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セントラルの真実
舞台は国家『アメストリス』。
中央と東西南北に地域が分かれており、主要な機関はセントラル（中央）に集中している。
隣国との紛争や国内の不穏分子と、どこかで絶えず血が流れている。
タイトルにもなっている『錬金術』とは、発展した技術や学問を応用して、物の形を変えたり別の物に作り変える技術。
あらゆる分野に応用され、まるで魔法の様。
主人公の錬金術師『エドワード（エド）』と、鎧の体をしている弟『アルフォンス（アル）』は、錬金術に伝わる幻の『賢者の石』を探す旅をしている。
エドは史上最年少で国家錬金術師の名を手に入れ、『鋼の錬金術師』と謳われた優秀な人材。
その一方で、他の人間から『国の犬』と悪態付かれることも度々あった。
兄弟はかつて『人体錬成』という禁忌を侵してしまった。
代償として一部体を失ったエド。
体のすべてを失い鎧に魂を留めているアル。
一風変わった兄弟たちは、自分たちの体を取り戻すべく、賢者の石をなんとしてでも探す必要があった。
物語が進むにつれ、一体『賢者の石』とはなんなのか、解き明かされていく。
二人は数々の試練を乗り越え、導かれるようにセントラルへと歩を進めるのである。