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なぜ猿の惑星になってしまったか？
神経学者のウィルが、アルツハイマー遺伝子治療薬（ALZ112）を雌チンパンジーのブライトアイズに投与する。しかし、ブライトアイズが身籠っており子猿（シーザー）を守るために凶暴化し射殺されてしまう。だが、ウィルはブライトアイズの遺伝子を継いでいるので母親と同様に高い知性を持つ。ウィルの父親（チャールズ）は、アルツハイマー型認知症に冒されており、ウィルはALZ112を使用してしまう。一時的に認知症を回復させる事が出来たが、チャールズの体に抗体が出来始めるとアルツハイマーが悪化してしまう。その結果、チャールズと隣人とのトラブルが起こり、チャールズを守るために相手に怪我を負わせてしまう。そして、ランドン親子が経営する霊長類保護施設に送られる。施設の中の猿達と馴染めず、ランドンの子供に虐待され人間に対して憎悪を抱くようなる。施設のゴリラとオラウータンと親しくなったシーザーは、群れのボス猿ロケットとリーダー争いをして勝利を収める。そして、新ボスになったシーザーは、ウィルの自宅からALZ112を改良したALZ113を持ち出し、施設の猿達に服用させる。シーザーの指揮により施設を脱出し、ミュアウッズ国定公園を目指す。しかし、ゴールデンブリッジで警官隊が待ち伏せしていたが、ブリッジの上と下そして前に猿達を配備し同時攻撃をして突破する。その時、シーザーがヘリコプターからの射撃で命を失いかけたがゴリラが命がけで守り助けられた。ミュアウッズ国定公園に着いたシーザーは、ウィルに止められるが拒否し仲間と共に森に消えていった。後にALZ113は猿インフルエンザとして蔓延し、多くの人間が死亡した。