とともにヴォルカノントラップへと向かった。

遺跡に入り奥に進んでいくと、大量の宝が置かれた宝物庫を見つける。目的の場所に着いたジェーンと一旦二手に別れ、一行はガーディアンブレードを探して更に遺跡の探索を続ける。すると、行き止まりとなっている部屋を見つけるが、突然壁を壊して以前戦った魔族ゼットが現れる。再び対峙するが、今回も勝利を収めると、捨て台詞を残してゼットは立ち去って行った。その後最深部へ進むと、そこにはベルセルクが待ち受けていた。実はガーディアンブレードの情報は、ロディ達をおびき出すために流した罠であり、本物のガーディアンブレードは1000年前の大戦時に消滅していたのだ。ベルセルクは遺跡に設置されたエネルギー増幅装置を利用して自身を強化し、ロディ達を完全に倒そうとするが、突然増幅装置が本来とは正反対の挙動を起こし、ベルセルクからエネルギーを吸収し始める。実はエネルギー増幅装置は、お宝があった部屋に設置されていたのだが、偶然ジェーンが怪しいという理由で壊していたのだ。本来の力が発揮できず、弱体化してしまうベルセルクだったが、ナイトクォーターズの1人として、残った力でロディ達に戦いを挑む。しかし弱体化の影響は大きく、激闘の末、ベルセルクは敗北し、その場から姿を消した。何とか逃げ出すことができたベルセルクは、謎の魔族によって殺されていた。その魔族はベルセルクを倒した人間であるロディ達に「自分と同じ高みに登ってくるがいい」と呟き去っていった。ベルセルクを倒してジェーンと合流するロディ達だったが、増幅装置を破壊したことが原因となり遺跡が崩壊し始める。入口に向かって走っている途中、ジェーンが揺れによって転んでしまう。転んだ拍子にお宝を落としてしまった彼女は慌てて拾い集めていると、頭上から瓦礫が落下してくる。それを見たロディは咄嗟にジェーンを庇い、彼女を救出する。助けられた代わりにお宝が瓦礫に潰されたことで文句を言うジェーンだったが、「あの状況ではお嬢様が潰されてた」と言うマクダレンの言葉で冷静になり、改めて助けてくれたロディにお礼の言葉を呟いたのだった。

一方、ベルセルクが倒されたことを知ったナイトクォーターズが、ベルセルクが抜けた穴をどうにかしようと考えていたところ、マザーは「新たなメンバーを呼び寄せている」と言い1人の魔族を呼ぶ。それはヴォルカノントラップでベルセルクを殺した「ブーメラン」という魔族だった。彼は「同族殺し」「処刑人」など、数々の二つ名を持ち、ジークフリードからは騎士に相応しくないと嫌われていたが、マザーは既にブーメランをナイトクォーターズの新たな一員にすることを決めており、ジークフリードの頼みは聞き入れなかった。マザーの決定には逆らうことができないジークフリードは、仕方なく命令に従った。そしてマザーより守護獣に導かれし人間の始末を命じられたブーメランは、早速行動を開始するのだった。

ジェーン達と別れ、再びアークティカの地を目指して旅を続ける一行は、内海のある島にある「巨人のゆりかご」というダンジョンを探索していた。最深部に辿り着くと、そこには一体のゴーレムが眠っていた。そのゴーレムを何とか自分達の力にできないかと考えるザックに対し、セシリアは「再び戦いのために目覚めさせるのか」と反論するが、ザックは「剣は敵を斬るため、槍は敵を突くためにある」「優しさはこの世界にとって貴重なものだが、こんな世界だから半端な優しさは甘さになりかねない」と語った。どちらにしろ今のままでは何もできないと判断した一行は、アーデルハイドからエマ博士を連れてくることに。エマ博士を呼んで調査を進めた結果、ゴーレムは「アースガルズ」という古代語で「神々の砦」を意味する名前であること、アースガルズは停止しているだけで生きており起動することはできる状態だということ、色々試したがアースガルズを起動する方法は分からないということを知る。引き続き調査を進めることにした一行は、巨人のゆりかごで一晩過ごすことにする。

皆が寝静まった頃、セシリアはアースガルズに自身の生い立ちや境遇を話し始めた。「皆は私を必要としてくれているが、それは『公女』としての自分であって、私自身は誰からも愛されてないの」と語るセシリアは、公女として必要とされている自分と、兵器として必要とされているアースガルズを重ねていたのだ。するとセシリアの言葉に反応したのか、アースガルズが目覚めようとする。しかしこのままではまた兵器として扱われると考えたセシリアは「このまま眠っていてほしい」とアースガルズの目覚めを止めようとするが、「私の声だけでなく…小さく息吹く生命の声も聞こえるのなら、戦火の向こうに悲しむ人々が見えるのなら、その時は…あなたの意志で目覚めて…」と言うと、一度は再び眠りにつこうとしたアースガルズが、完全に起動し、自らの意志で歩き始めたのだ。エマ博士やロディ達も目を覚まし、突然起動したアースガルズに驚いていたが、同時に強力な戦力を手に入れたことに喜んだ一行は、アースガルズに乗り目的の地、アークティカへ辿り着いたのだった。

雪で覆われたアークティカにて魔族の本拠地フォトスフィアを発見するが、フォトスフィアの周囲には「ソルデリーター」というバリアが展開されていたため、乗り込むことができなかった。やむを得ず一行は、雪の大地を抜けた先にある村「コートセイム」へ足を踏み入れた。その村に住むARMマイスターの「ニコラ」のもとを訪ねると、彼から自分はかつて6人の仲間とともに「ゼペット・ラグナイト」という人物に古代機械の研究を教わっていたことを知る。その話を聞いたロディは、ゼペットが自分の祖父であり今は亡くなっていること、ザックやセシリアと出会う前の過去にゼペットとともに旅をしていた頃の話を語る。その時、彼らのもとにジェーンが現れる。実はコートセイムは彼女の故郷でもあり、何とニコラはジェーンの父親であったのだ。ジェーンがカラミティー・ジェーンという渡り鳥として活動していることを知らないニコラは、ロディ達と知り合いなのかと尋ねるが、慌てて誤魔化したジェーンはその場を立ち去った。ジェーンが去った後、ニコラは村から南東の場所に「風の海のエピタフ」というかつて師ゼペットと6人の仲間達と飛空機械の研究をしていた塔のことを教える。

塔へ向かい探索をおこなっていると、「ワルプルギスの夜」という飛空機械の研究について記された本を見つける。すると一行の前に守護獣「ルシエド」が姿を現す。彼に案内された先にはブーメランが待ち構えていた。そしてルシエドはブーメランの傍につき、一行に敵意を向けていた。本来ファルガイアを守護する存在であるはずのルシエドが敵であるはずの魔族の味方をしていることに驚きを隠せないセシリア。ルシエドは「欲望」を司る守護獣であり、ブーメランが持つ強い欲望に惹かれて魔族側についていたのだ。これまで出会った魔族と何かが違うことを感じた一行は、ブーメランとルシエドと対峙する。抜群のコンビネーションを発揮する2体に圧倒されるもどうにか退けることに成功すると、「俺を倒すには万に一つの可能性にかけるしかない」と言い残しブーメランは去っていった。彼が去った場所には「ルーンドライヴ」と呼ばれるエネルギー増幅装置が置かれており、それを回収した一行はコートセイムへ帰った。

コートセイムへ戻り、ルーンドライヴをニコラに見せた一行は、彼が主催するパーティーに参加することになる。村の子供達も集まり美味しい食べ物を食べたりしながら安らぐ時間を過ごしている最中、ロディはジェーンから「話があるから皆が寝静まったら抜け出してほしい」と誘われる。
約束通り、ジェーンに会いに行ったロディは、彼女からカラミティー・ジェーンはコートセイムの孤児院を経営するために賞金稼ぎになったことや、かつては裕福だったがニコラが孤児院を経営してからお金が一気に無くなり、気がついたら今の生活を送るようになっていたことを語る。そんな自分をカッコ悪いと言うジェーンの言葉に首を横に振るロディ。ジェーンはロディにありがとうと言った後、何のためにファルガイアを守る旅をしているのかを問う。
続けて彼女は「何でもいいから世界を守るためだなんて優しいことは言わないで、誰のためでもないことに優しさを向けられるなんて、そんなのイヤだよ」「約束してよロディ…ファルガイアを守るのは、ファルガイアが大好きだからって」と言う。ロディがジェーンの言葉を黙って聞いていると、2人の前に突然アルハザードが現れ、村の人間の命と引き換えに、ニコラが持つルーンドライヴを3時間以内に渡すよう要求し再び姿を消した。
ロディとジェーンは急いで村の人間を全員起こした後、状況を説明する。ニコラが持つルーンドライヴは、南の森に隠された「結界のほこら」に安置しており、そこではモンスターの侵入を防ぐバリアが張られているのだ。村の人間を守るため、ニコラは住民を連れて結界のほこらに避難することを決め、ロディ達はアルハザードを迎え撃つため村に残ることにした。ところが約束の時間を過ぎても、アルハザードが村に現れることは無く、嫌な予感を感じた一行は結界のほこらへと向かった。

安全なはずのほこらでは、既に結界が破られており魔獣や魔物が暴れまわっていた。ほこら内を調査していたロディ達は、ほこら内にいた犬が魔獣化する光景を目の当たりにする。その魔獣を討伐したロディ達はジェーンやとマクダレンと協力し、散り散りになった村の人間達から話を聞いていると、ハンペンは魔獣達がどうやってほこらに侵入することができたかに気づく。以前、セント・セントールという町でも今回のほこらの時と同じく、結界を張っていたにもかかわらず魔獣に侵入される事件が起きていた。その結界はハンペンのような亜精霊にも反応し、初めてロディ達が町を訪れた時にも作動していたが、ハンペンはザックの身体に密着することで町の中に入ることができていた。そしてそれは、人の反応に紛れ込めば魔獣や魔物は、結界の中に侵入することができるということを意味していた。
つまり、結界のほこらに出現した魔獣や魔物は、人と一緒にほこらに入ってきたのだが、犬が魔獣化するところを見たことで、ハンペンはほこら内にいる魔獣や魔物は、村の人間が姿を変えたのだと確信した。すると何処からかアルハザードの声が響き始める。アルハザードはハンペンの推測に感心すると、魔獣達を魔法で種子化したものを人間の体内に埋め込んでいたことを語る。種の状態では魔獣達の反応は非常に弱くなり、人間の身体に隠してしまえば、結界は反応しなくなり簡単に侵入することができる。そしてアルハザードが命令を送るだけで種は発芽し、人間を体内から食い破って魔獣や魔物の姿に変えさせて、結界を内側から破壊したのだ。
かつてアルハザードが語っていたセント・セントールでの実験はこのことであり、さらにアルハザードは、「魔族の身体の構造は物質は異なるが人間に近く、魔族は『生きている鉄の塊』で、異なる世界、異なる人間であるため、結界は通じない」とも告げた。
全てを語り終えたアルハザードはルーンドライヴを奪うべく襲い掛かってきた。どうにか撃退したロディ達は、一度コートセイムに戻る。ニコラは守り抜いたルーンドライヴをアースガルズに組み込む。本来の出力を取り戻したアースガルズは、「対消滅バリア」というバリアエネルギーを相殺する力を得る。これにより魔族の居城であるフォトスフィアのバリアを消滅させることに成功した一行は、ついにフォトスフィアに乗り込むのだった。

フォトスフィアを進んでいると、一行の前に青いローブを着た怪人が現れ、涙のかけらのもとへ案内すると言ってくる。彼はフォトスフィアの浮上準備が進められていること、自分の目的がロディ達と同じくマザーを討つことであること語り、共通の目的がある間は敵対するつもりが無いと言う。怪人の言葉を疑いながらも案内に従って進むと、そこには彼が言った通り、涙のかけらがあった。セシリアはついに涙のかけらを取り戻すことに成功するのだった。すると一行の前に再び怪人が現れ、「涙のかけらによってフォトスフィアは動力を得ている、同時に膨大なエネルギーを喰らうマザーも涙のかけらによって生命を維持しているのだ…その動力源を失った今の状態ならマザーの力も大きく低下している」と告げる。そして「自分にできるのはここまでだ」と告げた後、怪人は姿を消して去っていった。

フォトスフィアの最深部に辿り着いた一行は、魔族の盟主マザーと対峙する。激しい戦いの末、ついにマザーを倒すことに成功するが、戦いが始まる前に浮上していたフォトスフィアが、マザーの制御を失ったことで海面に墜落してしまう。水没を始めたフォトスフィアから脱出する術が無く、窮地に陥っていると、ジェーン、マクダレン、バーソロミューの3人が現れる。ロディ達の危機を感じた3人は、スイートキャンディ号で救出に来てくれたのだ。内海に沈むフォトスフィアから脱出した一行は、涙のかけらを取り戻し、マザーを討伐したことでようやく戦いが終わったのだと思い始める。

しかしそんな彼らの前に、アルハザード、レディ・ハーケン、ブーメラン、そしてフォトスフィアで出会った青いローブを着た怪人の正体であるジークフリードが現れる。ジークフリードは「ファルガイアをいただき、守護獣を殲滅する」と一行に向けて宣戦布告をしてきたのだった。

動き出したナイトクォーターズ

ナイトクォーターズによる宣戦布告から数日後、アーデルハイド城ではエマ博士がロディやジェーン達を集め魔族に対抗するために自警団を結成することを宣言する。自警団はロディ、ザック、セシリアの3人で編成した第一部隊、バーソロミューとスイートキャンディ号による海上移動のバックアップ、ジェーン、マクダレンの2人は遊撃兼情報収集を目的とした第二独立部隊、エマ博士と彼女の助手達による後方支援と役割が決められ、それぞれ行動を開始することになった。

ロディ一行は、タウンロゼッタ付近の内海と外海を繋ぐ海峡に大きな渦潮が存在しており、そこが「海の守護獣ルカーディア」が住む宮殿への入口となっているという情報を得る。早速渦潮へ向かうと、セシリアが持つ涙のかけらが輝きを放ち、一行を海の底に存在する宮殿「深海の竜宮」へと導いた。宮殿で待っていたルカーディアに会い、「エルゥのほこら」によって星の命が辛うじて保たれていること、世界中に張り巡らされた命のネットワーク「レイライン」というファルガイアの血管ともいえる地脈が存在するという話を聞いていると、一行の前にレディ・ハーケンが現れた。高い実力を持つ彼女に苦戦を強いるが、ハーケンは突如身体の自由が効かなくなったと言い、勝負を預けて去っていった。残されたルカーディアの力を得ると同時に、海峡の渦潮が消えたことで外海へと移動することができるようになった一行だが、ザックは以前から感じていた自分と同じ早撃ちの技を使うハーケンへの疑問をより強めるのだった。

一行はバスカー集落の里長から生きる者の心を司る上位の守護獣である「貴種守護獣（ガーディアンロード）」の情報を得て、3体の貴種守護獣が眠るという「堕ちた聖域」へと向かうと、そこでブーメランとルシエドの2体と再び戦うことになる。どうにか2体を退けた後、貴種守護獣との接触を試みるが、人々の心から「愛」「勇気」そして「希望」が失われてしまった今のファルガイアでは、心を司る3体の貴種守護獣は力を発揮することができず、その意志だけが石像と化していた。

その後、絶海の孤島にある魔族の拠点「デモンズラボ」にて、アルハザードがファルガイア中から多くの人間を攫い、非人道的な実験を繰り返しているとの情報を得る。デモンズラボに乗り込み最奥へ進むと、そこには「ダークネスティア」と呼ばれる黒い結晶と、それを守るためにレディ・ハーケンが待ち構えていた。お互いの太刀筋に見覚えがあると感じるザックとハーケンは、再び刃を交える。戦いの末、ハーケンは敗北し「ザックの力を見届けさせてもらった」と告げる。直後、ハーケンは人間の女性の姿となって倒れだす。その姿を見て激しく動揺するザックの前に、アルハザードが姿を現しハーケンとダークネスティアをどこかへ消してしまう。「ダークネスティアもハーケンもまだ引き渡すわけにはいきません。なんでしたら追いかけてきなさい、あなた方の努力というものがいかに無駄であるかをお教えしましょう」と言い残し、アルハザードもまた姿を消した。ザックは「俺の復讐は何のため…何に対する復讐だったんだッ！？あいつの剣技…何でもっと早く気付かなかったんだ…」と自分を責め始めていた。姿を変えたハーケンは、彼がよく知る女性だったのだ。しばらくしてようやく落ち着いたザックは仲間達に「時が来たら、全て自分の口から話す」と誓い、改めて魔族達を追い始めるのだった。

デモンズラボから出ると、突如アーデルハイドを襲った空の亀裂が上空に出現し、一行はジークフリードの策略によって「ゲートジェネレイター」と呼ばれる空間を超越するための装置へ引きずり込まれてしまう。ジェネレイター内で幾度となく現れるゼットの妨害を突破すると、最奥で待ち構えていたジークフリードのもとへ辿り着く。ジークフリードとの戦いが始まり、激闘の末ロディ達はジークフリードを追い詰める。自分と互角に渡り合うロディ達に驚愕するジークフリードは、傍にいたゼットにジェネレイターの出力をフルドライブさせることを命じる。そんなことをしてしまうと疑似ブラックホールが発生し、次元の狭間に飛ばされてしまうため自分達も危険な状況となることを危惧するゼットだったが、「私は必ず生き残る、何故なら私はこの世界を支配する王だからこんなところで死ぬはずが無い」とジークフリードは構わずゼットに命令を続ける。そうするしかないと判断したゼットは命令通りジェネレイターを操作し始める。それを止めようとするロディだったが、ジークフリードが放ったワイヤーによって動きを封じられてしまう。ロディを援護しようとするザックとセシリアは、操作を終えたゼットに妨害されていた。するとジェネレイターは暴走を始め疑似ブラックホールが発生する。「もはや逃れる術は無い、私と共に次元の狭間の旅行を楽しもうじゃないか」と笑うジークフリードだったが、次元の狭間に飲み込まれる寸前、ロディは動きを封じるワイヤーの拘束から逃れるため、自身の左腕を斬り落とし、ジークフリードはそのまま次元の狭間へ飲み込まれていった。倒れるロディのもとに駆け寄ったザックとセシリアだが、ブラックホールは次第に大きくなりその場に居た全員も飲み込んでしまう。
その時、セシリアが持つ涙のかけらが輝きを放ち、気が付くとアーデルハイド付近に転移されていた。「皆で一緒に帰るんだ」と願いアーデルハイドの姿を心の中で強く思い描いたことで空間がその近くに繋がり、助かることができたのだと言うセシリア。
ザックとセシリアは立ち上がり、腕を失って苦しむロディのもとへ駆け寄るが、ロディの怪我を見た瞬間、2人は驚愕の表情を浮かべる。ロディの腕の切り口から見えたのは、金属と水銀の血であり、ロディは魔族と同じく機械の身体であった。その事実に動揺するセシリアにザックは「こんな時だからこそ俺たちがこいつを支えてやるんだ」と言う。落ち着きを取り戻したセシリアは、機械に詳しいエマ博士なら頼れると考え、ザックと共にロディを連れてアーデルハイドへ向かうのだった。

一方、次元の狭間に飲まれたジークフリードは、かつての本拠地であったフォトスフィアのマザーがいた玉座に放り出されていた。忌み嫌っていたマザーの玉座とはいえ、どうにか次元の狭間の亡者にならずに済んだと安堵するジークフリード。だが消耗が激しいのか這いつくばりながら移動しようとしていたその時、誰もいないはずの部屋からジークフリードがよく知る気配と笑い声がした。嫌な予感がし、その場から逃げようとするジークフリードだったが、気が付くと彼の背後に巨大な肉の塊が出現していた。「これはいったい…何の悪夢なんだ…」そう呟くジークフリードを肉の塊は、「カワいい、ジー…ク…こレかラはわラわといっしョ…」と囁きながら巨大な口を開けて覆いつくした。

ロディの正体

エマ博士のもとで治療を受けるロディのもとにはジェーンやバーソロミュー船長達も集まっていた。ところがロディの傷はエマ博士でも手が付けられない状態となっていた。ロディの身体は全てが人間と同じ構造だが、根本的に異なるのがそれらは機械によって造られており、まるで伝承にある魔族の身体構造にそっくりだった。しかしエマ博士は、ロディは魔族ではなく、おそらく1000年前の大戦期に対魔族用の兵器のひとつとして人の手によって造られた太古の遺産なのではないかと推測し、人間では到底不可能なほどARMとの異常なシンクロ率が何よりの証拠であると語るが、同時に何故機械なのに痛みを感じる機能が備わっているのかと疑問も抱く。しかしジェーンは「そんなことはどうでもいいッ！」と叫び、大切なものの力になれないことに無力感を抱いていた。軽率だったと反省するエマ博士に「どういう理屈かは分からないが、ロディの身体には薬草や回復魔法で癒せる。タウン・ロゼッタにいるマリエルの薬草ならあるいは…」と言うザック。それを聞いたエマ博士は「まだ諦めるのは早い」と言い、その場にいた全員にそれぞれの役割を告げ、ザックとセシリアはロディを連れてタウン・ロゼッタへと向かった。

タウン・ロゼッタでロディの姿を見て動揺するマリエルにザックとセシリアはこれまでの経緯を話した。話を聞き終わったマリエルは、ロディの身体を「命ある金属」と呼んだ。それは1000年前にエルゥと人間が犯した罪のひとつであり、金属でありながら生きている魔族を模した肉体。神の領域に踏み込んだ過ちであると。「今のファルガイアでは命ある金属は造れず、ロディの左腕を治すことはできない」「だけど1000年前と同じ世界ならあるいは…」と話すマリエルは、ザック達を聖森の塚へと案内した。

聖森の塚の奥には、1000年前の大戦後にファルガイアを捨てて去っていったエルゥ達が作った異空間を漂う浮島「エルゥ界」へ繋がる転送装置が設置されていた。その装置を起動させるためには、エルゥの想いと命が必要だと言うマリエルは、自分の手を傷つけて装置を起動させた。一行がワープした先はエルゥ界側に存在する聖森の塚だった。出血が酷いマリエルを急いで手当するために塚の出口を目指していると、転送装置の起動を察知して駆けつけたエルゥ達に見つかり、エルゥ界に存在する唯一の村「タージェン村」へ連れて来られる。そこで長老「フルカネルリ」と出会ったザックとセシリアは、ロディの命を救ってほしいと頼むと、フルカネルリは1000年前の大戦でエルゥと人間の魔道士が呪われた技術を編み出し、「ホムンクルス計画」という捕らえた魔族の身体をベースとし生きた金属による人造生体の開発を行ったことを語る。人間に近い姿をし、如何なる環境にも適応するサバイバル能力を確立させる他、自己判断や分析が可能なだけでなく、推論レベルにまで高めた感情を持った人工知能、そして様々なARMとのシンクロを可能とする精神構造を持つ存在、それがホムンクルスだと。
しかし、ホムンクルスは危険な殺戮兵器として暴走してしまったことで全て破壊され、試験体として残っていた1体は地の底に封印されたという。そしてその封印された試験体こそがロディの正体だったのだ。ザックとセシリアはロディは殺戮兵器ではなく、誰よりも優しい心を持った少年だと言う。かつて封印したホムンクルスが純粋な心を持ったことに驚くフルカネルリだったが、既に自分達にはホムンクルスを再び造る技術は無いと告げる。悲観するザックとセシリアのもとにマリエルがフラフラになりながら現れる。彼女は自分の兄「バシム」が造るガーディアンブレードの力ならばロディの腕を治せるかもしれないと告げるが、フルカネルリは反対する。

1000年前の大戦に使われたガーディアンブレードは、制御できない巨大な力で魔族のみならず、ファルガイア全体にダメージを与えて消滅した。そしてガーディアンブレードを造ったバシムは罪人としてタージェン村から隔離された場所で暮らし、マリエルは兄の罪を償うためにたった1人でファルガイアに残ったのだ。もう二度と同じ過ちを繰り返してはならないと考えるフルカネルリにマリエルは強く説得を続け、ようやく許可を得てバシムが住む工房の場所を教えてもらう。

工房に着いた一行は、バシムにガーディアンブレードを造りロディを治してほしいと頼むが、もう一度かつての過ちを繰り返したくないバシムは反対する。しかしそれでも説得を続ける皆と、マリエルが以前と比べて強くなったと感じたバシムは、再びガーディアンブレードを造りロディの治療を行うことを決意する。ガーディアンブレードを造るためにはエルゥ界に存在する魔獣が封じられた森「フォレストプリズン」に囚われている「生命の守護獣」とファルガイアのどこかに存在する禁書「デ・レ・メタリカ」に封印されている「魔の守護獣」の力を借りる必要があるとのこと。各地を巡り2体の守護獣を力を得ることに成功したザックとセシリアは、バシムのもとへ戻る。2体の守護獣の力を得てバシムは完璧なガーディアンブレードを完成させると、ロディの左腕へガーディアンブレードを移植する手術を行った。手術は半日以上に渡り行われ、移植手術は無事に成功したが、バシムによると目を覚ますかはロディの心の強さ次第であるとのこと。
セシリアはロディが目を覚ますことを祈り、彼の傍で語りかけていた。ある時、セシリアは不思議な夢を見るが、それは自分が見ている夢ではなくロディが見ている夢だと気付く。自分の正体を知り、心を閉ざしたロディが逃げ込んだのは幼い頃に祖父ゼペットと旅をしていた頃の思い出の世界だった。夢の中のゼペットはロディに「お前はいつでもわしのところに逃げ帰ってくればいい」と言うが、セシリアは「皆があなたが帰ってくるのを待っている。ロディはロディなの、他の誰でもない大切な仲間なの」と呼びかける。すると夢の中のゼペットは突如姿を変えセシリアに襲い始める。それはゼペットではなく、心を喰らう夢魔「エリザベート」だった。夢魔を倒したセシリアは、崩壊する夢の世界でロディに「心を強く持ってッ！ロディッ！ロディは孤独じゃない、誰かを大切に思えるあなたは誰からも大切に思われているあなたなのよ」と言う。同時にセシリアはアーデルハイドの公女としてしか見られていないと思っていたが、自分の身勝手な思い込みの壁が周りの人を遠ざけていたことに気付く。「誰かに愛されたいと思うのなら、まずは自分が誰かを愛することから始めないといけない」と本当の愛に気付いたセシリアの想いの叫びが届き、愛の貴種守護獣「ラフティーナ」が覚醒するのだった。

セシリアが眼を覚ますと、ベッドに眠っていたロディの姿が見当たらず、慌てて周囲を見渡すと彼女の近くにロディが立っていた。そのことに気付いて駆けつけたザックやマリエル達も、ロディが目を覚ましたことに喜び、一行はバシムと別れてファルガイアへ帰った。ファルガイアに戻ったマリエルは「罪の償いではなく自分の願いとしてもう一度ファルガイアの大地に花を咲かせたい」と言い、一行と別れてタウン・ロゼッタへと帰るのだった。

ダークネスティア

聖森の塚から出るとジェーンが一行を迎えに来ていた。彼女によると一行がエルゥ界に滞在している間エマ博士が飛空機械を完成させたとのことで、もうすぐ試験飛行が始まるため迎えに来たとのこと。試験飛行のパイロットにはバーソロミュー船長が選ばれたが、まともに操縦する訓練すら受けたことがないことに加えて高空の気流の勢いを超えることができないほど飛空機械の出力が不足していたため、あっけなく墜落してしまう。バーソロミュー船長を病院に送った後、エマ博士は一先ず飛空機械の試作品である「プロトウイング」を完成させ、ロディ一行とジェーン一行の2つの部隊にプロトウイングをパワーアップさせるために必要な「ジェミニサーキット」を手に入れるよう告げる。
エマ博士によるとプロトウイングの出力を増幅させるジェミニサーキットは2つ必要とのことで、ロディ一行は「ジェミニの亡骸」と呼ばれる古代遺跡に行きジェミニサーキットの1つを手に入れる。同じ頃、もう1つのジェミニサーキットを回収したジェーン一行はスイートキャンディ号に乗ってアーデルハイドに帰還していたところ、内海で巨大な怪物の襲撃に遭っていた。ジェーン一行や船員達は無事だったものの、怪物によってスイートキャンディ号は沈没されてしまい、ジェミニサーキットも海に沈んでしまう。プロトウイングの強化は一旦先送りにして海に沈んだジェミニサーキットの捜索のため、ファルガイア中を探し回っていると、内海の漂流物が流れ着く船の墓場ヤードにて、流れ着いていたジェミニサーキットを発見することに成功する。こうして揃った2つのジェミニサーキットと、エマ博士によって呼び出されたニコラを含むかつてのゼペットの教え子達の手によってプロトウイングの完全版、神鳥の翼「ガルウイング」が完成するのだった。

険しい山に囲まれた場所に魔族の重要拠点「パンデモニウム」があることを知った一行は、ガルウイングで向かう。中に突入するとアルハザードと対面するが、仕掛けられた罠によって、ロディ達3人はバラバラの牢屋に閉じ込められてしまう。しかしザックが閉じ込められた牢屋の壁に僅かな抜け穴があり、ザックと共に牢屋に入れられていたハンペンは、その抜け穴から外に出て3人が閉じ込められている牢屋の鍵を解除することに成功する。合流した3人が先へ進むと、着いた先には以前デモンズラボに設置されていた黒い結晶ダークネスティアが存在しており、その中にはレディ・ハーケンが取り込まれていた。するとどこからかジークフリードとアルハザードの声が響き始める。次元の狭間から生還していたことに驚く一行に対し、ジークフリードは「お前達はそこで指をくわえてみているがいい…ダークネスティアが放つ黒い輝きがファルガイアの各地を引き裂くさまをな」と言う。ダークネスティアは涙のかけらの効果を反転させて負の生命エネルギーを生み出すことができ、その生命エネルギーをエルゥのほこらの転送機能を使ってファルガイア各地に照射する。その結果、守護獣達の力のネットワークであるレイラインは寸断され、ファルガイアは死の大地に変わってしまうのだ。
世界の支配が目的であったはずのジークフリードが、何故かつて彼が嫌ったマザーのように世界を滅ぼそうとしているのかと問いかけるセシリア。その質問にジークフリードが答えずにいると、「レディ・ハーケンも元は人間の女、子を産むことができるのが女の身体ならばそれこそまさに生命力の源…」とアルハザードが言う。負の生命エネルギーを精製するためにハーケンがダークネスティアの触媒にされていたことを聞いたザックは「そんなことさせてたまるかッ！」と止めようとするが、ダークネスティアから負の生命エネルギーが発射されてしまう。
発射された負の生命エネルギーは大気圏外に存在するエルゥのほこらのエネルギーを反射する衛星によってファルガイア全土に降り注ぎ、レイラインを寸断していった。その結果、世界を支えていた守護獣達の力は著しく減退し、各地で天変地異が引き起こされた。ザックは叫びながら何度もダークネスティアに斬りかかる。するとダークネスティアは破壊され、エネルギーの放出も収まった。そして取り込まれていたハーケンは解放されたが、彼女の姿はザックがよく知る人間の姿「エルミナ」という名の女性だった。彼女に近寄ろうとするザックだったが、エルミナは再びハーケンの姿となり「あたしは…あたしは魔族の騎士ッ！レディ・ハーケンだッ！」と言って姿を消した。「守れなかったッ！力だけじゃ、また守れなかったッ！！」と叫ぶとザックはその場で気を失ってしまう。ロディとセシリアはザックを連れて急いでアーデルハイドへ帰還するのだった。

一方、ザックがダークネスティアを破壊したことにより作戦は失敗したと言うアルハザードだったが、ジークフリードにとってはそれも想定内であり、一時的に守護獣の力を減退させたことで、真の狙いである「カ・ディンギル」という魔塔の封印を解くことに成功していた。

ザックとエルミナ