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前作4から人気が本格的になったペルソナシリーズ、その5作目である今作は、ペルソナ4から大きくシステムが一新、テーマとなっている「怪盗団」にふさわしいハイスピ―ドかつスタイリッシュなゲームプレイが可能になりました。まず、全体的に操作が直観的に行うことが出来るようなことになっています、何か行動を起こせる場所は分かりやすくエフェクトが出るようになりました。ダンジョンにおけるアクションの性質も大きく変更。今作のダンジョンである「パレス」は、誰かの歪んだ認知が形となって現れます。前作とは違い、本人の認識に介入していく今作では、主人公たちはパレスの中で見つかると、現実にどんな悪影響が出るかわかりません。そのため、彼らはパレスの中で見つかるわけにはいきません。そのため、今回は潜入、隠密といった今までにないアクションがメインになります。
また、バトルもまた大きく一新、女神転生のシステムが大きく影響する形になっています。新たな属性として念動と核熱が追加、さらに女神転生シリーズ恒例の交渉システムも追加され、新たなペルソナを手に入れる方法が、敵であるシャドウを交渉で味方に引き入れる形になりました。また、戦闘もボタン一つで様々な行動を直観的に選択できるようになりました。