難攻不落の要塞から抜け出せるか！
目が覚めるとエレベーターのような檻の中で、他に荷物や貨物と一緒だった。地上に着くと、20人ほどの10代から20代の青年達がいた。青年達は慣れた様子で物資を運び、主人公を檻から出すが、主人公は混乱し、走って逃げだすが高い壁に囲まれていることに気付き、転んでしまう。青年達に捕まってしまうが、リーダーらしき男性アルビーに話しかけられることで自分の名前もわからないことに気付いた。
アルビーはここからは逃げられないこと、1か月に一度、物資と人が送られてくることを説明される。
周囲を囲む壁には、日没に閉まり、日の出とともに開く出口が1か所だけあった。内部は迷路になっていて、「ランナー」と呼ばれる青年達だけが迷路の探索を許されていた。ランナー達は3年も探索をしていたが、一向に出口を見つけられずにいた。
彼の歓迎会が夜に行われ、そこで相撲のような戦いをした主人公は倒された拍子に自分の名前が「トーマス」だったことを思い出す。
ランナーのミンホとアルビーが迷路の中へ入っていったが、日没が迫っても戻ってこないため、出口付近にみんなが集まってきた。アルビーを担いだミンホがやってくるが、閉まり始めるドアを前に居ても立っても居られないトーマスはドアの中に入っていった。
迷路の中には「グリーバー」と呼ばれる怪物が徘徊していて、絶対に逃げられないと言われていた。動けないアルビーを置いて逃げようとするミンホだったが、トーマスはアルビーを蔓に固定してからグリーバーから逃げ始める。ギリギリのところで閉まる壁にグリーバーを挟んで倒した。
翌朝、村に戻った3人。今度は、定期的な物資と関係なくボックスが動き出し、中に女の子がいた。彼女はテレサといい、青い液体の薬を2本持っていた。一本をアルビーにさした。回復したアルビーは失っていた全ての記憶を取り戻していた。
みんなには内緒で迷路を解明していたミンホは、グリーバーと対峙したときに今まで開いたことのない「7」のエリアが開いていたことをトーマスに語った。ランナーに任命されたトーマスはミンホと共に迷路の中に入り、倒したグリーバーの赤く点滅する心臓部を手にし、エリア「7」に向かった。
グリーバーの心臓部に誘導されるまま向かうとドアがあり、赤いデジタル数字が緑になりドアが開いた。
ここが出口だと悟った二人は村に戻り、みんなで逃げようと訴えた。
出口が閉じないことでグリーバー達が村にやってきて、村は壊滅的な状況になってしまった。トーマスはグリーバーの針を射し、テレサの持っていた注射をすることで全ての記憶を取り戻そうとする。そして、自分とテレサは村にいるみんなを送り込む側の人間だったことを思い出す。
村に留まる派閥と、脱出する派閥とに対立するが、トーマス達は迷路の中を進みドアのところまで辿り着いた。グリーバー達に襲われながらも、最後のドアでミンホが解き明かした迷路が開く順番を入力するとドアが開いた。
そこは通路になっていて研究室に辿り着くと、血を流して倒れている人がたくさんいた。モニターに女性が映し出され、いままでの経緯を語り始めた。全てを知ったトーマス達のもとに、武装した男達が現れ、連れていかれてしまう。ヘリに乗せられ飛び立つと、自分達がいた要塞のような施設には「エリアA」と書かれていた。
モニターに映し出されていた女性が、会議室で「実験は第二段階に入る」と語り、終わる。