世界的に人気のゲームシリーズの映画化！
世界的に人気の同名ゲームシリーズの映画化。
死刑が執行されたはずの主人公カラム（マイケル・ファスベンダー）が目覚めると、ある施設にいた。
そこで、カラムは装置によって自分の祖先の記憶を追体験させられる。カラムの祖先はルネサンス期にテンプル騎士団と対立するアサシン教団のアサシンのアギラールだった。アギラールはテンプル騎士団が探し求めている秘宝「エデンの果実」のありかを知る最後の人物だったため、その子孫のカラムにアギラールの記憶を追体験させ秘宝を探すつもりだった。
一度、追体験を終えたカラムは、アギラールの幻覚に悩まされていた。装置を開発した科学者のソフィア博士（マリオン・コティヤール）はカラムに「エデンの果実」やアサシン教団の秘密を語り、秘宝が人類の希望と信じていた。ソフィア博士の父アランはテンプル騎士団の最高幹部だった。
追体験は無理矢理行うと精神異常をきたし、廃人同様になってしまうため、ソフィア博士はカラムに自発的な協力を求める。施設には同じように被験者となっているアサシンの子孫達がいた。
追体験によりついに秘宝のありかがクリストファー・コロンブスの墓にあることを知ったカラムとソフィア博士達。
だが、死闘による激しい動きに「アニムス」が壊れてしまう。しかし、アギラールと完全にシンクロしていたカラムの周りに歴代のアサシン達が現れ、カラムにアサシン教団の教えを解くのだった。
そのころ、施設にいた他のアサシン達が暴動を起こし、秘宝のありかをアラン達が知ることを阻止するためにカラムの元に集まってきたが、カラムがアサシン教団と共にあることを知り安堵する。
コロンブスの墓で秘宝を手に入れたアランはテンプル騎士団の会合で華々しくスピーチをすることとなった。そこで始めてソフィア博士は、父が人類の未来のためではなくテンプル騎士団の繁栄のためだけに秘宝を手に入れようとしていたことを知った。
ソフィア博士のもとにカラムが現れ仲間になるよう言うが、父とカラムの間で心が揺れ何もできないでいた。
カラムと他のアサシン達はスピーチを始めたアランを暗殺し、秘宝を取返し会場を後にした。父を殺されたソフィア博士はアサシン教団への復讐を心に誓った。