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地球連邦軍とジオン公国の戦いは最終局面に移る中、アムロはニュータイプへ覚醒する。
宇宙世紀0079。地球からの独立を宣言したジオン公国と地球連邦軍の戦いは宇宙へ。連邦軍に所属するガンダムのパイロットであるアムロ・レイは幾多の戦場を潜り抜け一人前の戦士に成長していた。常人を上回る反射神経と勘で次々と敵を撃破していく。敵の目を欺くため中立コロニーに寄港したホワイトベース。半舷上陸の際にアムロはライバルの“赤い彗星”シャア・アズナブル、そして不思議な感覚を持つララァ・スンと運命の出会いを果たす。そしてサイド6の戦いではガンダムは3分間で9機の敵を倒す離れ技を見せる。テキサスコロニーでアムロとシャアは激突するが決着はつかず、シャアは脱出時に実妹のセイラと再会し新たな人の革新と呼ばれるニュータイプ思想への傾倒を語るのだった。戦場は運命要塞ソロモンでは連邦軍は多大な犠牲者を出しながらも勝利を収めて敵将ドズルはビグザムと共に炎に包まれ戦死。混迷の最中アムロはララァと戦場で再会。ニュータイプ同士の会話が進むうちに敵味方に関係なく“人は分かり合える”と気がつく二人。しかし、そこに嫉妬にも似た感情でシャアのゲルググが割って入ってくる。「奴との戯れ言は止めろ」。結果的にシャアを庇うため自ら身を呈したララァはガンダムのビームサーベルで身を焦がして昇天。アムロは取り返しのつかない事をしたと涙するが、そんなアムロの感情など関係なく戦場は最終局面に移行しようとしていた…。