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名探偵コナンの記念すべき劇場版第一作目！謎解きだけでなく危機一髪の回避劇が見物です！
ある日、黒川大造という男性が殺害される事件が起こったが、工藤新一が幼児化した姿である江戸川コナンの活躍で事件は無事に解決した。
数日後、建築家の森谷帝二から工藤新一にパーティーの招待状が届いた。コナンは小五郎、幼馴染で小五郎の娘である毛利蘭と共にパーティーに向かう。
そこでコナンは、黒川邸が森谷設計の家であることを知る。
新一の誕生日の前日、黒川邸を含めた4件の邸宅が放火されたニュースを見ていた。その時新一宛てに爆破予告の電話があった。
電話の相手は自分が爆弾を盗み出し、子供たちが危険だと宣告する。コナンは公園へと急ぎ、なんとか爆発を止めた。
その後の爆発も止めることが出来たが怪我をしてしまい、病院に運ばれてしまう。病院にいながらも、次の爆発現場である電車の爆発を止めることが出来た。
犯人はまさかの森谷であり、次の爆発場所は米花シティービルだと言った。しかしそこには新一と待ち合わせしている蘭が居る。
爆発を交わしながら、蘭が居るフロアのドアの前までなんとかたどり着いたコナン。変声期で新一として話し、蘭に爆弾を解体するように指示するコナン。
果たして無事に爆弾を解体することが出来るのか？また、蘭は新一と会って誕生日を祝うことが出来るのか？
謎解きだけなく、命をかけた脱出劇も見ごたえあり！