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本物のモンスターと交流が多かった物語。
このアニメは、前作「遊戯王デュエルモンスターズ」の続編で、本物のモンスターと交流することが多い物語です。特にその印象が強かったのが、デュエルアカデミアがモンスターの世界に紛れ込んだ回や、親友ヨハン・アンデルセンの救出のために、再びモンスターの世界に行った回です。
デュエルアカデミアがモンスターの世界に紛れ込んだ回では、十代達アカデミアの生徒がクロノス先生達教師を含んでモンスターの世界に飛び込んでしまい、元の世界に帰れる方法が分からないという事態が発生しました。食料も1週間分しかなく、このままでは全滅する可能性が…。
追い打ちをかけるように、ハーピィ・レディや岩の精霊タイタンというモンスターが襲ってきます。タイタンがデュエルディスクを装着して、カードで襲ってくるシーンはハラハラし見ごたえがあります。そして物語は進み、帰れないことで不安だらけの生徒たちに更なる悲劇が。ユベルというモンスターに取り憑かれたマルタンに、次から次へとデュエルゾンビに変えられてしまいます（デュエルゾンビとは身体に傷はないのですが、動きがゾンビ化しデュエルで襲ってくる人間のことです）。
元の世界へ帰るには、ヨハンが手にしていないカード「究極宝玉神レインボー・ドラゴン」の力が必要でした。現実の世界でペガサス達も協力を得て、元の世界に帰れるチャンスをうかがいます。果たして、十代達は元の世界に帰ることができるのでしょうか。
この回はまさに非常事態のオンパレード。実際にモンスターに関わると、ハーピィ・レディみたいに大怪我することもあるから、いいモンスターばかりではない…。ですが、GXはモンスターと交流することが多いので、関わり次第で仲良くなることもある…そこも見所ですね。