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江戸川コナン絶体絶命？黒の組織との直接対決！
関東圏で計6人が殺害され、どの現場にも麻雀牌が残されていた。
連続殺人事件と考えられ、警視庁で合同捜査会議が開かれ、小五郎も参加することに。
会議終了後、コナンは山村警部が童謡「七つの子」に聞こえるプッシュ音を耳にしたことを聞く。
これは黒の組織のボスのメールアドレスを示し、それを打った刑事がジンの愛車、黒のポルシェ356Aで去ったところを目撃する。
コナンは捜査会議に組織の人物、おそらくベルモットが紛れ込んでいたと考える。
後日ベルモットに遭遇し、組織が今回の殺人事件を追う理由を尋ねる。
ベルモットは被害者の中に一般人を装った組織の工作員がおり、犯人に持ち去られた所持品の中に工作員のリストが収められたメモリーカードが入っていたため、組織は警察より早く犯人を押さえてそれを取り戻す必要があるのだと言う。
コナンは刑事の中に別の組織の一員を潜入させていると気付き、コードネームが「アイリッシュ」であると教えられる。
アイリッシュは組織とは独自の操作で、コナンの正体を突き止めていた。
コナンは最後の殺人現場が東都タワーであることを突き止め向かうが、そこでアイリッシュと対面することに。
さらに黒の組織達も来てしまい、コナンはタワーの外から攻撃されてしまう。
果たしてコナンは助かるのか?アイリッシュを捕まえることが出来るのか！？
黒の組織との直接対決が今始まる。