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劣等生なのに最強!?
日本全国に9つ存在する魔法科高校のうち、八王子に位置する第一高校に入学した達也は、学校の評価する事項に当てはまらないイレギュラーとして、落ちこぼれである二科生の烙印を押される。一方で、才色兼備の妹・深雪は、魔法の才能にも優れ一科生の評価を受ける。一科生と二科生の間には、大きな確執があり、様々な凶悪な事件や闘いに巻き込まれていく。
達也、深雪、彼らの友人が織り成す多種多様な魔法で事件を解決し、魔法師を戦闘の道具から解放し、安寧を目指していく。この大きな野望の中で、十師族と呼ばれる日本最強の魔法師軍団や海外の最強魔法戦闘師が権力や悪巧みをし、達也の平穏をかき乱す。ただの劣等生では、最強の相手を倒すことはできないが、達也の固有能力による天才的な頭脳、忍びと呼ばれる古式魔法の使い手九重八雲直伝体術、達也が使うことのできる二つの魔法である再生と分解を駆使して、互角以上の闘いを繰り広げていく。
この劣等生が闘う理由は、妹である。唯一残された大切な感情、妹への想いが彼を突き動かす。そして深雪もどんなことがあっても、達也の味方。弱点が多くても、優秀な妹と最強の劣等生の兄を倒さなければならない。この最強の兄妹の行く未来には何が待ち受けているのだろうか。