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トム・クルーズ再びデンジャーゾーンへ！
ピート・“マーヴェリック”・ミッチェル海軍大佐は、空中戦で3機撃墜のエースパイロットだった。
しかし現場主義でパイロットとしてい続ける為に、昇進を拒み続けてきた。
そんな中、スクラムジェットエンジン搭載の極超音速テスト機「ダークスター」を最高速度マッハ10に達させるテストパイロットの任に就く。
マーヴェリックは、見事成功させるがそれ以上に記録を伸ばそうとして機体を空中分解させてしまった。
任務失敗により飛行停止にさせられてもおかしくない状況の中、マーヴェリックにかつて自分が所属した“トップガン”での教官に就く任が下る。
マーヴェリックに“トップガン”の教官になるよう命じたのは、かつて共に戦い盟友でありライバルでもあったトム・“アイスマン”・カザンスキー海軍大将だった。
命令の背景には、とあるならず者国家がNATO条約に違反するウラン濃縮プラントを建設し稼働させようとしている事があった。
その施設を破壊すべく軍事特殊作戦が計画されており、マーヴェリックは、トップガンを卒業した選りすぐりのパイロット達がその作戦に参加出来るように訓練を行う教官として呼ばれたのだった。
選ばれた一癖も二癖もあるパイロット達の中には、かつてバディーを組み親友だったニック・“グース”・ブラッドショウ海軍中尉の息子であるブラッドリー・“ルースター”・ブラッドショー海軍大尉もいた。
父の事故死や自分の海軍入隊が遅らされた原因がマーヴェリックである事を知っていたルースターは、マーヴェリックに恨みを募らせて反発。
任務達成に向けてマーヴェリックとルースター、他のパイロット達の絆がどう深まるのか。
航空ファンにとっては最新鋭のF-18ホーネット、往年の名機F-14トムキャットの活躍を迫力のスカイアクションで堪能できる。