世紀末最大の神聖な謎を解明！舞台は大阪、豪華客船、お城と豪華！
鈴木財閥が大阪で展示する予定のロマノフ王朝のエッグ、「インペリアル・イースター・エッグ」を怪盗キッドが盗むという予告状が届いた。コナンの活躍でエッグは無事だったが、コナンとは別の何者かがキッドを狙撃し、キッドは海に落ちてしまう。その後、キッドは見つからなかった。
エッグを東京に持ち帰るために豪華客船に乗り込んだ一同。そこにはエッグ製作者のひ孫である香坂夏美、日本の美術商やロシアの大使館職員、中国のロマノフ王朝研究家やフリーライターも一緒にいた。みんなエッグを狙っている人間である。香坂の話とエッグの話から、エッグがもう一つあり、おそらく香坂家所有のお城にエッグが隠されていると判明する。一同はそのお城に出向くことにするが、フリーライターの佐川が右目を撃ち抜かれて殺されてしまう。コナンは阿笠博士の協力で、ロマノフ王朝の遺産を狙い、右目を撃ち抜くスコーピオンという殺人鬼がいることを知る。今回の殺人もスコーピオンの仕業だと考える。
一方、コナンの推理力に疑いを向ける蘭。コナンが新一ではないかと疑うようになる。
操作のために来た目暮警部と白鳥警部と合流し、一行はお城に向かう。地下への隠し扉へのパスワードはロシア語で「世紀末の魔術師」。
さらに奥に進んだ神殿空間で、中身はもう1つのエッグと遺骨であり、香坂の曾祖母だと考えられた。
2つのエッグを組み合わせ光を当てると、沢山の写真が映し出された。その写真から、香坂の曾祖母はロマノフ王朝4姉妹のマリアだと判明する。
映像が終わった後、小五郎が打たれそうになり、さらに香坂が持っていたエッグを何者かが奪って逃走する。スコーピオンは一同の中にいたのだ。
スコーピオンを追う途中で、美術商の乾の遺体を見つけるコナン。果たしてコナンは犯人を捕まえることが出来るのか？蘭に正体がばれてしまうのか？
キッドと灰原が映画では初登場する。より一層豪華なメンバーで送られる謎解きミステリーである。