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舞台は美しく幻想的な京都！神秘とミステリーが交差するストーリーが今始まる！
東京、大阪、京都で翁の能面を被った犯人による殺人事件が起こった。警視庁、大阪府警、京都府警での合同捜査が始まり、殺された5人が窃盗団「源氏蛍」のメンバーであることが判明。源氏蛍は首領の義経、部下は弁慶以下で義経の家来の名前がコードネームとなっている。全員が義経記を持っているが、殺されたメンバーは義経記を持ち去られていた。残りの源氏蛍のメンバーは義経、弁慶、伊勢三郎の3名となる。
一方、小五郎は山能寺の僧侶である竜円から依頼を受け、コナンと蘭・園子を連れて京都に向かっていた。山能寺では8年前、薬師如来像が盗まれてしまった。しかし先日、その仏像のありかを示す謎の手紙が差出人不明で山能寺に届き、小五郎はその暗号の解読で呼ばれたのだ。 山能寺には和尚の円海、古美術商の桜正造、能役者の水尾春太郎、古書店店主の西条大河も居合わせた。
コナンは京都を捜査中に服部平次と出会う。平次も源氏蛍の事件を追っていたため、二人で捜査をすることに。服部は最近京都に通い、幼いころに出会った女性を探していることをコナンに話す。捜査中に何者かが服部を弓矢で襲う。また、一行が宴会を開いているお茶屋で桜が何者かに殺されてしまう。
果たして犯人は一体誰なのか？そして服部は初恋の女性を見つけることが出来るのか？幻想的で淡く神秘的なミステリーが、今ここで始まる。