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舞台はなんとバーチャル内の100年前のロンドン!コナン好きにはたまらない!
少年探偵団一行と蘭、小五郎、園子は新型仮想体感ゲーム機「コクーン」の完成披露パーティーを訪れる。そこでゲームの開発者である樫村忠彬が、IT企業社長のトマス・シンドラーに刺殺される。キーボードにはJ・T・Rに血の跡がついていた。これが殺人鬼のジャック・ザ・リッパーを指しており、100年前のロンドンを舞台としたゲーム内に事件の解決のヒントがあると考えたコナンは、ゲームに参加することに。それを見た蘭もゲームに参加する。別のところで少年探偵団達も参加権を手に入れる。
ゲーム開始直後、ゲームは人工知能のノアズ・アークに乗っ取られてしまう。ノアズ・アークはシンドラーのもとで自殺したヒロキという少年が開発した成長する人工知能であり、ヒロキの自殺直前に一般電話回線へ逃がされていた。ゲームは5種類ステージがあり、少年探偵団一行はジャック・ザ・リッパーを捕らえるシナリオ「オールドタイム・ロンドン」を選択する。パーティー会場で態度が悪かった諸星秀樹、滝沢進也、江守晃、菊川清一郎も行動を共にすることに。
現実世界では新一の父である工藤優作が、事件の犯人はシンドラーだと突き止めた。シンドラーはジャックの子孫であり、ヒロキはそれを知ってしまったのだ。シンドラーは結果としてヒロキを自殺に追い込み、ヒロキの父であった樫村に真相を知られると、こちらも口封じのために殺害したのだ。シンドラーは逮捕される。
ゲーム内でも犯人を捕まえたが、超特急で走る汽車に取り残されてしまった。このままだと駅に追突してしまう。飛び降りても助からない。一体どうやってこの汽車から脱出することが出来るのか?
コナン好きにはたまらない、本場のロンドンとシャーロック・ホームズの物語がここに完結する。