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蘭と新一が珍しく喧嘩？仲直りのきっかけは許しがテーマのゴスペルソング。
ある日、堂本音楽アカデミーの練習室が爆発し死傷者が出た。現場からは楽器の胴部管が発見された。
翌週、蘭は堂本音楽ホールでのリハーサルの見学に新一を誘うが、珍しく言い争いになる。
喧嘩を知った園子は中学の時にも蘭と新一の間で長い喧嘩があったことを口にするが、蘭はその時に道で聞こえてきた曲のことを思い出す。
しかし、その曲が何の曲か思い出せない。
後日、歌手の秋庭怜子と出会う。怜子の飲み物を勝手に飲んだ元太が苦しみだし、数日声が出せなくなってしまった。
彼女の堂本アカデミーでの出演を狙い、水筒に刺激物が混入されたようだ。
さらに帰り道、一行は何者かにダンプカーで襲われる。そのあと、堂本アカデミー生が死亡し、同じ楽器の頭部管と足部管が発見された。
翌朝、コナンは秋庭のもとを訪れ、男性の写真を見つける。
その男性は彼女の婚約者であった相馬光というフルート奏者で、殺された4名が無理やり酒を飲ませた結果、事故で転落死していたのだった。
コナンは秋庭の森林浴に同行したところ、エアライフルでの狙撃に遭遇する。
公演当日、コナンと秋庭は何者かに襲われ意識を失う。
そのまま公演開始の時刻となるが、コナンと秋庭はボートに乗せられ、運河に流されていた。
コナンの機転で110番通報に成功する。
コナンと秋庭が堂本ホールに駆け付けると、なんとホールが爆発していた。
犯人を捕まえるための時間稼ぎのため、秋庭は公演に出演しアメージンググレースを歌う。
彼女の歌を聞いた蘭は、中学の時に新一との仲直りのきっかけになったのがこの歌であることを思い出す。
果たしてホールの爆発を止めることができるのか？一体犯人はだれなのか？
音楽がテーマの美しいミステリーが今始まる。