ある日、地球上の全人類が石化してしまった。しかし、何千年もの間石化してもなお諦めていない高校生がいた。
高校生が主人公の週刊少年ジャンプで連載されている漫画のアニメ化がされた。
つばめが石化するという現象が起こり興味をもっていた千空(せんくう)は科学の天才で、子供のころから科学にのめりこんでいた。
幼馴染の大樹(たいじゅ)が以前から好意を持っていた杠(ゆずりは)に告白することを千空に宣言し、千空が友人らと大樹の告白が成功するのか校舎から見守りながらかけていた。
大樹が杠に告白しようとしたその瞬間目の前に緑色の光が広がり、光を浴びた千空たちを含む地球上の全人類が石化してしまう。
石化してしまい、視覚、聴覚、触覚などすべての感覚がなくなった中でも意識を飛ばすことなくまだ諦めていない男がいた。
千空はいつか石化が解けるときのために石化した瞬間から「時間」という情報を自分から絶やさないように秒数を数え続けたのだ。
なにも無くなった地球で生き残るには春に石化が解けることがベスト条件だった。
そして千空たち全人類が石化してから約3700年後のある春の日、突然千空の石化が解ける。
千空は自分の中にある科学知識を駆使して、全人類の石化を解くことを決意する。
全人類が石化したと思われたストーン・ワールドで千空は仲間を集め全人類を石化から戻すため、科学の力で全人類の復活と科学の近代化を進めていく物語。