原作マンガとは全くの別物。原作より暗いストーリーが展開。
原作マンガを読んだ後劇場版ハガレン『シャンバラを征く者』を見たら話の展開が意味不明で、これをきっかけに2003年から2004年にかけて原作とは異なるオリジナルストーリーで放送されたアニメ1期の存在を知りました。全体的に原作より暗いストーリー展開で、闇要素の強い作品だったと思います。特に衝撃的だったのはエドが殺人をしてしまうストーリーです。不可抗力ではありましたが、それでもそのエピソードを境にエドがより深い闇を抱えることとなります。原作では軍部の面々との仲の良いやり取りや助け合いが描かれるなど、全体的にエドとアルが周りの人たちとの関わりの仲で成長していく姿が印象的でしたが、アニメ1期では軍部の面々とのコミカルなやり取りなどはほとんど描かれません。エドとアルは周りの大人たちの助けを得ることがうまくできず、孤立しすべてを自分達だけで背負いどんどん闇を深めてしまっていったように感じました。どうにか周りの大人たちが救いの手を差し伸べてあげられなかったものか……と切ない気持ちになります。ホムンクルスとなった母親をエド自信の手で殺害するシーンは涙が止まりませんでした。登場キャラそれぞれの抱える複雑な心情が交錯し物語が展開していくので、切なさややるせなさを感じ、考えさせられるとても深いアニメになっています。全体的にダークなストーリー展開が好きな方にはぜひぜひ見ることをおすすめします!