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蘭がまさかの記憶喪失！？蘭を守りながら犯人を捕まえられるのか！？
ある雨の日、少年探偵団達は奈良沢治警部補が拳銃で撃たれたのを目撃する。現場の状況から、犯人が左利きであり警察関係者だと考えられた。同日夜、マンションの地下駐車場では芝陽一郎巡査部長が射殺される。
そんな中、白鳥警部の妹の結婚を祝う会が開かれ、コナン、蘭、小五郎、蘭の母で小五郎の妻である妃英理とともに出席する。パーティー会場には、小五郎の刑事時代の上司である小田切敏郎警視長や、敏郎の息子でミュージシャンの小田切敏也、白鳥の主治医の心療科医師である風戸京介も参加していた。
蘭と佐藤刑事がトイレに居たときに突然停電する。化粧台の物入れ内に点灯した状態の懐中電灯を発見した蘭はそれを取り出すが、その光が原因で佐藤が銃撃され、蘭も気絶する。蘭と佐藤は病院に運ばれ、佐藤は重傷。蘭は外傷は無かったが記憶喪失になってしまう。蘭は自分のせいで佐藤刑事が打たれてしまったショックで記憶を失ってしまったのだ。
また蘭は犯人を目撃していたため、命を狙われてしまう。その後、自宅で保護されながら暮らしていた蘭は、かつて新一とともに行ったトロピカルランドに見覚えがあると言い出し、一行はトロピカルランドへ向かうことに。しかし、犯人もトロピカルランドに向かい、蘭は狙われてしまう。
果たしてコナンは蘭を守ることが出来るのか？犯人を捕まえることが出来るのか？そして、蘭は家族やコナン、そして新一を思い出すことが出来るのか？
全てのカギは蘭の瞳の中に。