ガリレオシリーズ劇場版第二弾！子供嫌いの湯川が少年と交流？！
帝都大学教授の湯川は、乗っていた電車内で「ケータイの電源を切れ！マナーだろ！」と迫る老人と「電源は切れない」と拒む少年、恭平が揉めだしたところに「アルミホイルに包めば、電源を切らなくても電話はかかってこない」と仲裁する。玻璃ヶ浦という海辺の町に着いた湯川。海底資源開発の説明会に専門家として招かれていたのだ。
説明会で反対派の住民、川畑成実に出会う。湯川の宿泊先の旅館「緑岩荘」の経営者夫婦の娘であり、電車で出会った恭平のいとこでもあった。湯川は旅館で恭平と再会し、「博士は成実ちゃんの敵なんでしょ？」と話しかけられ、「非論理的だな。」といつもの調子で返す。科学は真理を追求する地図だと淡々と説明する湯川に「科学って理科なんでしょ？理科って嫌いなんだよね。」と恭平は興味なさげだ。その後、湯川は地酒を飲むために居酒屋へ、恭平は緑岩荘の主人でおじの川畑 重治と花火を楽しむために庭に向かい、それぞれの夜を過ごしたのだった。
翌朝、緑岩荘のもう一人の宿泊客、塚原という男性が旅館近くの堤防で遺体となって見つかる。実はこの塚原、前日の夜に旅館で重治の妻、節子に刑事をしていたと告げ、仙波英俊のことを尋ねようとしていたのだった。明らかに節子は動揺していたが、物理以外に興味のない湯川はその様子に全く我関せず。しかし、恭平は事件に興味を持ち、湯川に話しかけてくるのであった。恭平がふと漏らした、「海の中を見てみたい」の一言を聞き逃さなかった湯川。「だから地図が必要なんだ」と何やら材料を買い込んで、旅館に戻ってきたところへ、警視庁管理官の非公式の命を受けた岸谷刑事がやってきて、またしても意に反して事件に関わることになってしまう。
湯川は事件の真相に辿り着けるのか？そして理科嫌いの恭平に科学の魅力を伝えることができるのか？テレビシリーズや前作でも見せなかった少年と交流する湯川の姿にも注目だ。