キーワードはトランプの数字。次に狙われるのは一体誰だ！
ある日毛利蘭は、母の妃英理が銃で撃たれるという不吉な夢を見る。この夢こそ、これから起きる事件の始まりだった。1週間後、ランニング中の目暮警部がボーガンで撃たれ、現場には紙で作られた西洋の短剣が残された。それから数日後、英理が届いたチョコレートを食べて倒れ、郵便受けには紙製の花が入っていた。さらに阿笠博士がボーガンで狙撃され、現場には剣のようなものが残されていた。コナンは残された遺留品から、名前に「十三」から「一」までが入る人間が順に襲われていることに気づいた。
また、その犯行が小五郎と知り合いの人物を狙っていることも突き止める。目暮は「十」が名前に入っている辻弘樹に忠告するが、辻はヘリコプターで飛行してしまい、特殊な薬品入りのすり替えられた目薬により、目が開けられなくなってしまう。「九」のつく知人が思い足らず、「八」の数字が名前にある沢木公平を訪ねる。沢木は「アクアクリスタル」に行く予定だと話し、コナンたちも同行することに。アクアクリスタルのオーナーが「九」がある旭勝義であり、小五郎は旭とも面識があったことに気づく。アクアクリスタルに到着し、ほかの招待客と合流する。他の招待客の名前は小山内奈々、仁科稔、宍戸永明、ピーター・フォードであり、全員に数字が入っている。同行した白鳥の警部の名前は任三郎であり、「一」は工藤新一だと判明する。
沢木がボーガンで狙われ、一同は引き上げることにするが、建物が封鎖され、旭の遺体が発見される。さらに小山内が殺されてしまう。犯人が床に置いたジュース缶を蹴ったときに裾についた染みにより犯人を特定する。しかし、犯人を追い詰める前にアクアクリスタルが爆発し施設内に海水が流れ込み、一同は海中に流れ込んでしまう。果たして一同は脱出できるのか？犯人を捕まえることは出来るのか？謎解きと脱出劇の2大魅力ストーリーが、今始まる。