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蘭と園子の友情は永遠！お互いを守るために戦う！
都内で佐藤刑事と高木刑事は強盗犯を車で追いかけていた。
佐藤の活躍でなんとか強盗犯の車を追い詰め、逮捕に成功した。
しかし、強盗犯は「神海島」と「ジョリー・ロジャー」という謎の言葉をつぶやき、意識を失う。
翌日に神海島に向かったコナン、少年探偵団、小五郎は、トレジャーハンター達と出会う。
神海島は昔、海底の古代遺跡と海底宮殿が発見されて有名になった島だ。
また、300年前に2人の女海賊が遺したという財宝伝説も語られている。
トレジャーハンター達はこの島の財宝を狙っていたのだ。
財宝探しに興味を持ったコナン達一行は、島の観光課が企画した宝探しを開始した。
一方、蘭と園子はダイビングを楽しんでいた。
そんな中、トレジャーハンターの1人がサメの群れに襲われ死亡した。
はじめは事故と思われたが、ダイビングスーツに残っていた痕跡からこの事件が殺人だとコナンは考えた。
さらに、東京から到着した目暮警部の話から、トレジャーハンター達が昨日に都内で起きた強盗事件の犯人と関りがあると告げられる。
その日の夜、島の観光館にトレジャーハンター達が泥棒に入り、逃走中に狙撃されるという事件が起こった。
その翌日、蘭と園子がトレジャーハンター達に連れ去られてしまった。
蘭と園子を助けるためにコナンは海底神殿に向かう。
一体トレジャーハンターの目的は何なのか？トレジャーハンターを襲った犯人は誰なのか？
神海島に隠された財宝の正体とは？
様々な事件と伝説が絡み合うミステリーが今始まる。