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文明はある日突然、リセットする
科学文明が目まぐるしく発展した現代。ありふれた日常を送っていた主人公の石神 千空（いしがみ せんくう）と大木 大樹（おおき たいじゅ）は、ある日突然青い光を浴び、石化してしまう。世界中でも同じように青い光を浴びた人類が石化し、人類が築き上げてきた文明は1日で滅んでしまった。
しかし石化した人類の中で、意識を保ち続ける者たちがいた。
ある者は目的を果たす為、ある者はわずかな可能性を信じて日にちを数え続けていた。
人類が石化して3千年が過ぎたころ、地球は完全に別世界へと変わり果てた。建築物はすべて朽ち果て、世界を支配するのは大自然と動物たち。石化した人間はボロボロに砕けて朽ちるものもあれば、そのままの形で残るものもあった。
まさしく地球は、人類が誕生する前の世界にリセットされたのである。
しかしそれでも、意識を保ち続けた者たちは諦めていなかった。そして何百年、何千年という途方のない時間の中で幾つもの奇跡が積み重なり、主人公の石化が解けたのだった。3000年の石化から目醒めた彼の目の前に広がるのは原始の地球。その地球で生き抜くために彼が駆使するのは「科学の力」だった。
石化を解く鍵を科学の力で解明し、石化された人間達を回復させる。様々な困難や問題に科学の力で挑み、3000年前の文明を一から復活させるために奮闘する物語である。